Cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp thắng lợi, miền Bắc bước vào thời kỳ quá độ tiến lên chủ nghĩa xã hội. Để quản lý xuất - nhập khẩu, đảm bảo thực hiện chính sách bảo vệ và phát triển kinh tế nội địa, mở rộng giao lưu hàng hoá trong nước với nước ngoài, góp phần phục vụ đường lối ngoại giao và bảo vệ tài sản Nhà nước, ngày 21 tháng 2 năm 1955, Bộ trưởng Bộ Công thương Phan Anh đã ký Nghị định số 23/ BCT/NĐ/KB thành lập Chi sở Hải quan Lao Kay thuộc Sở Hải quan Trung ương, tiền thân của Hải quan Lào Cai ngày nay. Trải qua nhiều giai đoạn khác nhau, Hải quan Lào Cai luôn hoàn thành tốt nhiệm vụ của ngành và chính quyền địa phương giao phó.

Thời kỳ đầu, Chi sở Hải quan Lao Kay là một tổ chức chuyển hướng từ cơ quan Phân khu quản lý xuất - nhập cảnh và từ các phòng thuế quan của thuế vụ trong kháng chiến, địa bàn hoạt động dọc theo biên giới Việt - Hoa thuộc tỉnh Lao Kay, chịu sự lãnh đạo của Sở Hải quan Trung ương và sự lãnh đạo của Chính quyền địa phương về mọi mặt công tác, thực hiện nhiệm vụ giám quản cửa khẩu, kiểm soát chống buôn lậu, xử lý phạm pháp về buôn lậu thuốc phiện và tham gia quản lý sản phẩm miền núi.

Năm 1975, tỉnh Hoàng Liên Sơn được thành lập, Chi cục Hải quan Lao Cai được đổi tên thành Chi cục Hải quan Hoàng Liên Sơn, tiếp tục triển khai và tổ chức thực hiện chức năng nhiệm vụ, quyền hạn của Chi sở Hải quan Lao Cai. Ngày 21 tháng 1 năm 1982, Bộ trưởng Bộ Ngoại thương ký Quyết định số 58/BNgT-TCCB giải thể Chi cục Hải quan tỉnh Hoàng Liên Sơn, bổ sung cán bộ cho các cơ quan Nhà nước ở địa phương và một số tỉnh miền Nam.

Được Chính phủ cho phép, ngày 29 tháng 10 năm 1987, Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan ký Quyết định số 566/TCHQ - TCCB thành lập Đội kiểm soát Hoàng Liên Sơn trực thuộc Tổng cục Hải quan làm tiền đề cho việc thành lập Hải quan Hoàng Liên Sơn sau này, sau hơn một năm hoạt động và thực hiện chức năng nhiệm vụ của Hải quan Việt Nam trên địa bàn tỉnh Hoàng Liên Sơn, Đội kiểm soát Hoàng Liên Sơn đã thu được nhiều kết quả trong đấu tranh phòng, chống buôn lậu và vận chuyển trái phép hàng hoá qua biên giới. Ngày 19 tháng 5 năm 1989, Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan ký Quyết định số 128/TCHQ - TCCB thành lập Hải quan Hoàng Liên Sơn trực thuộc Tổng cục Hải quan. Hải quan Hoàng Liên Sơn chính thức ra mắt và đi vào hoạt động từ ngày 29 tháng 11 năm 1989, có trụ sở đóng tại thị xã Yên Bái, thực hiện chức năng quản lý nhà nước về hải quan đối với hoạt động xuất - nhập khẩu, xuất - nhập cảnh, quá cảnh, mượn đường Việt Nam, đấu tranh chống buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hoá, ngoại hối, tiền Việt Nam qua biên giới trên địa bàn tỉnh Hoàng Liên Sơn.

Năm 1991, tỉnh Lào Cai được tái lập, Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan ký Quyết định số 115/TCHQ-TCCB, ngày 30 tháng 9 năm 1991 đổi tên Hải quan Hoàng Liên Sơn thành Hải quan Lào Cai trực thuộc Tổng cục Hải quan, có trụ sở tại thị trấn Phố Lu. Nhiệm vụ chủ yếu lúc đó là chống buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới trên địa bàn tỉnh Lào Cai, hoạt động xuất - nhập khẩu thời kỳ này chủ yếu là tiểu ngạch của cư dân biên giới.

