Theo đánh giá của Chính phủ năm 2009 là năm thứ 2 nền kinh tế nước ta đứng trước thách thức, khó khăn do ảnh hưởng suy thoái của nền kinh tế toàn cầu, do vậy đẩy mạnh cải cách thủ tục hải quan cũng như tăng thu ngân sách, kiềm chế lạm phát đối với ngành hải quan là việc làm không hề giản đơn. Trước yêu cầu tiếp tục tạo thuận lợi cho các hoạt động thương mại, đầu tư, ngành Hải quan coi công tác hiện đại hóa, đổi mới các hoạt động nghiệp vụ là nhiệm vụ ưu tiên hàng đầu.

Nhìn lại năm 2008, ngành Hải quan đã hoàn thành xuất sắc những nhiệm vụ được giao trên các lĩnh vực như: kiềm chế lạm phát, thu ngân sách, bình ổn thị trường giá cả, chống thất thu thuế, công tác chống buôn lậu và đặc biệt là đẩy mạnh hiện đại hoá. Năm 2008 là năm đầu tiên triển khai "Kế hoạch cải cách, phát triển và hiện đại hóa ngành Hải quan giai đoạn 2008 - 2010". Sau một năm thực hiện, đến nay, ngành Hải quan đã xây dựng "Kế hoạch cải cách, phát triển và hiện đại hóa ngành Hải quan giai đoạn 2008 - 2010" kèm theo là bốn Ðề án: Phát triển công nghệ thông tin (CNTT); Nâng cao năng lực công tác kiểm soát hải quan; Tăng cường công tác kiểm tra sau thông quan và Tăng cường công tác quản lý giá tính thuế. Hiện đang khẩn trương triển khai, phê duyệt Kế hoạch cải cách, phát triển và hiện đại hoá hải quan tại tất cả 33 Cục Hải quan tỉnh, thành phố. Về tiến độ triển khai thủ tục hải quan điện tử giai đoạn 2, khai báo hải quan từ xa, ngoài hai đơn vị được chọn làm thí điểm thủ tục hải quan điện tử là Hải quan Hải Phòng và Hải quan TP Hồ Chí Minh tại 30 cục Hải quan trên cả nước đã triển khai thực hiện khai báo hải quan từ xa. Ðây là bước đệm cho triển khai thủ tục hải quan điện tử. Ðến nay đã hoàn thành việc nâng cấp chương trình tiếp nhận khai hải quan từ xa và hỗ trợ các đơn vị trong cả nước triển khai cài đặt, vận hành hệ thống, phần mềm khai báo từ xa. Theo số liệu thống kê cho biết:  Tính đến hết tháng 11-2008 đã có 67,1% số lượng tờ khai trên toàn quốc được thực hiện khai hải quan điện tử và khai hải quan từ xa. Trong đó, khai điện tử chiếm gần 2%, đã hoàn thành mục tiêu đặt ra ban đầu của năm 2008. Một số đơn vị có  số tờ khai  thực hiện khai hải quan từ xa cao như: Hải quan Ðồng Nai đã có 100%; Hải quan Bình Dương 99%; Hải quan Hà Nội 97,7%, Hải quan Hải Phòng 97,6%, Hải quan Lào Cai 88,4%... Theo đánh giá của Tổng cục Hải quan, bước đầu đạt được mục tiêu và các nội dung chính của việc thí điểm thủ tục hải quan điện tử; Tác động tích cực về mặt nhận thức đối với cộng đồng DN, cơ quan hải quan, các cơ quan Nhà nước về những thuận lợi mà thủ tục hải quan điện tử mang lại. Các cơ quan chính phủ đã có sự quan tâm tới công cuộc cải cách, hiện đại hóa của ngành Hải quan thể hiện ở sự phối hợp trong việc xây dựng các danh mục chuẩn hóa, mã hóa và xây dựng bộ máy chỉ đạo triển khai thực hiện cơ chế một cửa. Điểm nổi bật khác trong công tác hải quan năm 2008 là việc ứng dụng CNTT trong quản lý hải quan hiện đại, đặc biệt là đối với hàng gia công, nhập sản xuất xuất khẩu. Với đặc thù của loại hàng gia công, nhập sản xuất xuất khẩu, việc theo dõi về định mức, số lượng, chất lượng hàng hóa gặp nhiều khó khăn, nhất là khi quản lý bằng thủ công. Một số DN đã lợi dụng sự bất cập này để gian lận, trốn thuế của Nhà nước, có khi lên đến nhiều tỷ đồng…

