Mặc dù do khủng hoảng tài chính và suy thoái kinh tế toàn cầu tiếp tục tác động đến Việt Nam đã ảnh hưởng không nhỏ đến kết quả triển khai và thực hiện nhiệm vụ của ngành Hải quan trong năm 2009. Năm 2010, với những dấu hiệu khả quan của việc phục hồi kinh tế, dưới sự chỉ đạo kịp thời của Chính phủ, Bộ Tài chính, nỗ lực của toàn thể cán bộ, công chức trong toàn Ngành, nhằm đạt được các mục tiêu đề ra trong năm 2010, ngay từ những ngày đầu, tháng đầu của năm, ngành Hải quan đã chủ động triển khai các nhiệm vụ trọng tâm và đạt được những kết quả nổi bật  trên nhiều mặt công tác trong Quý I/2010.

Lĩnh vực cải cách thủ tục hành chính thuộc lĩnh vực hải quan đã và đang được Tổng cục Hải quan (TCHQ) triển khai tích cực và hiệu quả. Năm 2009, TCHQ đã triển khai thực hiện, tham mưu, trình Bộ tài chính ban hành Quyết định số 1904/QĐ-BTC ngày 10/8/2009 công bố bộ thủ tục hành chính thuộc lĩnh vực hải quan, gồm 239 thủ tục. Trong đó, cấp Tổng cục thực hiện: 15 thủ tục; cấp Cục thực hiện: 27 thủ tục và cấp Chi cục thực hiện: 197 thủ tục. Ngày 15/10/2009, TCHQ đã báo cáo Bộ Tài chính kết quả rà soát các thủ tục ưu tiên, trong đó: tổng số thủ tục thực tế rà soát ưu tiên là 44 thủ tục. Tiếp tục triển khai các công việc đã hoàn thành nêu trên, ngành Hải quan xây dựng kế hoạch triển khai các công việc trong quý II/2010: rà soát,  báo cáo Bộ Tài chính để sửa đổi, bổ sung, cập nhật bộ thủ tục hành chính thuộc lĩnh vực hải quan. Hiện nay ngành Hải quan đang khẩn trương triển khai rà soát, kiểm tra lại tên các thủ tục hành chính thuộc lĩnh vực hải quan đã công bố tại Quyết định số 1904/QĐ-BTC ngày 10/8/2009 của Bộ trưởng Bộ Tài chính. Trong đó, thống kê sáp nhập các thủ tục hải quan theo phương thức điện tử với thủ tục hải quan theo phương thức truyền thống để đảm bảo giảm dần thủ tục hải quan; đẩy mạnh việc áp dụng công nghệ điện tử vào từng thủ tục; cải cách, hiện đại hoá giảm thời gian thực hiện từng thủ tục; giảm, thay thế chứng từ bằng giấy thuộc bộ hồ sơ hải quan bằng chứng từ điện tử; giảm các chứng từ bằng giấy phải xuất trình, phải nộp; giảm chi phí sao chụp chứng từ kèm bộ hồ sơ; kết hợp, thống nhất hoá phương thức điện tử - thủ công trong từng thủ tục để người khai hải quan (doanh nghiệp) có thể chủ động áp dụng việc lựa chọn một trong hai phương thức này để làm thủ tục xuất nhập khẩu cho hàng hoá.

Đánh giá về kết quả triển khai thủ tục hải quan điện tử, TCHQ cho biết, đến nay, cơ bản đáp ứng được các mục tiêu đặt ra và mang lại lợi ích thiết thực cho cả doanh nghiệp và cơ quan hải quan. Tuy nhiên, thực tiễn triển khai thủ tục hải quan điện tử đã đặt ra nhiều vấn đề mới, đòi hỏi sự điều chỉnh và thay đổi cần thiết để phù hợp với quy luật phát triển chung của tình hình chính trị, kinh tế, văn hóa và xã hội. Năm 2010, ngành Hải quan tiếp tục đẩy mạnh triển khai thủ tục hải quan điện tử theo chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ.  Trong quý I/2010 hiện  có 115 doanh nghiệp tham gia thủ tục  hải  quan điện tử tại 10 Cục Hải quan tỉnh thành phố (các doanh nghiệp này chủ yếu là các doanh nghiệp lớn, có quá trình chấp hành tốt pháp luật hải quan) với tổng 15.093 tờ khai, trị giá kim ngạch XNK trên 3,8 tỷ USD.

