Theo VASEP, năm 2016, cơ cấu sản phẩm thủy sản Việt Nam không thay đổi về tỷ trọng so với năm ngoái. Trong đó, tôm vẫn chiếm tỷ trọng cao nhất 44%, tiếp đến là cá tra 24%, cá ngừ 7%, các loại cá biển 16%.

Top 5 thị trường nhập khẩu thủy sản Việt Nam bao gồm Mỹ, EU, Nhật Bản, Hàn Quốc và Trung Quốc.

Mỹ vẫn duy trì vị trí đứng đầu với 21% giá trị xuất khẩu thủy sản của Việt Nam, nhờ xuất khẩu tôm, cá tra, cá ngừ. Tỷ trọng của Mỹ tăng thêm 2%, trong khi của Nhật Bản tiếp tục giảm từ 16% xuống còn 15% và EU giảm từ 18% xuống còn 17%. Đặc biệt, với sự gia tăng nhập khẩu tôm sú, cá tra, cá ngừ nguyên liệu, Trung Quốc đã vượt qua Hàn Quốc đứng thứ 4 trong các thị trường nhập khẩu thủy sản Việt Nam, chiếm tỷ trọng 12% so với năm ngoái là 9%.

Các chuyên gia đầu ngành cũng đã đưa ra dự báo, sẽ có 7 thách thức và khó khăn chính hướng vào ngành thủy sản Việt Nam trong năm 2017:

Hạn hán và xâm nhập mặn: Tình hình hạn hán, thiếu nước ngọt và xâm nhập mặn diễn biến phức tạp trong 2016 được dự báo sẽ tiếp tục có những ảnh hưởng đến hoạt động sản xuất thủy sản, nhất là các loài nuôi nước ngọt. Trong 2017, yếu tố này được dự báo sẽ tác động không nhỏ đến diện tích và sản lượng nguyên liệu thủy sản nói chung.

Rào cản kỹ thuật và bảo hộ thương mại từ các thị trường nhập khẩu: Với việc tự do hóa thương mại, thủy sản Việt Nam sẽ có lợi về thuế quan, nhưng sẽ là đối tượng để các thị trường áp dụng các rào cản phi thuế quan nhằm bảo hộ ngành sản xuất nội địa hoặc hạn chế nhập khẩu. Những rào cản như thuế chống bán phá giá, thuế chống trợ cấp, các quy định kiểm tra hóa chất, kháng sinh, bảo vệ nguồn lợi hay chương trình thanh tra riêng biệt (chẳng hạn như: chương trình thanh tra cá da trơn của Mỹ…) đang và sẽ được tăng cường áp dụng.

Giá thành sản xuất nguyên liệu của Việt Nam còn cao: Ngành nuôi tôm và một số sản phẩm thủy sản chủ lực của Việt Nam được nhìn nhận và so sánh với các ngành tương tự tại Ấn Độ, Thái Lan cho thấy giá thành sản xuất của Việt Nam đang cao hơn từ 10-30%. Có nhiều yếu tố tác động tạo ra giá thành sản phẩm cao như giống, thức ăn, các vật tư đầu vào, tổn thất sau thu hoạch, điện - nước, các chi phí hành chính... Đây cũng là yếu tố quan trọng tác động lên hệ số cạnh tranh của thủy sản Việt Nam trong năm 2017.

Thiếu nguyên liệu cho chế biến xuất khẩu: Với uy tín nguồn cung có chất lượng cho thị trường thế giới và năng lực/công nghệ cao cho chế biến thủy sản, Việt Nam là điểm đến của nhiều nhà nhập khẩu thủy sản trên thế giới.

Tình hình thiếu nguyên liệu cho chế biến xuất khẩu ở một số nhóm hàng hoặc tại một số thời điểm trong năm ngày càng rõ rệt. Nhiều doanh nghiệp đã duy trì việc nhập khẩu các nguồn nguyên liệu (tôm, cá ngừ, mực - bạch tuộc, một số loài cá biển...) để tạo ra sự ổn định và năng lực cạnh tranh trong thời gian qua. Việc thiếu nguyên liệu thủy sản trong nước phục vụ nhu cầu xuất khẩu sẽ tiếp tục là một vấn đề nhiều doanh nghiệp thủy sản quan ngại trong năm 2017.

Truyền thông đưa tin thiếu khách quan về​ một số thị trường tiêu thụ thủy sản: Trong 10 năm qua, mặt hàng thủy sản của Việt Nam đã xuất hiện ở gần 10 quốc gia (Australia, Italy, Tây Ban Nha, Đức, Ai Cập, Pháp....). Tại một số quốc gia, đã xuất hiện một số vụ việc truyền thông đưa thông tin thiếu khách quan về sản phẩm thủy sản của Việt Nam như ô nhiễm, kém vệ sinh, chứa nhiều kim loại nặng…

Ngay mới đây, ngày 5/1/2017, trên một kênh truyền hình ở Tây Ban Nha đã xuất hiện một video clip đưa thông tin sai sự thật về hình ảnh cá tra Việt Nam, có nguy cơ ảnh hưởng đến thị trường tiêu thụ.

Tác hại của truyền thông thiếu trách nhiệm là không thể đo đếm và ảnh hưởng tiêu cực lâu dài đến sức tiêu thụ và hình ảnh sản phẩm thủy sản của Việt Nam tại các thị trường cụ thể. Những dòng thông tin không tích cực này, dưới sức lan tỏa của internet và mạng xã hội, đã có những tác động dai dẳng và được nhận định tiếp tục có tác động đến tiêu thụ thủy sản Việt Nam trong 2017.

Bất cập tại một số quy định và thủ tục hành chính: Nhiều quy định còn chưa thực sự hỗ trợ cho cải thiện năng lực cạnh tranh của doanh nghiệp. Dù Chính phủ đã có nhiều chỉ đạo tích cực, nhưng quá trình sửa đổi các văn bản pháp quy vẫn diễn ra chậm (chưa đạt 30% trong 2016) trong khi lại phát sinh các nội dung bất cập mới.

Áp lực cạnh tranh mạnh mẽ: Tham gia vào các Hiệp định Thương mại tự do (FTA) đồng nghĩa với việc Việt Nam sẽ phải mở cửa và hội nhập hơn nữa. Tuy nhiên, ngành thủy sản và nhiều doanh nghiệp thủy sản Việt Nam vẫn chưa tận dụng được tốt nhất các ưu đãi từ các FTA.

Mặc dù, Chính phủ đã có nhiều Nghị quyết và chương trình hành động tháo gỡ khó khăn, nâng cao năng lực cạnh tranh tạo cơ hội và điều kiện tối đa cho doanh nghiệp nhưng việc tái cơ cấu, cải cách các quy định và thủ tục hành chính để đáp ứng các yêu cầu của hội nhập vẫn chưa có nhiều bước tiến.

Trong khi đó các nước đối thủ cạnh canh về thủy sản (Trung Quốc, Ấn Độ, Thái Lan, Indonesia...) ngày càng gia tăng các sức ép cạnh tranh nhiều hơn qua những chương trình dài hạn, trung hạn và ngắn hạn trên cả quy mô về sản lượng, chất lượng, giá thành sản xuất, chiến dịch marketing và xúc tiến thương mại. Sự cạnh tranh này đang khiến doanh nghiệp thủy sản Việt Nam gặp khó khăn trong việc giữ vững và gia tăng thị phần tại các thị trường lớn.