Trước bối cảnh phát triển mới, bên cạnh những điều kiện thuận lợi, Ngành Hải quan sẽ phải đối mặt với không ít khó khăn, thách thức. Do đó, công tác cải cách, hiện đại hóa hải quan hiện nay trở lên bức thiết hơn bao giờ hết.

Một là sự thay đổi nhanh chóng và phức tạp của bối cảnh quốc tế có tác động sâu sắc và toàn diện tới hoạt động của Hải quan Việt Nam. Thương mại quốc tế ngày một tăng lên cả về nội dung lẫn hình thức, trong đó thương mại điện tử ngày càng trở lên phổ biến. Điều đó khiến cho khối lượng công việc của Hải quan tăng lên một cách nhanh chóng. Sự phát triển của môi trường quốc tế cũng đặt ra nhiều vấn đề mới mà cơ quan Hải quan phải giải quyết. Theo đó, nhiệm vụ trọng tâm chủ yếu của hải quan là thu thuế dần chuyển sang cân bằng giữa tạo thuận lợi thương mại và đảm bảo an ninh, chống khủng bố, bảo vệ sức khỏe cộng đồng,…Bên cạnh đó, sự phát triển như vũ bão của khoa học, công nghệ; đặc biệt là công nghệ thông tin và truyền thông đã làm thay đổi phương phức hoạt động của cả doanh nghiệp và cơ quan quản lý nhà nước. Trước sự phát triển đó, đòi hỏi Ngành Hải quan phải đẩy mạnh hơn nữa ứng dụng khoa học, kỹ thuật và công nghệ vào hoạt động quản lý nhà nước của mình để vừa đảm bảo tạo thuận lợi tối đa cho doanh nghiệp vừa đảm bảo hiệu quả và hiệu lực của quản lý nhà nước về hải quan.

Hai là, hiện nay Việt Nam đã gia nhập Tổ chức Thương mại Thế giới (WTO) và hội nhập kinh tế quốc tế ngày càng sâu rộng. Việc gia nhập WTO và hội nhập kinh tế quốc tế có tác động mạnh mẽ đối với Ngành Hải quan. Một trong những tác động đó là vấn đề đảm bảo thực hiện tốt cam kết trong WTO, các cam kết quốc tế đa phương và song phương. Gia nhập WTO và thực hiện cam kết quốc tế, thuế suất sẽ giảm, hệ quả tất yếu kéo theo là nguồn thu ngân sách nhà nước từ thuế xuất nhập khẩu sẽ giảm theo. Việc này sẽ có tác động trực tiếp tới nhiệm vụ thu của Hải quan. Gia nhập WTO, đòi hỏi phải minh bạch hoá, đơn giản hoá và hài hoà hoá thủ tục hải quan đồng thời phải áp dụng và thực hiện các chuẩn mực và thông lệ quốc tế về hải quan. Gia nhập WTO, chắc chắn các hoạt động thương mại diễn ra đa dạng hơn, phong phú hơn, kéo theo nó là các hoạt động buôn lậu và gian lận thương mại diễn ra với nhiều hình thức tinh vi và phức tạp hơn. Vì vậy, cải cách hiện đại hóa hải quan là con đường để đối phó với những khó khăn, thách thức trên.

Trong thời gian vừa qua, Ngành Hải quan đã đạt được nhiều kết quả rất tốt đẹp, hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ được giao. Tuy nhiên, nếu chỉ dừng lại với điều kiện và năng lực hiện có thì Ngành Hải quan khó có thể đáp ứng yêu cầu phát triển mới. Sau khi Việt Nam gia nhập WTO, khối lượng công việc nhiều lên, tính chất công việc cũng phức tạp hơn và công việc diễn ra trong môi trường quản lý hiện đại với những yêu cầu rất cụ thể, rất cao về trình độ cán bộ. Vì vậy, để đáp ứng yêu cầu của tình hình mới, đòi hỏi Ngành Hải quan phải tiếp tục cải cách, hiện đại hóa, đổi mới hơn nữa, nâng cao năng lực cán bộ, công chức và cải thiện cơ sở pháp lý, cơ sở hạ tầng, công nghệ thông tin… 

