Theo đánh giá của Bộ Tài chính, thời gian qua, ngành Hải quan đã có nhiều cố gắng triển khai thực hiện Kế hoạch cải cách, phát triển và hiện đại hóa ngành Hải quan giai đoạn 2008 - 2010 ban hành kèm theo Quyết định 456/QĐ-BTC ngày 14/3/2008 của Bộ trưởng Bộ Tài chính, Chỉ thị số 04/2008/CT-BTC ngày 15/12/2008 của Bộ trưởng Bộ Tài chính về việc đẩy mạnh cải cách, hiện đại hóa, phòng chống phiền hà, sách nhiễu, tiêu cực trong ngành Hải quan. Quá trình triển khai đã đạt được những kết quả tích cực: thủ tục hải quan đã đơn giản, thuận lợi hơn, bước đầu được chuẩn hóa theo các chuẩn mực và thông lệ quốc tế; quản lý rủi ro đã bước đầu được áp dụng trong quy trình thủ tục hải quan; công tác kiểm tra sau thông quan được đẩy mạnh; công nghệ thông tin đã được ứng dụng rộng rãi trong công tác nghiệp vụ hải quan; nhận thức của cán bộ, công chức hải quan về cải cách, hiện đại hóa đã được nâng lên; cộng đồng doanh nghiệp và dư luận xã hội đồng tình, ủng hộ và tham gia tích cực.

Tuy nhiên, so với yêu cầu thì kết quả đạt được chưa cao. Nguyên nhân chủ yếu dẫn đến tình trạng nêu trên là do việc tổ chức triển khai thực hiện trong Ngành còn nhiều lúng túng; một bộ phận lãnh đạo các cấp trong Ngành chưa thực sự quan tâm, thiếu quyết liệt trong công tác chỉ đạo triển khai thực hiện cải cách, hiện đại hóa; một bộ phận cán bộ, công chức ngại đổi mới, chưa tham gia vào các hoạt động cải cách hiện đại hóa; công tác thanh tra, kiểm tra cơ sở còn nhiều bất cập; kỷ cương, kỷ luật, đạo đức nghề nghiệp của một bộ phận cán bộ, công chức chưa được nâng cao; công tác quản lý cán bộ tại các đơn vị cơ sở có lúc, có nơi còn thiếu chặt chẽ, thiếu kiểm tra sâu sát hoặc thiếu cương quyết trong đấu tranh; việc xử lý vi phạm, nhất là xử lý trách nhiệm cán bộ lãnh đạo có liên quan chưa nghiêm khắc.

          Chỉ thị 02/CT-BTC đã  chỉ rõ những việc trọng tâm mà ngành Hải quan cần phải triển khai thực hiện đó là:  

1- Rà soát lại các văn bản quy phạm pháp luật quy định về thủ tục hải quan, quy trình quản lý về hải quan; xác định cụ thể các văn bản cần loại bỏ, điều chỉnh hoặc sửa đổi, bổ sung để trình cấp có thẩm quyền ban hành nhằm đơn giản hóa quy trình thủ tục, rút ngắn thời gian làm thủ tục hải quan và thông quan hàng hóa xuất nhập khẩu cho doanh nghiệp và đảm bảo yêu cầu quản lý của cơ quan Hải quan.Trước mắt, cần tiến hành rà soát các điểm còn bất cập, chưa phù hợp về thủ tục hải quan, kiểm tra giám sát hải quan và quản lý thuế tại các văn bản: Thông tư số 79/2009/TT-BTC ngày 20/04/2009 hướng dẫn về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; Thông tư số 116/2008/TT-BTC ngày 04/12/2008 hướng dẫn thủ tục hải quan đối với hàng hóa gia công với thương nhân nước ngoài; Thông tư 85/2009/TT-BTC ngày 28/04/2009… các văn bản khác có liên quan do Bộ Tài chính hoặc các Bộ, ngành ban hành; Xây dựng và trình cấp có thẩm quyền ban hành văn bản mới (hoặc sửa đổi, bổ sung) nhằm khắc phục các tồn tại, vướng mắc tại các văn bản nêu trên trong tháng 9 năm 2009; xây dựng và trình cấp có thẩm quyền ban hành văn bản về thủ tục hải quan phù hợp với doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp đòi hỏi ưu tiên đặc biệt…

