Năm 2008, tình hình kinh tế thế giới và trong nước có nhiều khó khăn, lạm phát cao, Chính phủ phải thực hiện chính sách thắt chặt tiền tệ, lãi suất tín dụng tăng, trong khi giá các mặt hàng đầu vào tăng, theo đó hiệu quả sản xuất - kinh doanh của các DN giảm, nhiều DN gặp khó khăn về vốn không có khả năng nộp thuế đúng hạn… khiến cho số nợ khó thu của ngành thuế tính đến ngày 31/12/2008 là 2.048.9 tỷ đồng, chiếm 12,6% tổng số nợ thuế, tăng 20% so với thời điểm 31/12/2007, nợ chờ xử lý là 3.692,3 tỷ đồng, chiếm 22,7% tổng số nợ thuế và tăng 67% so với cùng kỳ... Theo báo cáo của các cục thuế địa phương, trong tháng 1/2009 thu nội địa do ngành thuế quản lý ước đạt 21.633 tỷ đồng, bằng 7,3% so với dự toán pháp lệnh, bằng 65,1% cùng kỳ năm trước. Hầu hết các khoản thu đều đạt thấp (12/15 khoản), trong đó khu vực DNNN đạt 7,8%, bằng 54,6% so cùng kỳ; DN có vốn ĐTNN đạt 7,6%, bằng 97,6% so cùng kỳ; DN dân doanh đạt 9,9%, bằng 79,8% so cùng kỳ.

Ngoài nguyên nhân do tình hình kinh tế biến động không thuận lợi, ngành thuế cho biết, còn do cơ chế chính sách chưa đồng bộ, nhiều vướng mắc. Chẳng hạn, quy định về gia hạn nộp thuế chưa phù hợp, Luật Quản lý thuế và Nghị định số 85/2007/NĐ-CP chỉ quy định 4 trường hợp được gia hạn nộp thuế, vì vậy trong thực tế hoạt động sản xuất - kinh doanh của các DN, đặc biệt là trường hợp đối tượng nộp thuế gặp khó khăn do nguyên nhân khách quan chưa có cơ chế xử lý giãn nợ cũng làm cho số nợ tăng thêm.

Theo ông Phạm Văn Huyến, Phó tổng cục trưởng Tổng cục Thuế, cơ quan thuế chưa kịp thời tổng hợp những vướng mắc phát sinh để đề xuất với Bộ Tài chính, Chính phủ, Quốc hội sửa đổi cơ chế chính sách, giải quyết những phát sinh trong thực tiễn quản lý nợ thuế và gia hạn nộp thuế, xoá nợ tiền thuế, tiền phạt, cưỡng chế nợ thuế, phạt chậm nợ thuế; chưa triển khai toàn diện, triệt để các nhiệm vụ, biện pháp quản lý nợ như xây dựng và giao chỉ tiêu thu nợ. Bên cạnh đó, cơ quan thuế chưa chủ động nghiên cứu và phối hợp với các cơ quan liên quan ban hành quy định về trình tự thực hiện các biện pháp cưỡng chế thuế dẫn đến việc cưỡng chế thu hồi nợ thuế chưa hiệu quả; về biện pháp trích tiền từ tài khoản tiền gửi tại ngân hàng, nhiều địa phương chưa thực hiện quyết liệt, cơ quan thuế chưa nắm đầy đủ thông tin về tài khoản tiền gửi của đối tượng nộp thuế nên hiệu quả xử lý còn hạn chế… Ngoài ra, các biện pháp quản lý đối với DN trong việc kê khai nộp thuế, sử dụng hóa đơn chưa chặt chẽ nên tình trạng thành lập DN với mục đích mua, bán hóa đơn bất hợp pháp vẫn xảy ra. Năm 2008, tình hình này đã xảy ra ở một số địa phương, mang tính nghiêm trọng, nhưng đến nay cơ quan thuế chưa kiểm tra, xử lý hoặc báo cáo kết quả về Tổng cục.

Năm 2009, các chuyên gia trong ngành dự báo, số nợ thuế của DN có thể còn tăng. Ngay từ những tháng đầu năm, thông tin không vui về tình hình hoạt động kinh doanh của các DN dệt may, đồ gỗ… liên tục được công bố với khả năng đóng cửa các nhà máy vì không có đơn hàng khiến nhiệm vụ thu thuế của ngành càng thêm khó khăn.