Tạiphiên thảo luận, chỉ có 3 ý kiến của đại biểu Quốc hội góp ý vào dự thảo Luật này. Các ý kiến cơ bản tán thành với báo cáo giải trình tiếp thu, chỉnh lý dự thảo Luật do Ủy ban Thường vụ Quốc hội trình.

Theođại biểu Hà Sỹ Đồng (Quảng Trị), dự thảo luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế thuế giá trị gia tăng, Luật thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật quản lý thuế đã tiếp tục rà soát và tiếp thu các góp ý của đại biểu Quốc hội một cách nghiêm túc và có chọn lọc, giúp tăng cường sự rõ ràng, minh bạch và tính khả thi.

Đạibiểu Đỗ Văn Vẻ (Thái Bình) cũng bày tỏ cơ bản nhất trí với dự thảo và đồng tình với Báo cáo thẩm tra của Ủy ban thường vụ Quốc hội.

Đạibiểu Trần Du Lịch (TP Hồ Chí Minh) cũng đánh giá cao sự tiếp thu của cơ quan soạn thảo. Theo Đại biểu, dự thảo Luật đã được tiếp thu, sửa đổi so với lần trình Quốc hội tại kỳ họp thứ 10.

Cho ý kiến tại kỳ họp thứ 10 trước đó, có một số ý kiến cho rằng, Luật thuế GTGT và Luật quản lý thuế mới được Quốc hội sửa đổi, bổ sung tại Luật số 71/2014/QH13, hiệu lực thi hành ngày 01/01/2015 và Luật thuế TTĐB sửa đổi đến ngày 01/01/2016 mới có hiệu lực thi hành, nay Chính phủ tiếp tục đề nghị sửa đổi là chưa thực sự hợp lý. Trong báo cáo giải trình, Ủy ban Thường vụ Quốc hộiUBTVQHcho biết: Tuy nhiên, từ năm 2018, Việt Nam tham gia và thực hiện đầy đủ Hiệp định thương mại tự do ASEAN, theo đó thuế suất thuế nhập khẩu từ ASEAN sẽ về 0%. Do vậy, việc sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT, Luật thuế TTĐB và Luật quản lý thuế là cần thiết.

Mặt khác, trên cơ sở ý kiến của các đại biểu Quốc hội (ĐBQH) trong quá trình thảo luận tại Quốc hội,UBTVQH đã chỉ đạo Ủy ban Tài chính ngân sách (TCNS) và Cơ quan soạn thảo(Bộ Tài chính)nghiêm túc tiếp thu nhiều ý kiến xác đáng của các ĐBQH và đưa ra khỏi phạm vi điều chỉnh của Luật những nội dung chưa thực sự phù hợp. Các nội dung tiếp thu đảm bảo minh bạch, cụ thể, khả thi và phù hợp với thực tế, phù hợp với các cam kết quốc tế mà Việt Nam đã và đang ký kết.

Cho ý kiến về về nội dung sửa đổi Luật thuế giá trị gia tăng, đại biểu Đỗ Văn Vẻ bày tỏ sự thống nhất cao với nội dung bổ sung Khoản 1, Điều 5, Luật thuế giá trị gia tăng đối với sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi thủy sản, nuôi trồng đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường khi bán cho doanh nghiệp, hợp tác xã ở khâu kinh doanh thương mại thì không phải kê khai tính vào thuế giá trị gia tăng.

Theo đại biểu, quy định này sẽ khắc phục được tình trạng lợi dụng gian lận, chiếm đoạt tiền hoàn thuế giá trị gia tăng; đồng thời, giảm bớt được chi phí nhân lực trong quản lý thuế đối với nông sản trong khâu thương mại nội địa vì không tính thu nộp thuế giá trị gia tăng tại khâu kinh doanh nội địa nên không phải hoàn thuế khi xuất khẩu.

Về quy định hoàn thuế giá trị gia tăng, đại biểu Đỗ Văn Vẻ nhất trí với việc sửa quy định về hoàn thuế giá trị gia tăng tại Khoản 1, Điều 13, Luật thuế giá trị gia tăng, theo đó, sẽ không hoàn thuế cho cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ có số thuế đầu vào chưa được khấu trừ hết, cơ sở kinh doanh sẽ được chuyển sang khấu trừ vào các kỳ tiếp theo. Tuy nhiên, theo đại biểu, trong thực tế sẽ có những trường hợp trong các kỳ thuế tiếp theo vẫn không thể khấu trừ được hết số thuế đầuvào và lựa chọn cách tính vào chi phí. Vì vậy, đại biểu đề nghị bổ sung quy định trường hợp cơ sở kinh doanh có số thuế đầu vào không chuyển sang kỳ tiếp theo để khấu trừ thì được lựa chọn tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập thuế, thu nhập chịu thuế thu nhập của doanh nghiệp.

Nội dung sửa đổi, bổ sung Luật quản lý thuế cũng được đại biểu quan tâm. Đại biểu Đỗ Văn Vẻ đề nghị: "Không áp mức tiền chậm nộp thuế là 0,04%/ngày như dự thảo mới mà giữ nguyên như mức 0,03%/ngày như dự thảo trước đây đã được nhiều đại biểu Quốc hội phát biểu đồng tình tại kỳ họp thứ 10. Bởi vì, khác với lãi tiền vay trả ngân hàng, tiền chậm nộp thuế không được tính vào chi phí mà doanh nghiệp phải lấy từ lợi nhuận sau thuế với tỷ lệ 0,04%/ngày bằng 14,6%/năm, nếu quy về chi phí lãi vay trước thuế thì tương đương mức 18,25%/năm. Đây là mức quá cao so với sức chịu đựng của doanh nghiệp".

Đại biểu Trần Du Lịch (TP Hồ Chí Minh) cũng cho rằng: "Chúng ta không nên thỏa hiệp, giữa 0,03% và 0,05% để đưa ra con số là 0,04%. Tôi đề nghị vẫn là 0,03%".

Kết luận phiên thảo luận, Phó Chủ tịch Quốc hội Nguyễn Thị Kim Ngân cho rằng, các ý kiến cơ bản tán thành với báo cáo giải trình dự thảo Luật đã được tiếp thu, chỉnh lý. Khẳng định một lần nữa về sự cần thiết phải ban hành dự án Luật sửa đổi 3 luật thuế nêu trên, Phó Chủ tịch Quốc hội Nguyễn Thị Kim Ngân nhấn mạnh: "Mặc dù các Luật này mới có hiệu lực thực hiện từ đầu năm 2016, nhưng chúng ta cần thiết sửa đổi để phù hợp với những cam kết chúng ta đã ký trong quá trình hội nhập kinh tế quốc tế, đồng thời để khắc phục những bất cập. Ủy ban Thường vụ xin tiếp thu và chỉ đạo nghiên cứu thêm những vấn đề đại biểu nêu, trên cơ sở đó hoàn thiện thêm một bước nữa để trình lại Quốc hội xem xét, biểu quyết thông qua tại kỳ họp này".

Về thời điểm có hiệu lực thi hành của dự án Luật, theo Tờ trình của Chính phủ tại kỳ họp thứ 10 Quốc hội khóa XIII, dự kiến hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2016. Tuy nhiên, do Quốc hội lùi thời gian thông qua Luật từ kỳ họp thứ 10 sang kỳ họp thứ 11 (tháng 3/2016), đồng thời để tạo điều kiện cho các doanh nghiệp chuẩn bị phương án sản xuất kinh doanh, UBTVQH đề nghị thời điểm thực hiện Luật từ ngày 01/7/2016 là phù hợp.