2-  Đẩy mạnh cải cách hiện đại hóa hải quan, cụ thể là tập trung nghiên cứu, xây dựng quy hoạch phát triển gắn với quy hoạch phát triển chung của cả nước, của các vùng, ngành; trong đó tập trung xác định rõ mô hình quản lý, mô hình tổ chức hướng tới ổn định lâu dài. Trong 6 tháng cuối năm 2009 và năm 2010, triển khai thủ tục hải quan điện tử tại các Cục Hải quan tỉnh, thành phố: Hải Phòng, Hồ Chí Minh, Đồng Nai, Bình Dương, Lạng Sơn, Hà Nội, Đà Nẵng, Bà Rịa - Vũng Tàu, Quảng Ninh và các Cục Hải quan khác nếu đủ điều kiện.

          Tập trung mở rộng triển khai khai hải quan từ xa tại tất cả các Cục Hải quan tỉnh, thành phố, nâng tỷ lệ khai hải quan từ xa trên cả nước lên 80% trong năm 2009 và trên 90% trong năm 2010, thực hiện triển khai khai hải quan điện tử chậm nhất là tháng 9/2009 đối với ít nhất 9 Cục Hải quan triển khai hải quan điện tử.

          Triển khai đề án thu thuế, lệ phí hàng tháng qua Ngân hàng thương mại ở 9 Cục Hải quan tỉnh, thành phố nơi triển khai thủ tục hải quan điện tử và các Cục Hải quan khác có điều kiện.

Triển khai thực hiện Đề án "Nâng cấp hạ tầng công nghệ thông tin Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh" để làm cơ sở cho việc áp dụng rộng rãi mô hình xử lý tập trung trong Ngành. Nhanh chóng tiến hành nâng cấp đường truyền WAN cho các đơn vị hải quan, đảm bảo đủ băng thông và đường dự phòng phục vụ triển khai mở rộng thông quan điện tử và mô hình xử lý tập trung cấp Cục. Rà soát đánh giá tổng thể hệ thống an toàn bảo mật của toàn ngành từ đó đưa ra thiết kế chi tiết hệ thống, chính sách an ninh an toàn thông tin và lộ trình triển khai thích hợp trong giai đoạn 2009 - 2010 và các năm tới. Thiết kế, xây dựng Trung tâm xử lý dữ liệu tập trung của toàn Ngành làm Trung tâm dự phòng của ngành Hải quan.

 Tập trung hoàn thiện các giải pháp kỹ thuật, nâng cao chất lượng áp dụng quản lý rủi ro, đáp ứng yêu cầu quản lý và tạo thuận lợi, giảm chi phí cho doanh nghiệp; đồng thời tăng cường công tác kiểm tra sau thông quan để chủ động phát hiện, khắc phục các sai sót, sơ hở trong khâu thông quan:

- Ban hành các văn bản quy định, hướng dẫn và triển khai các giải pháp kỹ thuật nhằm áp dụng thống nhất kỹ thuật quản lý rủi ro trong thủ tục hải quan;

- Cục trưởng Cục Hải quan tỉnh, thành phố trực tiếp chỉ đạo và chịu trách nhiệm trong việc xây dựng, quản lý, vận hành, kiểm tra hệ thống quản lý rủi ro theo phân cấp của Tổng cục Hải quan; chịu trách nhiệm về chất lượng và hiệu quả của việc đánh giá rủi ro, quyết định hình thức, mức độ kiểm tra và thực hiện kiểm tra trong quá trình làm thủ tục hải quan trên địa bàn quản lý; bố trí, đào tạo, sử dụng cán bộ chuyên trách về quản lý rủi ro theo hướng chuyên sâu;

- Phấn đấu đến cuối năm 2009, giảm tỷ lệ kiểm tra thực tế hàng hóa xuất nhập khẩu xuống dưới 20%, trong đó 70% các lô hàng kiểm tra thực tế hàng hóa được dựa trên tiêu chí quản lý rủi ro; nâng tỷ lệ các lô hàng phân vào luồng xanh; nâng cao chất lượng kiểm tra thực tế hàng hóa.

