Bên cạnh đó, xuất khẩu nông sản tăng liên tục. Việt Nam đã trở thành một trong những nước xuất khẩu hàng đầu thế giới về các mặt hàng như: gạo, cao su, cà phê, hạt tiêu, hạt điều, sản phẩm gỗ và các sản phẩm thủy sản. Trong khi Việt Nam liên tục thâm hụt thương mại, nông nghiệp là ngành duy nhất có thặng dư xuất khẩu ròng tăng đều đặn, ngay cả trong thời điểm tăng trưởng kinh tế suy giảm. Thặng dư xuất khẩu nông nghiệp đã góp phần quan trọng cân bằng cán cân thương mại quốc gia. Xuất khẩu đóng góp quan trọng trong sản xuất nông nghiệp Việt Nam.

Trong khi thương mại Việt Nam thường xuyên nhập siêu thì nông nghiệp là ngành duy nhất luôn xuất siêu, góp phần đáng kể cải thiện cán cân thương mại. Năm 2012 là năm đầu tiên sau 20 năm Việt Nam có thặng dư cán cân thương mại (284 triệu USD) chủ yếu nhờ xuất khẩu nông sản và xuất khẩu của các doanh nghiệp đầu tư trực tiếp nước ngoài. Xuất khẩu nông sản đạt mức kỷ lục 27,5 tỷ USD và đạt thặng dư xuất khẩu ròng 10,6 tỷ USD trong năm 2012.

Mặc dù đạt được những thành tựu đáng kể và đóng góp tích cực cho việc duy trì ổn định kinh tế - xã hội trong giai đoạn 2010 - 2012, nhưng tăng trưởng nông nghiệp vẫn chủ yếu dựa trên việc khai thác tài nguyên thiên nhiên (tăng diện tích đất, thâm dụng nước tưới để tăng vụ…) cùng mức sử dụng vật tư đầu vào cao nhưng hàm lượng đổi mới công nghệ và thể chế thấp. Chất lượng tăng trưởng thấp được biểu hiện ở mức tổn thất sau thu hoạch cao, chất lượng sản phẩm không đồng đều, vệ sinh an toàn thực phẩm không đảm bảo, khả năng tạo giá trị mới thấp. Vì vậy, sau một thời gian dài khởi sắc, tăng trưởng nông nghiệp đã bắt đầu chững trong thời gian gần đây, giảm từ 4,5% năm 1995 - 2000 xuống còn 3,8% giai đoạn 2000 - 2005; rồi 3,4% giai đoạn 2006 - 2011 và chỉ còn 2,7% trong năm 2012.

Chuyển đổi cơ cấu sản phẩm nông nghiệp diễn ra chậm, chưa thực sự phản ánh lợi thế so sánh và chưa đáp ứng triển vọng nhu cầu trong tương lai. Trồng trọt vẫn chiếm trên 50% cơ cấu nội ngành nông nghiệp, trong đó lúa gạo vẫn chiếm tỷ trọng chính. Tuy chiếm phần lớn diện tích cây trồng hàng năm nhưng hiệu quả kinh tế của cây lúa đem lại không cao, vì vậy đã xuất hiện tình trạng nông dân không thiết tha với đất lúa, không thâm canh tăng vụ nhất là ở đồng bằng sông Hồng. Ngành thủy sản và ngành chăn nuôi phát triển nhanh, song thiếu bền vững…

Tuy nhiên, sản xuất nông nghiệp Việt Nam đang xuất hiện những khó khăn ngày càng trầm trọng do nhiều thách thức mới xuất hiện. Trong đó có thể kể đến như:

Thứ nhất, khả năng tái sản xuất mở rộng của nông dân giảm sút. Nông nghiệp đang tiếp tục phải đối mặt với nhiều khó khăn. Kinh tế thế giới và trong nước chưa thể nhanh chóng hồi phục trong năm nay và năm tới. Các ngân hàng khó khăn vì nợ xấu, doanh nghiệp chậm tiếp cận nguồn vốn khiến lợi nhuận giảm phải cắt giảm sản xuất. Kinh tế tăng trưởng chậm, nhu cầu tiêu dùng trên thị trường giảm làm giá nông sản giảm trong khi giá vật tư, nhiên liệu vẫn tăng.