Đứng trước đòi hỏi tất yếu khách quan cần phải cải cách, hiện đại hóa, Chính phủ và Bộ Tài chính rất quan tâm và chỉ đạo sát sao công tác cải cách, hiện đại hóa hải quan. Trong năm 2009, Phó Thủ tướng Thường trực Chính phủ Nguyễn Sinh Hùng đã có buổi làm việc trực tiếp với Bộ Tài chính, Tổng cục Hải quan về công tác cải cách hành chính, hiện đại hóa Hải quan. Trong đó, Phó Thủ tướng thường trực Chính phủ Nguyễn Sinh Hùng đã có những chỉ đạo sát sao, cụ thể đối với công tác cải cách hiện đại hóa Hải quan. Nhân dịp kỷ niệm 65 năm ngày thành lập Ngành Hải quan, ngày 19 tháng 08 vừa qua, Phó Thủ tướng thường trực Chính phủ Nguyễn Sinh Hùng đã gửi thư khen ngợi cán bộ, công chức Ngành Hải quan và nhấn mạnh vai trò “tiên phong trong công tác cải cách thủ tục hành chính, hiện đại hóa, tạo điều kiện thuận lợi nhất, góp phần cùng các bộ, ngành thúc đẩy hoạt động xuất nhập khẩu, phát triển kinh tế đất nước đồng thời chấp hành tốt pháp luật”.

Bên cạnh sự quan tâm của Chính phủ, trong thời gian vừa qua, công tác cải cách, hiện đại hóa Hải quan cũng nhận được sự quan tâm và chỉ đạo rất quyết liệt của Bộ Tài chính. Trong giai đoạn 2004 đến nay, Bộ Tài chính đã phê duyệt 02 Kế hoạch và chiến lược cải cách, phát triển và hiện đại hóa hải quan. Để đảm bảo việc triển khai thực hiện các Kế hoạch này, Bộ Tài chính đã ban hành nhiều văn bản và chỉ thị. Riêng trong 02 năm 2008, 2009, Bộ trưởng Bộ Tài chính đã ban hành 02 Chỉ thị về việc đẩy nhanh tiến độ thực hiện cải cách hành chính, hiện đại hóa ngành Hải quan giai đoạn 2008 - 2010.

Cùng với nỗ lực của Chính phủ và Bộ Tài chính, trong thời gian vừa qua, cán bộ, đảng viên trong toàn Ngành ở tất cả các cấp đều quyết tâm, khắc phục khó khăn, thể hiện tinh thần sáng tạo, dám nghĩ, dám làm và có trách nhiệm trong việc thực hiện cải cách hiện đại hóa Hải quan. Ngay sau khi Kế hoạch cải cách, phát triển và hiện đại hóa Hải quan được ban hành, Ngành Hải quan đã nhanh chóng tổ chức triển khai với quyết tâm lớn, các cấp Ủy đảng đều quán triệt thực hiện cải cách, hiện đại hóa là nhiệm vụ chính trị quan trọng của mình. Với định hướng đó, ngay từ năm 2005, Đảng ủy Cơ quan Tổng cục Hải quan đã ban hành Nghị quyết số 02/NQ-ĐU ngày 13 tháng 4 năm 2005 về Lãnh đạo thực hiện thắng lợi mục tiêu, nhiệm vụ cải cách, phát triển và hiện đại hóa Ngành Hải quan giai đoạn 2005 – 2006 đến 2010 nhằm quán triệt tới tất cả cán bộ, công chức, đảng viên quyết tâm thực hiện cải cách, hiện đại hóa Hải quan. Ngoài ra, Ngành Hải quan đã ban hành một loạt văn bản chỉ đạo triển khai thực hiện cải cách hiện đại hóa. Đặc biệt trong năm 2008, Tổng cục Hải quan đã phê duyệt Kế hoạch cải cách, phát triển và hiện đại hóa Hải quan giai đoạn 2008 - 2010 cho tất cả 33 Cục Hải quan tỉnh, thành phố.

Với nỗ lực và quyết tâm lớn cộng với việc tập trung trí tuệ cao độ, công tác cải cách, hiện đại hóa của Ngành Hải quan trong thời gian vừa qua tập trung vào việc triển khai thực hiện 02 Kế hoạch cải cách, phát triển cải cách và hiện đại hóa Hải quan giai đoạn 2004 – 2007 và 2008 – 2010; thực hiện thí điểm thủ tục hải quan điện tử; triển khai thực hiện Dự án hiện đại hóa Hải quan vay vốn Ngân hàng thế giới; chủ trì, phối hợp cùng với các bộ, ngành xây dựng và thực hiện Cơ chế một cửa quốc gia và Cơ chế một cửa ASEAN; đẩy mạnh hiện đại hoá công tác thu nộp Ngân sách nhà nước; đầu tư trang thiết bị, cơ sở vật chất kỹ thuật và đẩy mạnh công tác cải cách thủ tục hành chính. Bên cạnh đó, công tác cải cách tổ chức bộ máy và phát triển nguồn nhân lực cũng được triển khai hiệu quả.

