Cụ thể, từ ngày 1/4/2018, Chi cục Hải quan Cửa khẩu sân bay quốc tế Nội Bài thực hiện rút gọn từ 9 đội xuống còn 7 đội bao gồm: Đội Tổng hợp; Đội Quản lý thuế; Đội Thủ tục hành lý nhập khẩu; Đội Thủ tục hành lý xuất khẩu; Đội Thủ tục hàng hóa xuất nhập khẩu; Đội Giám sát hải quan; Tổ Kiểm soát hải quan.

Đội Thủ tục hàng hóa nhập khẩu và Đội Thủ tục hàng hóa xuất khẩu sáp nhập thành Đội Thủ tục hàng hóa xuất nhập khẩu; Tổ Kiểm soát phòng, chống ma túy và Tổ Kiểm soát hải quan sáp nhập thành Tổ Kiểm soát hải quan.

Chi cục Hải quan Chuyển phát nhanh gồm 4 Đội: Đội Tổng hợp; Đội Thủ tục hàng hóa xuất nhập khẩu số 1; Đội Thủ tục hàng hóa xuất nhập khẩu số 2; Đội Giám sát và kiểm soát hải quan. Đội Kiểm soát hải quan có 3 Tổ gồm: Tổ Tổng hợp; Tổ Kiểm soát số 1; Tổ Kiểm soát số 2.

Chi cục Kiểm tra sau thông quan gồm 4 Đội: Đội Tham mưu-Tổng hợp; Đội Kiểm tra sau thông quan số 1; Đội Kiểm tra sau thông quan số 2; Đội Kiểm tra sau thông quan số 3.

Chi cục Hải quan Bắc Hà Nội, Chi cục Hải quan Khu Công nghiệp Bắc Thăng Long, Chi cục Hải quan quản lý hàng Đầu tư - Gia công và Chi cục Hải quan Gia Thụy, mỗi đơn vị cơ cấu tổ chức có 3 Đội gồm: Đội Tổng hợp; Đội Nghiệp vụ; Đội Quản lý thuế.

Đối với Chi cục Hải quan ga đường sắt quốc tế Yên Viên, Chi cục Hải quan Hòa Lạc, Chi cục Hải quan Vĩnh Phúc có 2 Đội gồm: Đội Tổng hợp và Đội Nghiệp vụ.

Với việc cơ cấu lại tổ chức, Cục Hải quan TP. Hà Nội đã ban hành các quyết định quy định chức năng, nhiệm vụ của các đội thuộc các Chi cục Hải quan trực thuộc. Bên cạnh việc rút gọn đội của các đơn vị nói trên, Cục Hải quan TP. Hà Nội quyết định 4 đơn vị không tổ chức cấp đội gồm: Chi cục Hải quan Hòa Bình, Chi cục Hải quan Yên Bái, Chi cục Hải quan Phú Thọ và Đội Kiểm soát phòng, chống ma túy.

Theo Cục Hải quan TP. Hà Nội, việc sắp xếp, tổ chức lại Đội thuộc chi cục hải quan và tương đương thuộc đơn vị là triển khai thực hiện chỉ đạo của Chính phủ, Bộ Tài chính, Tổng cục Hải quan để bộ máy tinh gọn, hiệu lực, hiệu quả.