Hiện nay, Kiểm toán Nhà nước (KTNN) mới chỉ tổ chức lồng ghép kiểm toán việc thực hiện cơ chế tự chủ của các đơn vị sự nghiệp công lập (ĐVSNCL) trong các cuộc kiểm toán chuyên đề. Thời gian tới, để có thể tổ chức kiểm toán việc cơ cấu lại ĐVSNCL bài bản hơn, KTNN cần xây dựng Hướng dẫn kiểm toán trong lĩnh vực này