Theo số liệu thống kê của Tổng cục Hải quan Việt Nam, xuất nhập khẩu hàng hóa giữa Việt Nam và Nhật Bản trong 10 năm trở lại đây luôn đạt mức tăng trưởng cao, bình quân mỗi năm tăng trưởng 13,9%. Nếu năm 2006 thương mại hai chiều đạt mức 9,93 tỷ USD, chiếm 11,7% tổng kim ngạch xuất nhập khẩu của cả nước thì đến năm 2015 đã tăng gấp gần 3 lần, đạt kim ngạch 28,49 tỷ USD, chiếm 8,7% trong tổng kim ngạch xuất nhập khẩu của cả nước.

Cán cân thương mại hàng hóa giữa Việt Nam với Nhật Bản luôn ở trạng thái tương đối cân bằng, 4 tháng đầu năm 2016 Việt Nam thâm hụt 51 triệu USD. Tuy nhiên, trong vòng hơn 10 năm trở lại đây từ năm 2006 đến 4 tháng đầu năm 2016 tổng cán cân thương mại hàng hóa của Việt Nam đạt thặng dư với Nhật Bản lên tới 3,59 tỷ USD. Đặc biệt từ năm 2012 đến 2014 luôn đạt mức thặng dư cao, như năm 2013 thặng dư 2,02 tỷ USD, năm 2014 thặng dư 1,77 tỷ USD.

Về hàng hóa xuất khẩu, kim ngạch xuất khẩu hàng hóa từ Việt Nam sang Nhật Bản cũng có sự tăng trưởng mạnh trong 10 năm trở lại đây, năm 2006 chỉ đạt kim ngạch 5,23 tỷ USD đến năm 2015 là 14,13 tỷ USD, đạt mức tăng trưởng bình quân 14,1%/năm. Trong đó có những năm xuất khẩu sang Nhật Bản tăng trưởng vô cùng mạnh mẽ như năm 2008 tăng 40%, năm 2011 tăng trưởng 39,5%, năm 2012 tăng trưởng 21%. Những nhóm hàng xuất khẩu chủ yếu sang Nhật Bản 4 tháng đầu năm 2016 gồm: hàng dệt may, phương tiện vận tải và phụ tùng, máy móc, thiết bị dụng cụ và phụ tùng, gỗ và sản phẩm gỗ, hàng thủy sản, giầy dép, máy vi tính, sản phẩm điện tử và linh kiện...

Về hàng hóa nhập khẩu, tương tự như hàng hóa xuất khẩu, hàng hóa nhập khẩu có xuất xứ Nhật Bản cũng có sự tăng trưởng mạnh từ 4,7 tỷ USD năm 2006 lên 14,36 tỷ USD năm 2015, đạt mức tăng trưởng bình quân 14,1%/năm. Trong đó một số năm có mức tăng trưởng cao như năm 2008 tăng 37%, năm 2011 tăng 26%, ...

Các mặt hàng có xuất xứ Nhật Bản được nhập khẩu chủ yếu vào Việt Nam trong 4 tháng đầu năm 2016 gồm: máy móc, thiết bị, dụng cụ và phụ tùng; máy vi tính, sản phẩm điện tử và linh kiện; sắt thép; linh kiện, phụ tùng ôtô; sản phẩm từ chất dẻo; vải các loại...