Thứ hai, rủi ro trong sản xuất nông nghiệp tăng. An ninh sinh học đang trở thành vấn đề quan trọng. Cùng với quá trình biến đổi khí hậu, tình trạng thiên tai trong tương lai sẽ diễn ra ngày càng tăng với nhiều diễn biến phức tạp hơn. Tình trạng sạt lở, lũ lụt, ngập mặn, hạn hán tại một số vùng sẽ xảy ra với mức độ nghiêm trọng hơn ảnh hưởng không nhỏ tới đời sống sinh hoạt và sản xuất của người dân. Các biểu hiện thời tiết cực đoan có nhiều khả năng gây ảnh hưởng tiêu cực cho sản xuất nông nghiệp.

Thứ ba, ô nhiễm và nguy cơ gây suy thoái môi trường. Tăng trưởng nông nghiệp của Việt Nam thời gian qua lạm dụng phân bón, hóa chất bảo vệ, thuốc thú y, chất kích thích tăng trưởng… gây tác động xấu đến môi trường, làm tăng mức độ ô nhiễm và suy yếu nguồn tài nguyên thiên nhiên. Tính trạng ô nhiễm môi trường nếu không có biện pháp ngăn chặn kịp thời sẽ mang lại những hậu quả hết sức nghiêm trọng, đe dọa sản xuất trong nước và khả năng cạnh tranh của nông sản Việt Nam trên thị trường.

Mặc dù, nhu cầu tiêu dùng chung trên thế giới đang chững lại trong điều kiện khủng hoảng kinh tế thế giới trước mắt, nhưng nhìn lâu dài, nông sản với chất lượng cao đảm bảo vệ sinh an toàn luôn luôn có thị trường và giá tốt. Trong vài chục năm tới, cả thị trường trong nước và xuất khẩu đều có triển vọng tốt cho sản xuất nông nghiệp. Trong bối cảnh hội nhập ngày càng đẩy mạnh, một khi sản xuất nông nghiệp chuyển sang hướng có giá trị gia tăng cao và chất lượng tốt thì cơ hội để Việt Nam liên kết với các doanh nghiệp và quốc gia khác để mở rộng thị trường nông sản là rất to lớn. Đến năm 2015, AFTA sẽ phát huy hết tác dụng, Hiệp định Đối tác Kinh tế Chiến lược xuyên Thái Bình dương (TPP) đang đàm phán cũng đang mở ra những thời cơ mới.

Bộ nông nghiệp và phát triển nông thôn đã chủ động chuẩn bị Đề án tái cơ cấu ngành, theo tầm nhìn “tái cơ cấu nền kinh tế” của Nghị quyết Đại hội Đảng lần thứ 11. Đây là bộ ngành đầu tiên trình Đề án tái cơ cấu ngành và đã được Thủ tướng phê duyệt. Để phục vụ mục tiêu này, Bộ nông nghiệp và phát triển nông thôn đã đề xuất các định hướng tái cơ cấu ngành như sau: chuyển từ sản xuất các nông sản có giá trị thấp và tiềm năng thị trường hẹp sang các sản phẩm có giá trị cao và tiềm năng thị trường lớn; chuyển từ tập trung đầu tư vào các công đoạn sản xuất sang đầu tư cả cho những khâu tạo giá trị gia tăng trong chuỗi giá trị sau thu hoạch; chuyển từ chỉ thúc đẩy sản xuất, kích cung sang hỗ trợ cầu; chuyển từ nông nghiệp thâm dụng tài nguyên sang nông nghiệp thâm dụng khoa học công nghệ, huy động tài nguyên con người; chuyển từ nông hộ tiểu nông sang phát triển kinh tế hợp tác, chuyên môn hóa cao, gắn kết cả ngành hàng tại các vùng chuyên canh. Nhanh chóng đưa các nguồn tài nguyên đang bị bỏ phí vào sản xuất nông nghiệp như đất ở các khu dự án công nghiệp thuộc dạng quy hoạch treo; khôi phục ngay các công trình thủy lợi tại các công trình thủy điện và khai khoáng không hiệu quả; huy động vật tư tồn kho (xi măng, sắt…) để xây dựng, phát triển giao thông nông thôn và thủy lợi nhỏ trong chương trình nông thôn mới… Tạo điều kiện thuận lợi cho khu vực tư nhân (cả trong và ngoài nước) đầu tư vào nông nghiệp và phát triển nông thôn, chuyển các hoạt động quan trọng mà trước đây nhà nước vẫn đầu tư hoàn toàn sang hợp tác công tư…

