Bên cạnh việc KTSTQ theo kế họach đề ra từ đầu năm, Chi cục KTSTQ còn xây dựng một số chuyên đề về KTSTQ đối với một số loại hình kinh doanh, gia công, sản xuất xuất khẩu… Việc tập trung công tác KTSTQ theo chuyên đề sẽ giúp công tác kiểm tra được thực hiện chuyên sâu, rút được kinh nghiệm trong việc thực hiện các vụ kiểm tra tương tự.

Theo lãnh đạo Chi cục KTSTQ, công tác KTSTQ trong giai đoạn hiện nay phải được tăng cường thực hiện toàn diện để đáp ứng các yêu cầu của quản lý Nhà nước, nhất là khi toàn Ngành đang thực hiện mạnh mẽ cải cách thủ tục hành chính, áp dụng 100%  thủ tục hải quan điện tử.

Trong năm 2012, Chi cục KTSTQ đã tổ chức thực hiện KTSTQ được 749 vụ, trong đó, lập bản kết luận KTSTQ 597 vụ, ban hành 308 quyết định ấn định thuế, với số tiền đã truy thu, nộp ngân sách nhà nước là 202,9  tỷ đồng, vượt 24,5% chỉ tiêu được Tổng cục Hải quan giao.