Tuy đã đạt được nhiều kết quả tích cực trong công tác chống khai thác hải sản bất hợp pháp, không báo cáo và không theo quy định (khai thác IUU), nhưng công tác quản lý các tàu khai thác hải sản của tỉnh Khánh Hòa vẫn còn một số khó khăn. Ban Chỉ đạo IUU tỉnh đã chỉ đạo các đơn vị, địa phương thực hiện nhiều giải pháp để nâng cao hiệu quả quản lý tàu cá.