           Đối với một số địa bàn trọng điểm có lưu lượng hàng hóa xuất nhập khẩu lớn, thực hiện: làm việc với các cơ quan, đơn vị liên quan; xây dựng cơ chế, quy định; đầu tư xây dựng hoặc sắp xếp lại để quy định rõ phạm vi, vị trí của một số địa điểm, bãi kiểm tra hàng hóa tập trung ở một số cảng quan trọng; đồng thời từng bước trang bị đồng bộ hệ thống máy móc thiết bị kiểm tra, giám sát như máy soi, camera tại các địa điểm, bãi kiểm tra hàng hóa tập trung. Xây dựng và áp dụng quy trình quản lý hiện đại, đồng bộ gắn kết các khâu trong quy trình thủ tục hải quan trên cơ sở thủ tục hải quan điện tử và ứng dụng công nghệ thông tin. Năm 2009, tập trung triển khai tại các địa bàn trọng điểm thuộc các Cục Hải quan tỉnh, thành phố: Hồ Chí Minh, Hải Phòng, Bà Rịa - Vũng Tàu, Quảng Ninh, Đà Nẵng, Đồng Nai và Bình Dương.

          Ngành Hải quan cần tìm các giải pháp để đẩy nhanh tiến độ thực hiện Dự án “Hiện đại hóa Hải quan” trong khuôn khổ Dự án WB, đặc biệt là các nội dung liên quan đến rà soát, tái thiết kế tổng thể quy trình thủ tục và đầu tư hệ thống công nghệ thông tin hiện đại, vừa đáp ứng yêu cầu tự động hóa thủ tục hải quan, vừa đáp ứng yêu cầu triển khai cơ chế một cửa mà Chính phủ đã cam kết thực hiện trong ASEAN.

3- Tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra công vụ và hoạt động nghiệp vụ:

           Tăng cường chỉ đạo bổ sung kế hoạch công tác thanh tra, kiểm tra công vụ năm 2009 gắn với giám sát, kiểm tra đột xuất trong hoạt động nghiệp vụ tại các đơn vị hải quan, trọng điểm là các bộ phận tiếp nhận đăng ký hồ sơ; quản lý giá thuế; kiểm tra thực tế hàng hóa, hành lý, phương tiện; giám sát, kiểm soát chống buôn lậu tại các Chi cục Hải quan. Xây dựng kế hoạch thực hiện các văn bản chỉ đạo của Chính phủ, của Bộ Tài chính về phòng chống tham nhũng, chấn chỉnh kỷ cương, kỷ luật hành chính, phòng chống các biểu hiện phiền hà, sách nhiễu, tiêu cực và xử lý nghiêm minh các trường hợp sai phạm trong cán bộ, công chức hải quan.Khẩn trương rà soát, xây dựng các quy trình, quy chế công tác, xác định rõ trách nhiệm của người đứng đầu đơn vị các cấp có cán bộ công chức vi phạm pháp luật và có hình thức xử lý kỷ luật nghiêm minh đối với từng sai phạm; ban hành quy chế luân chuyển đối với cán bộ, công chức làm việc tại cửa khẩu; nâng cao năng lực đào tạo cán bộ, công chức trong ngành; bổ sung các quy chế về quản lý công sở, quy định về ứng dụng phương tiện kỹ thuật để hỗ trợ cho việc giám sát thực thi công vụ; nâng cao nhận thức, tổ chức đào tạo và nghiêm túc thực hiện quy tắc ứng xử của cán bộ, công chức trong ngành Hải quan.