Thực hiện VNACCS/VCIS là bước đi quan trọng trong lộ trình hiện đại hóa của Hải quan Việt Nam và tiến tới thực hiện Cơ chế Hải quan một cửa quốc gia và kết nối Cơ chế một cửa ASEAN. Theo đó, góp phần đổi mới phương thức quản lý, thói quen và kinh nghiệm quản lý theo phương pháp quản lý tiên tiến; góp phần thực hiện thành công các mục tiêu của Kế hoạch cải cách, phát triển và hiện đại hoá hải quan giai đoạn 2011 - 2015 và Chiến lược phát triển Hải quan đến năm 2020 là Hải quan Việt Nam đạt trình độ tương đương với các nước tiên tiến trong khu vực Đông Nam Á.

Theo Tổng cục Hải quan, VNACCS/VCIS mang lại lợi ích cho việc phát triển ngành Hải quan, đáp ứng yêu cầu hội nhập sâu rộng của nền kinh tế Việt Nam. VNACCS cung cấp nhiều tính năng hiện đại để quản lý người khai hải quan với hơn 500 chỉ tiêu (tên, số giấy phép khai hải quan...), xếp hạng rủi ro doanh nghiệp chi tiết hơn (7 hạng thay vì 3 hạng như hiện nay); cho phép tự động hóa tối đa ở các khâu như tự xác định thuế suất, tự tính thuế, phân tích tính toán giá trị hàng hóa: tự động thanh toán thuế và thông quan; các nghiệp vụ khai báo, chế độ quản lý hải quan dựa theo tiêu chuẩn hơn 100 loại hình nhập khẩu trước đây được thay thế bằng 40 mã được chuẩn hóa trên hệ thống… giúp cho việc quản lý nhà nước của cơ quan hải quan dễ dàng, minh bạch và hiệu quả hơn.

Thêm vào đó, thủ tục hải quan điện tử được vận hành từ năm 2005 cũng đã mang lại cho các doanh nghiệp nhiều lợi ích thiết thực so với thủ tục hải quan truyền thống, cụ thể:

Thứ nhất, thực hiện thủ tục hải quan điện tử giúp giảm chi phí và tiết kiệm thời gian và nhân lực cho doanh nghiệp. Doanh nghiệp không phải đến trụ sở của cơ quan hải quan mà có thể khai hải quan tại bất cứ địa điểm nào, bất cứ thời gian nào có máy tính kết nối mạng internet và được thông quan ngay đối với lô hàng thuộc diện được miễn kiểm tra hồ sơ giấy và miễn kiểm tra thực tế hàng hóa. Việc này giúp doanh nghiệp tiết kiệm chi phí và thời gian đi lại làm thủ tục, thông qua đó tăng cường khả năng cạnh tranh của doanh nghiệp.

Thứ hai, đối với những doanh nghiệp ưu tiên còn được hưởng những lợi ích như được sử dụng tờ khai hải quan tạm để giải phóng hàng; được hoàn thành thủ tục thông quan trên cơ sở sử dụng tờ khai điện tử một lần/1 tháng cho tất cả hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thường xuyên với cùng một đối tác, cùng một loại hình xuất khẩu, nhập khẩu, đã được giải phóng hàng theo các tờ khai tạm; …

Theo kế hoạch, ngành Hải quan quyết tâm, đến tháng 6/2014, hoàn thành triển khai VNACCS//VCIS tại 34 cục hải quan, tỉnh thành phố trên toàn quốc. Với sự hỗ trợ đắc lực của các cán bộ hải quan giàu nhiệt huyết và thông thạo nghiệp vụ, cùng sự đồng lòng của hải quan và doanh nghiệp trong quá trình thực hiện, VNACCS/VCIS với các tính năng ưu việt  hứa hẹn sẽ tạo điều kiện thuận lợi nhất cho các doanh nghiệp trong hoạt động xuất nhập khẩu và hội nhập quốc tế.