Tuy cơ cấu sản xuất nông nghiệp đã có nhiều chuyển biến tích cực song hiện vẫn chưa thay đổi nhiều về chất. Sản xuất nông nghiệp vẫn nặng về trồng trọt, chưa đủ sức thu hút tạo việc làm để thúc đẩy chuyển dịch lao động. Mô hình tăng trưởng nông nghiệp như hiện nay mới chỉ tạo ra được khối lượng nhiều và rẻ nhưng hàm lượng giá trị thấp. Hiện đã có một số mô hình sản xuất nông nghiệp hoạt động hiệu quả, song đây đa phần là những mô hình mang tính tự phát.

Bên cạnh đó, nông nghiệp tăng trưởng kém bền vững, khả năng cạnh tranh thấp. Năng suất, chất lượng, khả năng cạnh tranh của nhiều sản phẩm nông nghiệp còn thấp, phần nhiều do chất lượng giống cây trồng, vật nuôi chưa được chú trọng. Kết cấu hạ tầng phục vụ bảo quản, chế biến nông sản như kho tàng, sân phơi, bến bãi... kém phát triển. Công nghiệp chế biến nông sản chưa được chú trọng, nên chất lượng nhiều loại nông sản thấp, nhất là rau quả, sản phẩm chăn nuôi.

Phần lớn nông sản xuất khẩu ở dạng sơ chế, giá trị gia tăng rất thấp, chưa có thương hiệu, chất lượng và vệ sinh an toàn thực phẩm chưa cao. Nguồn vốn đầu tư phát triển nông nghiệp; nâng cấp và xây dựng mới hạ tầng nông thôn chưa đáp ứng được yêu cầu chuyển đổi cơ cấu kinh tế. Kinh tế trang trại tuy tăng nhanh về số lượng nhưng lại chiếm một tỷ lệ không đáng kể trong hoạt động sản xuất nông nghiệp cũng như kinh tế nông thôn.

Mục tiêu của đề án tái cơ cấu nông nghiệp theo hướng nâng cao chất lượng, giá trị gia tăng và phát triển bền vững, song, để phát huy hiệu quả thực sự của đề án, nhiều Đại biểu Quốc hội cho rằng Chính phủ và các bộ, ngành liên quan cần xây dựng quy hoạch dài hạn, có chính sách, định hướng cụ thể, mạnh mẽ hơn nữa để làm chuyển biến, nâng cao vị thế, tương xứng với tiềm năng của ngành nông nghiệp cũng như tạo động lực thúc đẩy quá trình tái cơ cấu nông nghiệp.

Theo Đại biểu Quốc hội Võ Kim Cự (Hà Tĩnh), Chính phủ cần ưu tiên thỏa đáng các nguồn lực để xây dựng một hệ thống quy hoạch có tầm chiến lược dài hạn từ tổng thể toàn quốc đến từng vùng, từng địa phương, làm cơ sở để xác định sản phẩm chủ lực của từng ngành, từng địa phương và quốc gia. Từ đó, có cơ chế, chính sách đầu tư ưu tiên tập trung cho sản phẩm chủ lực nhằm nâng cao tính cạnh tranh của sản phẩm nông nghiệp trong khu vực và thế giới.

Đồng thời, để thực hiện tốt liên kết vùng, Chính phủ cần nghiên cứu cơ chế phân công, phân cấp và giao nhiệm vụ cho các địa phương trong từng vùng, tránh chồng chéo trong quản lý, thiếu công bằng trong phân phối giá trị nhằm mang lại hiệu quả kinh tế cao. Bên cạnh đó, Đại biểu Quốc hội Nguyễn Văn Tiên (Tiền Giang) đề nghị Chính phủ cần nghiên cứu, xem xét sửa đổi chính sách nhằm tạo thuận lợi hơn nữa cho việc chuyển đổi cơ cấu cây trồng của nông dân.

Ngoài ra, Chính phủ, cụ thể ở đây là Ngân hàng Nhà nước, tăng cường chính sách, giải pháp đặc biệt về tài chính và tín dụng cho nông nghiệp, nông thôn, bởi đây là lĩnh vực đầu tư tương đối rủi ro, cần nhiều sự hỗ trợ, nhằm tạo sự chuyển biến khởi sắc và nâng cao đời sống người dân ở các vùng nông thôn.