Tuy vậy, bên cạnh những kết quả đạt được, nông nghiệp, nông thôn nước ta cũng còn những tồn tại, yếu kém. Đó là, mặc dù tốc độ tăng trưởng GDP của toàn ngành đã tăng lại trong năm 2014, nhưng vẫn thấp hơn giai đoạn 2006-2010. Việc đổi mới và phát triển các hình thức tổ chức sản xuất còn chậm; công tác quản lý chất lượng và đảm bảo vệ sinh an toàn thực phẩm còn nhiều bất cập; huy động nguồn lực xã hội cho ngành còn thấp...

Bước sang năm 2015, ngành nông nghiệp, nông thôn đặt mục tiêu chung là: tiếp tục đẩy mạnh xây dựng nền nông nghiệp có giá trị gia tăng cao và phát triển bền vững trên cơ sở thực hiện tái cơ cấu ngành gắn với xây dựng nông thôn mới góp phần thúc đẩy phát triển nền kinh tế, nâng cao thu nhập và cải thiện đời sống nhân dân, bảo đảm an sinh xã hội, an ninh quốc phòng và bảo vệ môi trường. Mục tiêu cụ thể gồm: Tăng trưởng GDP toàn ngành đạt từ 3,0-3,3%; giá trị sản xuất tăng từ 3,5-3,7% so với năm 2014 (trong đó trồng trọt 2,5-2,8%, chăn nuôi 2,8-3,2%, lâm nghiệp 6,0-6,5%, thủy sản 6,0-6,5%). Giá trị kim ngạch xuất khẩu hàng nông lâm thủy sản đạt 32 tỷ USD. Tỷ lệ che phủ rừng đạt 42%. Số xã trên cả nước đạt tiêu chí nông thôn mới 20%.

Năm 2015 là năm quan trọng để hoàn thành thực hiện các nhiệm vụ phát triển nông nghiệp, nông thôn do Đại hội Đảng lần thứ XI đề ra. Mặc dù có nhiều khó khăn và thách thức, với quyết tâm cao, toàn ngành NN&PTNNT nỗ lực phấn đấu tạo sự chuyển biến mới mạnh mẽ trên tất cả các lĩnh vực, đạt nhiều thành tựu góp phần nâng cao tốc độ tăng trưởng của nền kinh tế, ổn định xã hội, đảm bảo an ninh quốc phòng, bảo vệ môi trường sinh thái cả nước.