Nhờ việc triển khai mạnh mẽ các nội dung trên, công tác cải cách, hiện đại hóa hải quan trong thời gian vừa qua đã đóng góp quan trọng vào việc phát triển kinh tế, xã hội của đất nước.

Thứ nhất, nhờ cải cách hiện đại hóa, Tổng cục Hải quan đã xây dựng và phát triển ngành Hải quan bước đầu theo hướng hiện đại, chuyên sâu, chuyên nghiệp. Qua thực hiện các chương trình cải cách, hiện đại hóa giai đoạn 2001- 2010, Hải quan Việt Nam đã bước đầu đạt được những kết quả theo hướng hiện đại, chuyên sâu, chuyên nghiệp theo chuẩn mực của Hải quan hiện đại.

Thứ hai, cải cách hiện đại hóa đã góp phần đảm bảo nguồn thu cho ngân sách nhà nước. Trong những năm qua Quốc hội, Chính phủ đã giao cho ngành Hải quan chỉ tiêu thu ngân sách từ hoạt động xuất nhập khẩu hàng hoá năm sau cao hơn năm trước trong điều kiện có thay đổi về chính sách thuế, cơ cấu mặt hàng theo hướng giảm dần. Tuy nhiên, nhờ cải cách, hiện đại hóa, Ngành Hải quan đã luôn hoàn thành và hoàn thành vượt mức các chỉ tiêu về thu thuế xuất nhập khẩu và thu khác.

Thứ ba, nhờ cải cách hiện đại hóa, Ngành Hải quan đã không ngừng tạo thuận lợi cho thương mại và vận tải quốc tế, góp phần thúc đẩy sản xuất trong nước, thu hút đầu tư, phát triển du lịch. Trong thời gian vừa qua, Ngành Hải quan đã cải tiến quy trình thủ tục theo hướng đơn giản, thuận lợi, tạo chuyển biến căn bản trong hoạt động quản lý nhà nước về Hải quan, xoá bỏ những thủ tục, chế độ kiểm tra, kiểm soát hải quan thiếu đồng bộ, chồng chéo, rườm rà, phức tạp đã và đang gây cản trở trong việc tiếp nhận và xử lý công việc giữa cơ quan hải quan với nhau; giữa cơ quan hải quan với công dân, tổ chức có hoạt động xuất nhập khẩu, xuất nhập cảnh.

Thứ tư, cải cách hiện đại hóa góp phần bảo vệ sản xuất trong nước, tăng cường sức cạnh tranh của các doanh nghiệp Việt Nam, bảo vệ an ninh và an toàn xã hội. Nhờ cải cách, hiện đại hóa hải quan, công tác đấu tranh, phòng chống buôn lậu, kiểm tra sau thông quan và các biện pháp nghiệp vụ kiểm soát được thực hiện hiệu quả. Kết quả trong công tác đấu tranh chống buôn lậu và gian lận thương mại của Hải quan Việt Nam đã góp phần trong việc tạo lập môi trường pháp lý lành mạnh, bình đẳng trong hoạt động kinh doanh xuất nhập khẩu hàng hoá và phương tiện vận tải, hành khách xuất nhập cảnh.  

Bên cạnh đó, cải cách hiện đại hóa góp phần hoạch định chính sách, điều hành kinh tế vĩ mô thông qua hoạt động thống kê  nhà nước về Hải quan. Nhờ cải cách, hiện đại hóa, chất lượng số liệu thống kê ngày càng được nâng cao; từng bước hình thành cơ sở dữ liệu quốc gia về hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; hệ thống thống kê ngày càng được hoàn thiện theo hướng hiện đại. Đội ngũ cán bộ làm công tác thống kê trong Ngành cũng ngày càng chuyên nghiệp, có trình độ chuyên môn đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ và được tăng cường năng lực thông qua các hoạt động hợp tác và trao đổi kinh nghiệm quốc tế.

Phát huy những kết quả đã đạt được, trên cơ sở nhiệm vụ được giao, trong thời gian tới, mục tiêu hướng tới của Ngành Hải quan là tập trung hoàn thiện và thực thi hiệu quả chế độ quản lý nhà nước về hải quan góp phần bảo đảm thực hiện chính sách của nhà nước về phát triển kinh tế, văn hóa, xã hội, khoa học và công nghệ; hợp tác và giao lưu quốc tế; bảo vệ chủ quyền và an ninh quốc gia, lợi ích của nhà nước, quyền và lợi ích hợp pháp của tổ chức, cá nhân; đồng thời xây dựng Hải quan Việt Nam thành một tổ chức hiện đại, chuyên sâu, chuyên nghiệp, được trang bị và làm chủ kỹ thuật hiện đại, hoạt động có hiệu lực và hiệu quả.