Cụ thể, người nộp thuế bị cơ quan thuế ấn định số tiền thuế phải nộp trong các trường hợp sau: Không đăng ký thuế theo quy định tại Điều 33 Luật Quản lý thuế; Không khai thuế hoặc kê khai thuế không đầy đủ, trung thực, chính xác theo quy định tại Điều 42 Luật Quản lý thuế; Không nộp bổ sung hồ sơ thuế theo yêu cầu của cơ quan quản lý thuế hoặc đã bổ sung hồ sơ thuế nhưng không đầy đủ, trung thực, chính xác các căn cứ tính thuế để xác định số thuế phải nộp; Không phản ánh hoặc phản ánh không đầy đủ, trung thực, chính xác số liệu trên sổ kế toán để xác định nghĩa vụ thuế...

Những trường hợp không chấp hành quyết định kiểm tra thuế trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày ký quyết định; Không chấp hành quyết định thanh tra thuế trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày ký quyết định cũng sẽ bị cơ quan thuế ấn định số tiền thuế phải nộp, trừ trường hợp được hoãn thời gian thanh tra theo quy định.

Bên cạnh đó, cơ quan thuế ấn định số tiền thuế phải nộp đối với các trường hợp mua, bán, trao đổi và hạch toán giá trị hàng hóa, dịch vụ không theo giá trị giao dịch thông thường trên thị trường; Mua, trao đổi hàng hóa, dịch vụ sử dụng hóa đơn không hợp pháp; Các trường hợp có dấu hiệu bỏ trốn hoặc phát tán tài sản để không thực hiện nghĩa vụ thuế; Thực hiện các giao dịch không đúng với bản chất kinh tế, không đúng thực tế phát sinh nhằm mục đích giảm nghĩa vụ thuế của người nộp thuế; Không tuân thủ quy định về nghĩa vụ kê khai, xác định giá giao dịch liên kết...

Nghị định số 126/2020/NĐ-CP nêu rõ, Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế; Cục trưởng Cục Thuế; Chi cục trưởng Chi cục Thuế có thẩm quyền ấn định thuế.

Khi ấn định thuế, cơ quan thuế thông báo bằng văn bản cho người nộp thuế về việc ấn định thuế và ban hành quyết định ấn định thuế. Quyết định ấn định thuế phải nêu rõ lý do ấn định thuế, căn cứ ấn định thuế, số tiền thuế ấn định, thời hạn nộp tiền thuế.

Trường hợp cơ quan thuế thực hiện ấn định thuế qua kiểm tra thuế, thanh tra thuế thì lý do ấn định thuế, căn cứ ấn định thuế, số tiền thuế ấn định, thời hạn nộp tiền thuế phải được ghi trong biên bản kiểm tra thuế, thanh tra thuế, quyết định xử lý về thuế của cơ quan thuế.

Trường hợp người nộp thuế bị ấn định thuế theo quy định thì cơ quan thuế xử phạt vi phạm hành chính và tính tiền chậm nộp tiền thuế theo quy định của pháp luật.

Khi ấn định thuế cơ quan thuế phải ban hành quyết định ấn định thuế theo Mẫu số 01/AĐT ban hành kèm theo Nghị định này, đồng thời gửi cho người nộp thuế trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ khi ký quyết định ấn định thuế;

Trường hợp người nộp thuế thuộc diện nộp thuế theo thông báo của cơ quan thuế thì cơ quan thuế không phải ban hành quyết định ấn định thuế theo quy định tại khoản này.

Người nộp thuế phải nộp số tiền thuế ấn định theo quyết định xử lý về thuế của cơ quan quản lý thuế. Trường hợp người nộp thuế không đồng ý với số thuế do cơ quan thuế ấn định thì người nộp thuế vẫn phải nộp số thuế đó, đồng thời có quyền yêu cầu cơ quan thuế giải thích hoặc khiếu nại, khởi kiện về việc ấn định thuế.