Tại hội nghị Tổng kết công tác năm 2008, triển khai nhiệm vụ năm 2009, Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan Lê Mạnh Hùng nhấn mạnh: “Nhiệm vụ số một của ngành Hải quan là triển khai công tác cải cách hiện đại hóa. Trọng tâm của nhiệm vụ này là tiếp tục mở rộng triển khai mô hình thí điểm hải quan điện tử, chuẩn bị kỹ lưỡng về mặt nhân lực cho hiện đại hóa, khắc phục những bất cập trong công tác đào tạo thời gian qua”.

Kế hoạch cải cách hiện đại hóa năm 2009 của ngành Hải quan đưa ra 5 mục tiêu cơ bản, tập trung: Hoàn thiện xây dựng Chiến lược hiện đại hóa hải quan Việt Nam đến năm 2020 và tổ chức thực thi Chiến lược sau khi được Chính phủ phê duyệt; Tập trung các nguồn lực triển khai mở rộng thủ tục hải quan điện tử tại các cục hải quan đang tiến hành thí điểm cũng như tại các địa bàn trọng điểm cả về chiều rộng và chiều sâu; Mở rộng và từng bước nâng cao mức độ tự động hóa các ứng dụng CNTT trong nghiệp vụ hải quan, cụ thể: Tăng nhanh lưu lượng khai hải quan từ xa và khai hải quan điện tử, phấn đấu năm 2009 khai hải quan từ xa và khai hải quan điện tử đạt tỷ lệ 80% trên tổng số tờ khai XNK toàn quốc.

Theo số liệu từ Bộ Tài chính, đến hết năm 2008, ngành Hải quan đã thực hiện khai báo hải quan từ xa đạt 67%. Việc thí điểm thủ tục hải quan điện tử giai đoạn 2 đã bước đầu giải quyết được những vướng mắc cơ bản của giai đoạn 1 liên quan đến quy trình nghiệp vụ, thủ tục được xây dựng đáp ứng hầu hết các chuẩn mực quốc tế, mở rộng thủ tục hải quan điện tử gia công, sản xuất xuất khẩu, chuyển cửa khẩu, số lượng giấy tờ phải nộp/ xuất trình giảm; mức độ tự động hóa đã được cải thiện qua việc đưa vào hệ thống một số bộ danh mục chuẩn hóa, áp dụng quản lý rủi ro ngày một sâu rộng.

Số liệu thống kê từ 2006 đến 2008 cho thấy: Trong toàn quốc đã có 537 DN tham gia, thông quan cho gần 100.000 tờ khai với lưu lượng trung bình năm 2008 đạt 116 tờ khai/ ngày (tăng 17% so với 2007). Tổng kim ngạch xuất nhập khẩu từ 2006 đến 2008 đạt xấp xỉ 9,853 tỷ USD với số thuế thu được xấp xỉ 9,287 tỷ đồng. Kim ngạch xuất nhập khẩu đối với hàng hóa làm thủ tục tại Chi cục Hải quan điện tử tại Hải Phòng và TP Hồ Chí Minh chiếm lần lượt 3,7%; 6,2% và 7,0% (theo các năm 2006, 9 tháng đầu năm 2007, 9 tháng đầu năm 2008) trên tổng kim ngạch XNK đối với hàng hóa làm thủ tục tại hai Cục Hải quan trên. Tỷ lệ phân luồng tại Hải Phòng: Xanh: 67%, Vàng: 10%, Đỏ: 23%. Tại TP Hồ Chí Minh: Xanh: 39%, Vàng: 49%, Đỏ: 12%. Thời gian thông quan trung bình đối với các lô hàng luồng xanh là 5 – 10 phút, luồng vàng từ 20 – 30 phút, luồng đỏ phụ thuộc vào thời gian kiểm tra hàng hóa. Thông qua việc áp dụng thủ tục hải quan điện tử, cơ quan hải quan đã hỗ trợ cho DN trong việc khai báo, thông quan hàng hóa nhanh chóng, số liệu giữa cơ quan hải quan và DN được thống nhất, bảng biểu thanh lý hàng hóa xuất nhập khẩu giảm, thông tin toàn bộ quá trình thông quan được quản lý trong hệ thống, có thể kiểm soát và kiểm tra bất cứ lúc nào, thông qua thủ tục hải quan điện tử DN cũng nắm được quá trình thông quan hàng hóa.

Trong thời gian tới, Tổng cục Hải quan sẽ chuyển sang triển khai mở rộng áp dụng thủ tục hải quan điện tử cả theo chiều sâu (mở rộng về đối tượng và loại hình) và chiều rộng (về địa bàn). Giai đoạn từ nay đến tháng 6/2009, tiến hành các bước mở rộng ra các Cục Hải quan Đồng Nai, Bình Dương. Giai đoạn từ 6/2009 đến 12/2009: tiến hành các bước triển khai mở rộng cho các chi cục Hải quan Hà Nội, Lạng Sơn, Đà Nẵng. Đối với các cục hải quan khác, tiếp tục đẩy mạng tiếp nhận khai hải quan qua mạng, từ xa để làm tiền đề mở rộng sang thủ tục hải  quan điện tử.

Để đạt được các mục tiêu đề ra, về nội lực, ngành Hải quan sẽ tiến hành cải thiện về cơ sở pháp lý, quy trình nghiệp vụ, với mô hình thông quan và mô hình tổ chức phù hợp, về hệ thống CNTT và các điều kiện đảm bảo khác.  Ngoài ra, để công cuộc cải cách thành công, cũng rất cần sự phối hợp giữa các đơn vị thuộc Bộ Tài chính và các bộ, ngành khác trong việc ban hành các chính sách quản lý cũng như chuẩn hóa, mã hóa các danh mục quản lý chuyên ngành; đẩy nhanh quá trình triển khai hạ tầng kỹ thuật và pháp lý liên quan đến giao dịch điện tử; quy hoạch lại các điểm làm thủ tục hải quan, địa điểm kiểm tra hàng hóa tập trung tại các cảng biển, sân bay, khu công nghiệp… để có thể đầu tư trang thiết bị kiểm tra, giám sát.

Theo ông Đỗ Hoàng Anh Tuấn, Thứ trưởng Bộ Tài chính: "Năm 2009, Bộ Tài chính nói chung và ngành Hải quan nói riêng sẽ cố gắng tập trung các nguồn lực để thúc đẩy triển khai thủ tục điện tử tại các địa bàn mới. Trong đó, Cục Hải quan Đồng Nai và Bình Dương dự kiến sẽ hoàn tất chuẩn bị để bắt đầu áp dụng vào tháng 6/2009. Các cục Hải quan Hà Nội, Lạng Sơn, Đà Nẵng sẽ chuẩn bị áp dụng vào cuối năm 2009". Ông Đỗ Hoàng Anh Tuấn cũng khẳng định, công tác hiện đại hóa và đơn giản hóa thủ tục hải quan hiện hành nhằm giảm thời gian thông quan hàng hóa cũng sẽ được Bộ tích cực đẩy mạnh. Thứ trưởng Bộ Tài chính Đỗ Hoàng Anh Tuấn, cho biết, năm 2009, ngành hải quan đặt mục tiêu đạt 80% tổng số lượng tờ khai hải quan hàng hóa xuất nhập khẩu trên toàn quốc được khai báo từ xa.