Có thể nói năm 2008, giữa bộ bề khó khăn thách thức từ tình hình kinh tế thế giới, và những diễn biến không thuận của kinh tế trong nước, nhưng bằng sự nỗ lực cao đô, ngành Hải quan đã về đích thành công, hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ được giao, tạo đà vững chắc cho những thành công của năm 2009 - năm bản lề trong việc thực hiện nhiệm vụ chính trị của Ngành Hải quan. Theo Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan Lê Mạnh Hùng: Năm 2009, ngành Hải quan phải nỗ lực rất nhiều cho nhiệm vụ thu ngân sách - hiện đại hoá.Năm 2009, ngành Hải quan được Quốc hội giao dự toán thu ngân sách Nhà nước là 121.200 tỷ đồng. Ðể  hoàn thành chỉ tiêu Quốc hội giao, trong bối cảnh nền kinh tế thế giới trước nguy cơ giảm phát và trong nước, các DNđang gặp nhiều khó khăn, lãnh đạo Tổng cục Hải quan đã chỉ đạo toàn ngành khắc phục những tồn tại của năm 2008, tiếp tục đẩy mạnh công tác hiện đại hóa; triển khai kiểm tra sau thông quan theo đúng quy định của pháp luật và hạn chế đến mức thấp nhất việc DNlợi dụng sơ hở của pháp luật để gian lận trốn thuế. Nói về kế hoạch thực hiện cải cách hiện đại hoá và tình hình thực hiện  thông quan điện tử tại một số Cục Hải quan trong năm 2009,Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan Lê Mạnh Hùng cho biết: Kế hoạch cải cách hiện đại hóa năm 2009 của ngành Hải quan đưa ra 5 mục tiêu cơ bản là: Hoàn thiện xây dựng Chiến lược hiện đại hóa hải quan Việt Nam đến năm 2020 và tổ chức thực thi Chiến lược sau khi được Chính phủ phê duyệt; Tập trung các nguồn lực triển khai mở rộng thủ tục hải quan điện tử tại các Cục Hải quan đang tiến hành thí điểm cũng như tại các địa bàn trọng điểm cả về chiều rộng và chiều sâu; Mở rộng và từng bước nâng cao mức độ tự động hóa các ứng dụng CNTT trong nghiệp vụ hải quan, cụ thể: Tăng nhanh lưu lượng khai hải quan từ xa và khai hải quan điện tử, phấn đấu năm 2009 khai hải quan từ xa và khai hải quan điện tử đạt tỷ lệ 80% trên tổng số tờ khai XNK toàn quốc.  Về vấn đề triển khai thủ tục hải quan điện tử. Trước đây, Tổng cục Hải quan thí điểm thông quan điện tử tại 2 Chi cục là TP.Hồ Chí Minh (HCM) và Hải Phòng nhưng năm tới sẽ không thí điểm nữa mà chính thức mở rộng thông quan điện tử tại một số địa bàn trọng điểm. Cụ thể: Hải Phòng, TP.HCM, Đồng Nai, Bình Dương sẽ được mở rộng thông quan điện tử trong 6 tháng đầu năm 2009; 6 tháng cuối năm sẽ triển khai tại Lạng Sơn, Hà Nội và Đà Nẵng. Theo đó, ngành Hải quan sẽ tập trung các nguồn lực để triển khai mở rộng; củng cố các nội dung đã triển khai và mở rộng các loại hình như tiếp nhận và xử lý thông tin khai báo trước khi hàng đến, quản lý hàng hóa xuất nhập khẩu (XNK) của DN chế xuất, hàng hóa kinh doanh tạm nhập - tái xuất, chương trình thương nhân ưu tiên đặc biệt.Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan Lê Mạnh Hùng nhấn mạnh:Để làm tốt được điều này, ngành Hải quan phải hoàn thiện khung pháp lý; bổ sung các quy định hướng dẫn nghiệp vụ trong quá trình triển khai thủ tục hải quan điện tử giai đoạn vừa qua để cho phù hợp với yêu cầu thực tế; thống nhất việc áp dụng phương pháp quản lý rủi ro cho cả thủ tục hải quan điện tử và thủ tục hải quan truyền thống; hoàn thiện hệ thống CNTT như cơ sở hạ tầng mạng, đường truyền, an ninh, an toàn, phần cứng cũng như phần mềm phía doanh nghiệp.