Theo TCHQ, trong thời gian tới, ngành tiếp tục mở rộng thủ tục Hải quan điện tử về loại hình và địa bàn. Ngoài 10 Cục Hải quan tỉnh, thành phố đang triển khai thủ tục hải quan điện tử, TCHQ sẽ xem xét mở rộng thực hiện thủ tục hải quan điện tử tại Cục Hải quan Lào Cai và Cần Thơ. Dự kiến năm 2010: tiếp tục triển khai Quy trình thủ tục hải quan đối với doanh nghiệp chế xuất và Quy trình thủ tục hải quan đối với doanh nghiệp ưu tiên.

Để thực hiện thành công thủ tục hải quan điện tử, trong thời gian tới, TCHQ sẽ tiếp tục hoàn thiện các phần mềm thủ tục hải quan điện tử đang thực hiện và xây dựng các phần mềm chưa thực hiện, chuẩn bị cơ sở hạ tầng công nghệ thông tin cho giai đoạn mở rộng địa bàn thực hiện thủ tục hải quan điện tử; đôn đốc các đơn vị đối tác xây dựng phần mềm thủ tục hải quan điện tử thực hiện đúng tiến độ. Tiếp tục phổ biến, tuyên truyền, vận động doanh nghiệp đăng ký tham gia thủ tục hải quan điện tử; tổ chức hướng dẫn tập huấn, đào tạo và đào tạo lại cho cán bộ công chức; rà soát, phân loại doanh nghiệp để lập danh sách doanh nghiệp chấp hành tốt pháp luật để tiếp tục triển khai mở rộng.

Một bước tiến nổi bật trong hiện đại hoá hoạt động hải quan cần kể đến là việc triển khai sử dụng hệ thống máy soi container tại Chi cục Hải quan cảng cửa khẩu Sài Gòn khu vực I, kể từ 2/4/2010. Đây là dự án container đầu tiên được đưa vào sử dụng tại Việt Nam,  là công cụ đắc lực hỗ trợ  trong việc kiểm tra hàng hoá XNK do Chính phủ Nhật Bản tài trợ trị giá 867 triệu Yên Nhật Bản (tương đương 9.6 triệu đô la Mỹ). Hệ thống máy soi container do Hãng L3 Communication (Hoa Kỳ) thiết kế và xây dựng soi chiếu hàng hóa trên nền công nghệ tia X. Với hệ thống máy soi tia X này, toàn bộ hệ thống máy tính, thiết bị điều khiển và toàn bộ cán bộ tiếp nhận tờ khai, cán bộ vận hành hệ thống máy soi, cán bộ phân tích hình ảnh làm việc trong phòng điều khiển tách biệt với phòng soi chiếu container.  Người lái xe container chở hàng hoá được cán bộ hải quan hướng dẫn đưa xe vào vị trí soi chiếu, sau đó người lái xe vào phòng giành riêng cho lái xe. Quá trình soi chiếu được vận hành, kiểm soát bởi nhân viên vận hành hệ thống máy soi. Kết thúc soi chiếu, lái xe đưa xe container ra ngoài.

Việc kiểm tra hàng hóa qua máy soi container giúp công chức hải quan kiểm tra nhanh hàng hóa (thời gian kiểm tra thực tế 1 container giảm từ 4 đến 6 lần so với kiểm tra thủ công). Phát hiện nhanh và kịp thời hàng hóa khai báo sai; hạn chế và ngăn chặn kịp thời các hành vi gian lận thương mại, buôn lậu và vận chuyển trái phép hàng hóa, các chất ma tuý qua việc cất giấu trong các lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu. Đối với doanh nghiệp: Việc kiểm tra hàng hóa qua máy soi container giúp doanh nghiệp tiết kiệm được thời gian thông quan hàng hóa (thời gian kiểm tra được rút ngắn); giảm chi phí nhân công, tiền bạc (mở, khoá, nâng, hạ container, tháo dỡ hàng hoá…; lưu kho bãi); đảm bảo an toàn cho hàng hoá XNK nhất là hàng hóa hạn chế dịch chuyển (do không phải tháo dỡ hàng hóa).