Sau 20 năm tái lập tỉnh, đứng trước những vận hội, thời cơ mới, cùng với sự phát triển kinh tế, xã hội của tỉnh, Cục Hải quan Lào Cai lớn mạnh không ngừng, từ chỗ chỉ là một Chi sở với trên 20 cán bộ, công chức, đến nay, Cục Hải quan Lào Cai đã có 12 đơn vị trực thuộc với 156 cán bộ, công chức, trong đó có 84% tốt nghiệp đại học trở lên; lực lượng đoàn viên, thanh niên chiếm trên 50%, Đảng bộ có 108 đảng viên, đây là nguồn lực quan trọng giúp Hải quan tỉnh Lào Cai thực hiện thắng lợi kế hoạch cải cách, hiện đại hoá Hải quan Lào Cai giai đoạn 2008 - 2010.

Từ năm 2007 đến nay, khi Việt Nam chính thức gia nhập Tổ chức Thương mại thế giới (WTO), hoạt động của Hải quan Lào Cai đã chuyển từ quản lý thủ công sang phương pháp quản lý hải quan hiện đại, dựa trên kỹ thuật quản lý rủi ro, hầu hết các hoạt động nghiệp vụ cũng như hành chính của đơn vị đều thực hiện trên các chương trình phần mềm, với các trang - thiết bị hiện đại, hệ thống xử lý dữ liệu tập trung của ngành. Bước đầu đáp ứng yêu cầu quản lý hiện đại, phấn đấu đến 2015 đạt trình độ tương đương nhóm các nước trình độ khá trong khối ASEAN. Những cố gắng đó của đơn vị đã được Thủ tướng Chính phủ, các bộ, ngành Trung ương, Tổng cục Hải quan, UBND tỉnh tặng nhiều phần thưởng cao quý như: Chủ tịch UBND tỉnh tặng nhiều Bằng khen và tặng Giải Đặc biệt cho Cục Hải quan tỉnh Lào Cai về thành tích thu nộp ngân sách năm 2008; Thủ tướng Chính phủ tặng Cờ thi đua vì đã có thành tích xuất sắc toàn diện dẫn đầu phong trào thi đua năm 2009 của Bộ Tài chính; 1 cá nhân được Thủ tướng Chính phủ tặng Bằng khen; 3 tập thể được UBND tỉnh tặng Cờ thi đua; 13 tập thể, 40 cá nhân được Bộ Tài chính, UBND tỉnh tặng Bằng khen vì đã có thành tích xuất sắc trong thực hiện nhiệm vụ năm 2009. Tỉnh uỷ, HĐND và UBND, UBMTTQ tỉnh tặng Bức trướng nhân dịp kỷ niệm 65 năm thành lập ngành Hải quan Việt Nam (10/9/1945 - 10/9/2010); 6 tập thể, 1 cá nhân được Thủ tướng Chính phủ tặng Bằng khen; tặng Giấy khen cho 2 tập thể, 3 cá nhân vì đã có thành tích xuất sắc trong thực hiện nhiệm vụ. Cấp uỷ, chính quyền địa phương và cộng đồng doanh nghiệp ghi nhận và đánh giá cao kết quả hoàn thành nhiệm vụ của Cục Hải quan tỉnh.

Qua 56 năm xây dựng và trưởng thành, Hải quan Lào Cai luôn nhận được sự quan tâm, giúp đỡ chỉ đạo cấp trên, của Tỉnh uỷ, HĐND, UBND, của các ngành, các cấp và đồng bào các dân tộc trong tỉnh. Đặc biệt, năm 2011, năm đầu tiên thực hiện Nghị quyết Đại hội toàn quốc lần thứ XI của Đảng, Nghị quyết Đại hội lần thứ XIV của Đảng bộ tỉnh, toàn thể cán bộ, công chức, nhân viên Cục Hải quan tỉnh đoàn kết, không ngừng phấn đấu về mọi mặt, thực sự "Chuyên nghiệp - minh bạch - hiệu quả", luôn vững vàng nơi biên cương của Tổ quốc, phấn đấu hoàn thành và hoàn thành vượt mức các chỉ tiêu được giao, xứng đáng với sự tin tưởng của Đảng, Nhà nước và nhân dân giao phó, góp phần xây dựng quê hương Lào Cai ngày càng giàu đẹp, văn minh và hiện đại.