Trong giai đoạn này, sẽ có 5 dự án công nghệ thông tin của ngành Hải quan được thực hiện gồm: Dự án nâng cấp, triển khai hệ thống thông quan điện tử theo mô hình xử lí tập trung cấp Tổng cục; Dự án nâng cấp, triển khai hệ thống kế toán thuế xuất nhập khẩu theo mô hình xử lí dữ liệu tập trung cấp Tổng cục; Dự án xây dựng hệ thống tiếp nhận, xử lí thông tin trước về hành khách và hàng hóa trên các chuyến bay thương mại phục vụ mở rộng thông quan điện tử và quản lí rủi ro; Dự án nâng cấp, triển khai mở rộng hạ tầng truyền thông phục vụ triển khai dự án hiện đại hóa hải quan VNACCS/VCIS; Dự án nâng cấp, triển khai hệ thống thông tin giá tính thuế để kết nối/chuyển đổi dữ liệu với Hệ thống VNACCS/VCIS.

Cả 5 dự án trên được Bộ Tài chính giao Cục Công nghệ thông tin và Thống kê Hải quan, Tổng cục Hải quan làm chủ đầu tư.