Trong đó, nhóm giải pháp quan trọng nhất, cần tập trung sức để giải quyết là đẩy mạnh triển khai tái cơ cấu ngành, đó là: phát triển khoa học công nghệ: tiếp tục đổi mới hệ thống tổ chức khoa học công ngệ nông nghiệp theo hướng tự chủ, tự chịu trách nhiệm; huy động sự tham gia của tất cả các thành phần kinh tế vào các hoạt động khoa học công ngệ nông nghiệp; phân cấp, phân quyền mạnh mẽ hoạt động khuyến nông cho các tổ chức nông dân và doanh nghiệp, tăng kinh phí đầu tư cho khoa học công nghệ và khuyến nông, đẩy mạnh triển khai cơ chế đấu thầu các đề tài nghiên cứu.

Tập trung đầu tư kết hợp cải tiến tổ chức, phát triển toàn diện toàn bộ chuỗi ngành hàng (từ sản xuất, chế biến đến buôn bán) đối với những ngành có lợi thế như lúa gạo, các da trơn ở đồng bằng sông Cửu Long, cây công nghiệp ở Tây Nguyên... tại các vùng chuyên canh sản xuất hàng hóa phục vụ xuất khẩu trọng điểm (theo mô hình cánh đồng mẫu lớn, cánh đồng liên kết…). Ưu tiên đầu tư kết cấu hạ tầng, hệ thống dịch vụ phục vụ sản xuất kinh doanh và hệ thống kho tàng, chế biến, vận chuyển, tiếp thị… nhằm nâng cao giá trị gia tăng và giảm giá thành nông sản.

Xây dựng hệ thống cảnh báo sớm nhằm phát hiện kịp thời các loại bệnh dịch nguy hiểm, nâng cao năng lực dự báo khí tượng thủy văn nhằm ứng phó với biến đổi khí hậu, hoàn thiện hệ thống thông tin thị trường làm cơ sở cho công tác điều hành và dự báo thị trường. Tiến hành bảo hiểm sản xuất nông nghiệp

Cải cách và tăng cường vai trò của hội nông dân, vai trò của các hiệp hội ngành hàng và các hợp tác xã nông nghiệp. Nâng cao vai trò của các tổ chức này trong việc cung cấp các dịch vụ công. Nâng cao vai trò giám sát của cộng đồng đối với các dịch vụ công và các hoạt động sử dụng nguồn lực chung. Cải cách thủ tục hành chính, tập trung hoạt động của Nhà nước vào những hoạt động quản lý chính (chính sách, quy hoạch, tiêu chuẩn...). Xóa bỏ cơ chế xin cho, chuyển sang đối tác khách hàng trong quản lý Nhà nước và giao thêm quyền tự chủ cho người dân cho phát triển nông thôn đặc biệt trong nông thôn mới.

Xử lý dứt điểm, cổ phần hóa và sắp xếp lại các doanh nghiệp nông lâm nghiệp nhằm cải thiện hiệu quả sử dụng đất bằng cách làm rõ đối tượng quản lý và sử dụng có hiệu quả cao nhất.

Nếu như công cuộc đổi mới 27 năm trước đã thay đổi tư duy, thực hiện những cải cách quan trọng về đổi mới quan hệ sản xuất ở cơ sở, trao quyền cho người sản xuất, kinh doanh, để cơ chế thị trường điều hành hàng hóa và dịch vụ thì có lẽ công cuộc đổi mới hôm nay đòi hỏi những đột phá trong tư duy và đổi mới chính sách, chủ trương lớn cả ở cơ sở và ở trung ương để trao quyền cho nhà khoa học, cho người quản lý, để cơ chế thị trường vận hành hiệu quả với các tài nguyên quan trọng như đất đai, tiền vốn, lao động, khoa học công nghệ…