Theo Cục trưởng Cục Hàng hải Việt Nam Nguyễn Nhật, các doanh nghiệp vận tải biển trong nước đang phải đối mặt với các thách thức cũ như: năng lực quản lý còn nhiều hạn chế; nhiều chủ tàu chỉ quản lý một vài tàu nhỏ, kém chất lượng; kinh nghiệm và năng lực quản lý kinh doanh vận tải biển yếu, chưa đáp ứng được yêu cầu, thiếu sức cạnh tranh dẫn đến cạnh tranh không lành mạnh, làm ảnh hưởng không tốt tới hiệu quả kinh doanh chung của toàn đội tàu… Ngoài ra, các doanh nghiệp vận tải biển còn trong tình trạng thiếu vốn nghiêm trọng để duy trì sản xuất, kinh doanh và phát triển đội tàu.

Những khó khăn khách quan từ phía thị trường cộng với cơ cấu đội tàu bất hợp lý đã khiến các doanh nghiệp vận tải biển Việt Nam đang tiếp tục suy thoái, hiệu quả kinh doanh kém, thua lỗ kéo dài, nhiều chủ tàu có nguy cơ phải phá sản. Tổng thư ký Hiệp hội Chủ tàu Việt Nam Đỗ Xuân Quỳnh cho biết, hầu hết các chủ tàu đều đang phải khai thác dưới giá thành, thậm chí lỗ, nhiều chủ tàu phải dừng khai thác. Nhiều doanh nghiệp vận tải biển hiện đang trong tình trạng thiếu vốn nghiêm trọng để duy trì sản xuất, kinh doanh cũng như phát triển đội tàu. Vì vậy, hầu hết các kiến nghị của doanh nghiệp vận tải biển với Bộ Giao thông - Vận tải đều xoay quanh vấn đề giảm lãi suất cho vay bằng lãi suất tiền gửi, giảm thuế VAT còn 5%, miễn thu tiền chậm nộp thuế,... Thậm chí, nhiều ý kiến còn kiến nghị giảm bớt khó khăn cho doanh nghiệp bằng cách nới lỏng một số tiêu chuẩn kỹ thuật, tăng độ tuổi khai thác của tàu...

Để tháo gỡ khó khăn do doanh nghiệp vận tải biển, Bộ trưởng Bộ Giao - Vận tải Đinh La Thăng khẳng định, sẽ rà soát lại quy hoạch phát triển cảng biển, phát triển các đội tàu biển trong cả nước để báo cáo Chính phủ có sự điều chỉnh. Tập trung xây dựng và hoàn thiện hệ thống văn bản quy phạm pháp luật, cải cách thủ tục hành chính theo hướng tạo điều kiện tốt nhất cho các doanh nghiệp hoạt động, sản xuất kinh doanh có hiệu quả phù hợp với tình hình thị trường vận tải trong nước. Tiếp tục thực hiện đầu tư, nâng cấp kết cấu hạ tầng cảng biển, hạ tầng kết nối cảng biển với cảng biển, kết nối cảng biển với đường sắt... Ngoài ra, trong thời gian tới, Bộ Giao thông - Vận Tải sẽ đề nghị với Bộ Công thương và Phòng Thương mại và Công nghiệp Việt Nam mở các lớp bồi dưỡng nâng cao năng lực đàm phán cho các doanh nghiệp để tránh thua thiệt khi các doanh nghiệp tham gia đàm phán các thảo thuận vận tải biển với doanh nghiệp nước ngoài.

Nhưng có thể thấy, bên cạnh sự hỗ trợ từ phía Nhà nước, thì chính các doanh nghiệp vận tải biển trong nước cũng phải tự nâng cao năng lực bốc xếp, nâng cao năng lực đàm phán để nâng thị phần vận tải. Doanh nghiệp cũng cần liên kết lại để tạo nên sức mạnh tổng thể cho ngành vận tải biển nước ta.