Trong quá trình 25 năm đưa ứng dụng công nghệ thông tin vào công tác quản lý nhà nước về hải quan, 10 năm ngày thành lập Cục CNTT&TKHQ là khoảng thời gian không dài so với chặng đường 65 năm xây dựng và trưởng thành của ngành Hải quan, nhưng là thời gian đồng hành với sự phát triển của Hải quan Việt Nam. Từ cái nôi ban đầu là Tổ máy tính điện tử thuộc Văn phòng Tổng cục Hải quan (năm 1987), sau đó là Phòng Thống kê - Máy tính, tiếp đến là Trung tâm tin học và Thống kê hải quan (năm 1994) và đó chính là nền tảng quan trọng để trở thành một cục nghiệp vụ tham mưu, giúp việc cho Tổng cục Hải quan, đó là Cục công nghệ thông tin và Thống kê hải quan hiện nay. Từ đó công tác ứng dụng công nghệ thông tin trong hoạt động quản lý nhà nước về hải quan ngày càng phát triển, đóng góp vào thành tích chung của ngành Hải quan trong giai đoạn đầu của quá trình cải cách, phát triển, hiện đại hoá hải quan, phục vụ yêu cầu hội nhập kinh tế quốc tế. Các kết quả số liệu Thống kê do Cục công bố đã được các cơ quan của Chính phủ tin cậy tuyệt đối và là đầu vào không thể thiếu trong việc hoạch định các chính sách quản lý ngoại thương của Việt Nam. Đồng thời công tác Thống kê đã kịp thời cung cấp các số liệu mới nhất về tình hình XNK của đất nước, đóng vai trò quan trọng trong việc tham mưu cho Lãnh đạo Đảng, Nhà nước và các Bộ, ngành trong công tác quản lý vĩ mô nền kinh tế.

Từ khi ra đời đến nay, Cục CNTT&TKHQ đã tập trung nghiên cứu và triển khai một số dự án phần mềm chung cho toàn Ngành như: Hệ thống thông quan điện tử, Hệ thống khai hải quan từ xa, Hệ thống thu thập và xử lý dữ liệu tờ khai Hải quan, Hệ thống quản lý theo dõi nợ thuế, kế toán thu thuế XNK, Hệ thống dữ liệu giá tính thuế, Hệ thống quản lý thông tin cưỡng chế thuế,… Các hệ thống này đều mang lại hiệu quả thiết thực trong việc quản lý, điều hành và tác nghiệp của cán bộ công chức Hải quan.

Với sự cố gắng vào nỗ lực của toàn thể cán bộ công chức ngành Hải quan về việc ứng dụng công nghệ thông tin vào công tác chuyên môn, ngành Hải quan đã được xếp hàng “Top Ten” trong bảng xếp hạng ứng dụng CNTT do Hội Tin học Việt Nam đánh giá. Năm 2007, Cục CNTT&TKHQ đã có công lao đóng góp trong việc Tổng cục Hải quan được xếp thứ nhất trong Bảng xếp hạng Chỉ số sẵn sàng ứng dụng CNTT của ngành Tài chính năm 2007 (ICT Index in Finance 2007) do Bộ Tài chính đánh giá. Năm 2009, trong lễ trao giải CNTT- Vietnam ICT Awards, Tổng cục Hải quan đã nhận được giải thưởng cao nhất đó là “Cơ quan Trung ương ứng dụng công nghệ thông tin hiệu quả nhất”. Giải thưởng là sự ghi nhận của xã hội đối với quá trình nỗ lực phấn đấu của Tổng cục Hải quan nói chung và những người làm công tác CNTT Hải quan nói riêng và là dấu mốc nhấn mạnh sự phát triển liên tục và bền vững trong lĩnh vực ứng dụng CNTT vào các hoạt động quản lý, hoạt động nghiệp vụ Hải quan.

Định hướng được ngành hải quan đặt ra tại lễ kỷ niệm 10 năm ngày thành lập Cục công nghệ thông tin và thống kê hải quan; 25 năm xây dựng lực lượng tin học và thống kê hải quan là xây dựng số liệu thống kê hải quan đạt tiêu chuẩn ngang bằng các nước khu vực Đông Nam Á.

Với mục tiêu phấn đấu xây dựng số liệu thống kê hải quan đạt tiêu chuẩn hải quan các nước khu vực Đông Nam Á và thế giới, ngành hải quan Việt Nam đề ra kế hoạch mở rộng triển khai thủ tục hải quan điện tử trong phạm vi cả nước, nghiên cứu giải pháp tổng thể, xây dựng hệ thống phần mềm tự động hóa nghiệp vụ hải quan; triển khai hệ thống thanh toán điện tử với ngân hàng thương mại; đồng thời chú trọng cung cấp dịch vụ công qua cổng thông tin điện tử, chứng thực chữ ký số, đào tạo từ xa…Bên cạnh đó, ngành đảm bảo hạ tầng mạng, trang thiết bị công nghệ thông tin, an toàn, bảo mật dữ liệu để phục vụ thủ tục hải quan điện tử và triển khai các hệ thống công nghệ thông tin theo mô hình xử lý tập trung với tiêu chí 24/24 giờ và 7/7 ngày, đảm bảo mức độ an toàn cao nhất.
Hiện nay, việc ứng dụng công nghệ thông tin, chỉ số hoạt động trong ngành hải quan Việt Nam đã được các tổ chức quốc tế như Ngân hàng Thế giới; Tổ chức Hải quan Thế giới (WCO) đánh giá cao. Hải quan Việt Nam đã có những bước tiến vượt bậc trong bảng xếp hạng các nước trong khu vực.