Thanh tra thuế được coi là “quả đấm thép” trong phòng chống, hạn chế gian lận thuế. Là bộ phận chủ lực của ngành Thuế TP. Hồ Chí Minh, 9 tháng đầu năm 2012, thanh tra Thuế Thành phố đã thực hiện chức năng phát hiện kịp thời gian lận, sai sót của người nộp thuế, đồng thời có tác dụng răn đe, hạn chế gian lận, nâng cao tính tuân thủ của người nộp thuế.

Nhằm đảm bảo nhiệm vụ thu ngân sách nhà nước và các nhiệm vụ nói trên, 9 tháng đầu năm 2012, thanh tra ngành Thuế TP. Hồ Chí Minh đã thực hiện kiểm tra 94.668 hồ sơ kê khai tại cơ quan Thuế; kiểm tra 7.191 hồ sơ tại doanh nghiệp. Qua đó, số phải truy thu và phạt theo quyết định xử lý là 2.769 tỉ đồng, tổng số doanh nghiệp (DN) có xử lý truy thu chiếm 89% trên tổng số DN được kiểm tra. Các DN được Cục Thuế tập trung thanh, kiểm tra là các DN thường xuyên khai lỗ, các DN có giao dịch liên kết, hoặc ẩn chứa một số dấu hiệu bất thường nghi ngờ tham gia hoạt động chuyển giá. DN được kiểm tra còn là những DN nhiều năm chưa được kiểm tra, thanh tra, DN có số thuế phát sinh lớn...

Đơn vị đã thực hiện thanh tra 1.020 hồ sơ, đạt 69% kế hoạch, tăng 72% so với cùng kỳ năm 2011. Tổng số truy thu và phạt đạt trên 2.220 tỷ đồng, đạt 148% kế hoạch năm 2012 và tăng 84% so với cùng kì năm 2011. Thông qua việc làm trên, Cục Thuế TP.Hồ Chí Minh đã thực hiện truy thu và phạt 525 tỉ đồng vào ngân sách nhà nước, đạt 82,86% kế hoạch cả năm.