Hình thức chuyển giá của các DN thường áp dụng đó là khai thuế theo cơ sở “hạch toán toàn ngành” tại nơi nào có mức thuế thấp nhất trong số các địa phương có trụ sở, chi nhánh hoặc nơi bán hàng của công ty. Tăng chi phí khấu hao, giảm thu nhập chịu thuế trên cơ sở nâng giá trị tài sản cố định, máy móc, thiết bị hoặc giá trị chuyển giao các tài sản vô hình như: công nghệ, bí quyết kỹ thuật, bản quyền, nhãn mác, kỹ thuật quản lý điều hành và các dịch vụ khác trong góp vốn đầu tư.

Theo kết quả kiểm tra vừa qua của Bộ Công thương cho thấy, có ít nhất 40 liên doanh đã sử dụng chiêu thức đơn giản này.

Ngoài ra, một số DN FDI xin chuyển đổi thành công ty cổ phần đã định giá không xác thực tài sản, làm tăng lợi nhuận để làm cho giá trị cổ phiếu cao khi niêm yết; lợi dụng việc chuyển đổi để “tư bản hoá tài sản”, bán bớt cổ phần, thậm chí chuyển toàn bộ vốn ra khỏi Việt Nam; làm gia tăng lượng cung, gây mất cân đối nghiêm trọng về cung cầu trên thị trường chứng khoán, ảnh hưởng đến cán cân thanh toán, đặc biệt là dòng vốn FDI thực vào và chuyển ra khỏi Việt Nam.

Một hành vi cũng được nhiều DN thực hiện đó là chịu lỗ “hình thức”, nhằm làm giảm thu nhập chịu thuế và giảm số thuế phải nộp trên cơ sở nâng giá nguyên vật liệu nhập khẩu, nâng lãi suất, chi phí vay vốn, khai tăng chi phí trả lương, đào tạo, chi phí quảng cáo, bán hàng nhằm tăng chi phí, tăng giá thành, hoặc hạ giá bán sản phẩm đầu ra (thậm chí với giá thấp hơn giá thành sản xuất) cho một công ty liên kết trong nội bộ của tập đoàn hoặc giữa 2 công ty độc lập về hình thức pháp lý, nhưng hạch toán nội bộ chung.

Trước thực trạng này, năm 2012, Tổng cục Thuế đã thành lập Tổ quản lý thuế đối với hoạt động chuyển giá. Cùng với đó, Bộ Tài chính đã có quyết định số 1250/QĐ-BTC phê duyệt chương trình hành động kiểm soát hoạt động chuyển giá giai đoạn 2012- 2015. Đặc biệt, trong  năm 2013, Việt Nam bước đầu áp dụng thí điểm cơ chế thỏa thuận trước về xác định giá (APA).

Theo đó, DN lỗ hay lãi thì khoản thuế phải nộp là không đổi theo mức giá tính thuế được thỏa thuận từ trước. Cơ chế này mới được áp dụng từ ngày 1/7 theo quy định tại Luật Sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế. Theo đánh giá, đây là một giải pháp hữu hiệu trong chống chuyển giá ở các DN FDI.

Bên cạnh đó, Tổng cục Thuế cho hay, hiện đang gấp rút hoàn thiện các văn bản hướng dẫn DN và cơ quan Thuế địa phương để đến thời điểm ngày 1/1/2014 sẽ chính thức thực hiện quy định ngưỡng đăng ký nộp thuế Giá trị gia tăng (GTGT). Điều này vừa tiết giảm thủ tục hành chính, chi phí tuân thủ cho người nộp thuế, đặc biệt là hạn chế hiện tượng gian lận hoá đơn để khấu trừ, hoàn thuế.

Bên cạnh đó, việc quy định ngưỡng đăng ký thuế GTGT sẽ làm giảm đối tượng phải kê khai thuế GTGT, đồng nghĩa với việc giảm chi phí tuân thủ cho người nộp thuế và tăng hiệu quả quản lý cho cơ quan Thuế. Hình thức này hiện được hơn 150 nước trên thế giới áp dụng.

Cơ quan Thuế sẽ sửa đổi, bổ sung các quy định về hồ sơ hoàn thuế, về kiểm tra thuế như bổ sung thêm chứng từ liên quan đến hồ sơ xuất. Đối với DN rủi ro cao sẽ bổ sung thêm các chứng từ chứng minh về chi phí vận chuyển hàng hoá, chi phí thuê kho bãi... Đối với quy trình hoàn thuế, Tổng cục Thuế sẽ tăng cường công tác kiểm tra nội bộ về hoàn thuế GTGT, trong đó, cơ quan cấp trên kiểm tra 15%, cơ quan Thuế phải tự kiểm tra 15% hồ sơ hoàn.

Tuy nhiên, theo các chuyên gia về thuế, để sử dụng hiệu quả các công cụ chống chuyển giá, chống gian lận trong hóa đơn thì Việt Nam cần tăng cường hệ thống cơ sở dữ liệu để nắm rõ thông tin về hoạt động mua bán, sáp nhập DN, nâng cao năng lực phân tích thị trường để có cơ sở đưa ra giá thỏa thuận hợp lý, khả thi. Xây dựng cơ sở dữ liệu DN có dấu hiệu rủi ro cao.