Nghị định số 18/2009/NĐ-CP có thêm 6 hành vi vi phạm quy định về thời hạn làm thủ tục hải quan, nộp hồ sơ thuế sẽ bị phạt cảnh cáo hoặc phạt tiền từ 200.000 đồng đến 1.000.000 đồng, gồm: Không nộp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa được chậm nộp đúng thời hạn quy định; không làm thủ tục xử lý đúng thời hạn quy định đối với nguyên liệu, vật tư dư thừa, phế liệu, phế phẩm, máy móc, thiết bị thuê mượn thuộc hợp đồng gia công theo phương án đã đăng ký trong hồ sơ thanh khoản; không tái xuất, tái nhập hàng hóa đúng thời hạn quy định hoặc thời gian đã đăng ký với cơ quan hải quan; không tái xuất, tái nhập phương tiện vận tải của cá nhân, tổ chức ở khu vực biên giới thường xuyên qua lại khu vực biên giới đúng thời hạn quy định; không chấp hành đúng chế độ báo cáo hàng hóa chịu sự giám sát, quản lý hải quan tại kho, cảng, khu phi thuế quan và vi phạm các quy định khác về thời hạn khai thuế theo quy định của pháp luật. Phạt tiền từ 5 -10 triệu đồng đối với các hành vi không tái xuất hàng hóa tạm nhập thuộc diện miễn thuế và tái xuất, tái nhập phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh đúng thời hạn quy định hoặc lưu giữ hàng hóa quá cảnh trên lãnh thổ Việt Nam quá thời hạn được phép.

 Nghị định số 18/2009/NĐ-CP còn áp dụng thêm các biện pháp khắc phục hậu quả khi vi phạm các quy định trên. Đối với các vi phạm về khai hải quan và khai thuế mức phạt cũng đã tăng mức tối đa lên 20 triệu đồng, gấp đôi mức quy định cũ; vi phạm quy định về giám sát hải quan mức phạt tối đa 30 triệu đồng (mức quy định cũ tối đa là 20 triệu đồng); vi phạm quy định về kiểm soát hải quan mức phạt tối đa 30 triệu đồng, gấp đôi mức cũ.

 Nghị định mới quy định, các vi phạm về quá cảnh, chuyển khẩu hàng hoá; xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh phương tiện vận tải không có giấy phép theo quy định hoặc xuất nhập khẩu hàng hóa không đúng nội dung trong giấy phép sẽ bị phạt từ 5 -10 triệu đồng (mức phạt cũ từ 1-5 triệu đồng). Hành vi xúc phạm, đe doạ, cản trở công chức hải quan đang thi hành công vụ được áp mức 2-10 triệu đồng, thay vì 1-5 triệu đồng như quy định cũ. Nếu nhập khẩu hàng hóa vào Việt Nam mà gây ô nhiễm môi trường, nguy hại cho sức khoẻ con người, sinh vật và hệ sinh thái thì xử phạt theo Nghị định xử lý vi phạm trong lĩnh vực bảo vệ môi trường. Trước đây, cá nhân, tổ chức vi phạm điều này sẽ bị xử phạt từ 50-70 triệu đồng.

 Về thẩm quyền xử lý vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan, trước đây, nhân viên Hải quan không có quyền phạt hành chính, thì theo Nghị định mới, nhân viên Hải quan đang thi hành công vụ có quyền phạt cảnh cáo và phạt tiền đến 200.000 đồng. Đội trưởng Đội nghiệp vụ thuộc Chi cục Hải quan ngoài thẩm quyền phạt cảnh cáo, còn có quyền phạt tiền đến 5 triệu đồng (gấp 10 lần mức phạt cũ). Chi cục trưởng Hải quan, Đội trưởng Đội Kiểm soát thuộc Cục Hải quan tỉnh, liên tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, Đội trưởng Đội Kiểm soát chống buôn lậu và Hải đội trưởng Hải đội kiểm soát trên biển thuộc Cục Điều tra chống buôn lậu Tổng cục Hải quan có quyền phạt tiền đến 20 triệu (gấp đôi mức cũ).