Trong công tác thu ngân sách, tính đến hết tháng 2/2010, số thu nộp NSNN của ngành Hải quan đạt  23.386 tỷ đồng, bằng 17,8% so với dự toán và tăng 39% so với cùng kỳ năm 2009. Số thu tháng 3/2010 phụ thuộc chủ yếu vào tình hình kim ngạch XNK của tháng 2/2010, nhưng kim ngạch XNK tháng 2/2010 giảm 21,6% so với tháng 1/2010. Vì vậy, theo đánh giá của TCHQ số thuế thu nộp NSNN tháng 3/2010 có khả năng sẽ thấp hơn các tháng trước. Đến hết tháng 3/2010, tổng số thu NSNN của ngành Hải quan: 34.875, tỷ đồng, đạt 26,5% so với dự toán (34.875/131.500 tỷ đồng), bằng 24,1% so với kế hoạch phấn đấu (34.875/147.700 tỷ đồng), tăng 31,8% so với thực hiện năm 2008 (34.875/26.464 tỷ đồng). Nguyên nhân tăng thu do kim ngạch XNK quý I/2010 có khả năng tăng cao so với cùng kỳ 2009, nên số thuế thu được từ hàng hoá XNK tăng khoảng trên 31% so với quý I/2009. Tuy lượng xăng dầu nhập khẩu có khả năng giảm khoảng 19% so với cùng kỳ nhưng do giá tăng nên kim ngạch tăng khoảng gần 20%, làm cho số thu tăng tương đương khoảng 1.000 tỷ đồng. Nhóm hàng máy móc thiết bị dụng cụ & phụ tùng tăng 14,5% (236 tr.USD), chính sách miễn, giảm 50% thuế GTGT và giãn nộp thuế GTGT không còn áp dụng trong năm 2010, nên số thu từ nhóm hàng này ước tăng khoảng 200 đến 300 tỷ đồng. Nhóm hàng máy vi tính sản phẩm điện tử tăng trên 59% (231tr.USD), số thu từ nhóm hàng này tăng khoảng 300 tỷ đồng. Nhóm hàng ôtô nguyên chiếc, linh kiện & phụ tùng ôtô tăng từ 15% đến 50%, số thu từ nhóm hàng này tăng 200 đến 800 tỷ đồng.

Trong công tác chống buôn lậu, gian lận thương mại, đánh giá của TCHQ cho thấy: trong Quý I/ 2010, tình hình buôn bán, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới vẫn diễn biến phức tạp do nhu cầu hàng hoá chuẩn bị phục vụ tiêu dùng tăng cao trong dịp Tết nguyên đán. Từ đầu năm đến nay, lực lượng toàn ngành Hải quan đã phát hiện và bắt giữ được 2.877 vụ vi phạm, trị giá hàng hoá ước tính khoảng 38,5 tỷ đồng,  18 vụ ma tuý.

Theo TCHQ, trong Quý I/2010, hoạt động buôn lậu, vận chuyển trái phép các chất ma tuý qua biên giới vẫn diễn biến hết sức phức tạp và có chiều hướng gia tăng (trọng điểm là tuyến biên giới Việt - Lào). Các đối tượng chủ mưu, cầm đầu vẫn thường hoạt động giấu mặt tìm nguồn hàng, cung cấp tài chính và thuê người vận chuyển trái phép qua biên giới. Phương thức và tuyến vận chuyển đa dạng, luôn thay đổi với những thủ đoạn rất tinh vi, nhiều đối tượng tham gia, hình thành đường dây khép kín, các đối tượng thường cất giấu ma túy vào người, hành lý tư trang và hàng hóa để luồn rừng qua các lối mòn biên giới đưa sâu vào nội địa tiêu thụ. Khi bị các lực lượng chức trách phát hiện, kiểm tra bọn chúng thường phi tang, tẩu tán tang vật, dùng vũ khí để chống đối người thi hành công vụ, gây nhiều khó khăn cho lực lượng kiểm soát. Địa bàn, tuyến trọng điểm vẫn tập trung ở các tỉnh Quảng Ninh, Lạng Sơn, Cao Bằng, Sơn La, Điện Biên, Thanh Hoá, Nghệ An, Hà Tĩnh, Quảng Bình, Quảng Trị, Tây Ninh, Long An, An Giang, Kiên Giang, TP Hồ Chí Minh. Tính đến 15/03/2010, toàn ngành Hải quan đã phát hiện và bắt giữ được 2743 vụ vi phạm, trong đó có 160 vụ buôn lậu vận chuyển trái phép, 23 vụ ma túy, 2524 vụ vi phạm hành chính... Tổng số trị giá hàng hoá ước tính khoảng 41 tỷ đồng.