Theo đánh giá, hiện nay hệ thống phần mềm thông quan điện tử vận hành theo Nghị định 87/2012/NĐ-CP đã hoạt động tương đối ổn định, cập nhật đầy đủ các bản vá lỗi hiện hành nhằm khắc phục các vướng mắc xảy ra trong quá trình sử dụng. Tính từ ngày 1 đến ngày 28/2/2013, hệ thống này đã hỗ trợ cho 449 doanh nghiệp tham gian thực hiện TTHQĐT tại Cục với tổng số 2.649 tờ khai. 

Là một trong những đơn vị đi đầu trong cả nước về công tác triển khai TTHQĐT theo Nghị định 87/2012/NĐ-CP, Cục Hải quan Đà Nẵng gặp khá nhiều khó khăn trong những ngày đầu triển khai hệ thống mới. Tuy nhiên, cán bộ công chức Trung tâm Dữ liệu và Công nghệ thông tin – bộ phận trực tiếp điều hành và chịu trách nhiệm trong quá trình triển khai hệ thống mới tại Cục và 5 Chi cục trực thuộc đã tăng cường làm việc tất cả các ngày trong tuần vừa đảm bảo cho hoạt động thông quan thông suốt, vừa trực chuyển đổi hệ thống và khắc phục, xử lý các sự cố nhằm hỗ trợ tốt nhất cho doanh nghiệp và các Chi cục.