Một điểm nổi bật của Báo cáo PCI 2012 là những nỗ lực cải cách về cắt giảm thời gian chờ cấp giấy đăng ký kinh doanh, hay giảm số lần thanh tra, kiểm tra doanh nghiệp... đã không giúp các địa phương tạo ra sự khác biệt trong bảng xếp hạng. Doanh nghiệp mong muốn những cải cách liên quan trực tiếp đến sản xuất, kinh doanh như hoạch định chiến lược phát triển của địa phương, cung cấp nguồn nhân lực, dịch vụ hỗ trợ kinh doanh, tổ chức thiết chế pháp lý như bảo vệ hợp đồng, năng lực tòa án, năng lực của bộ máy nhà nước nói chung, tiếp cận đất đai... Tuy nhiên, các dư địa cải cách này được thực hiện còn chậm, nên lần đầu tiên không địa phương nào đạt ngưỡng 65 điểm - mức dành cho tỉnh có chất lượng điều hành xuất sắc như những năm trước. Điểm số năng lực cạnh tranh của các tỉnh cũng đều giảm mạnh. Điểm số của các tỉnh trung vị đã giảm từ 59,15 năm 2011 xuống còn 56,2 - mức thấp nhất kể từ khi PCI được hiệu chuẩn lại vào năm 2009.

Mặc dù kết quả điều tra cho thấy các khoản lót tay đăng ký kinh doanh và hoàn tất thủ tục hành chính đã giảm cả về tần suất và giá trị, nhưng kết quả điều tra lại ghi nhận, dường như nhiều doanh nghiệp hơn cho rằng quy định, chính sách của Chính phủ đưa ra nhằm tạo điều kiện cho cán bộ trục lợi. 41% doanh nghiệp tham gia điều tra thừa nhận đã trả hoa hồng cho cán bộ nhà nước để có được hợp đồng, tăng mạnh so với mức 23% của năm 2011. Theo Ts Edmund Malesky - trưởng nhóm nghiên cứu PCI, hiện tượng này là dấu hiệu tham nhũng nhỏ giảm, tham nhũng lớn tăng. 

Tại Báo cáo PCI năm 2012, nhóm nghiên cứu cũng khảo sát trên 1.500 doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài (FDI) để tổng kết đánh giá của doanh nghiệp về rủi ro kinh tế tại nước ta. Trong đó, đa số các doanh nghiệp FDI đều cho rằng rủi ro kinh tế vĩ mô là một trong ba rủi ro lớn. Đối với các rủi ro chính sách và rủi ro lao động thì giữa các địa phương có đặc điểm khác nhau. Ví dụ như 78% doanh nghiệp tham gia điều tra tại tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu cho rằng rủi ro chính sách là một trong ba rủi ro chính, trong khi tại Long An, chỉ 11% doanh nghiệp quan ngại về loại rủi ro này; hay 89% doanh nghiệp Long An cho rằng rủi ro lao động là một trong ba loại rủi ro hàng đầu mà họ gặp phải, trong khi chỉ 29% doanh nghiệp ở Hà Nội có cùng cảm nhận.

Trước những rủi ro này, các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài cũng xác định chiến lược kinh doanh phù hợp. Kết quả điều tra cho thấy gần 50% số nhà đầu tư cho rằng liên doanh với doanh nghiệp địa phương được coi là một trong những chiến lược giảm thiểu rủi ro phổ biến nhất. Ngoài ra, các nhà đầu tư có thể sử dụng các chiến lược khác như chỉ giải ngân một phần vốn đầu tư cho đến khi cảm thấy thật sự tin tưởng vào quy định, chính sách trong nước và của địa phương đầu tư (hơn 25% doanh nghiệp chọn phương án này). Doanh nghiệp nào vận hành chuỗi cung ứng quốc tế đều có thể tự bảo vệ mình bằng việc sản xuất những bộ phận chính của sản phẩm ở nước ngoài và vận chuyển tới nước ta khi cần (25%). Báo cáo nhận định, chiến lược đa dạng hóa rủi ro trong một chuỗi cung ứng này là nguyên nhân khiến các doanh nghiệp nước ngoài có xu hướng không đầu tư sản xuất công nghệ cao tại nước ta.

Trong thời gian qua, bằng sự tập trung và kiên quyết trong điều hành của Chính phủ, kinh tế vĩ mô nước ta đã dần ổn định, nhất là vấn đề tỷ giá, chỉ số giá tiêu dùng và giá vàng được kiểm soát hiệu quả. Vì thế, để cải thiện môi trường kinh doanh, cần quan tâm đến đòi hỏi về sự ổn định của chính sách, chất lượng nguồn lao động... của doanh nghiệp. Trong đó, việc cải thiện chất lượng nguồn lao động đòi hỏi giải pháp tổng thể và cần khoảng thời gian thực hiện nhất định. Điều chính quyền địa phương và các bộ, ngành cần quan tâm và có thể làm ngay là giảm thiểu rủi ro về chính sách. Vậy có thể giảm thiểu rủi ro chính sách bằng hạn chế ban hành những quyết định, chính sách tạo điều kiện cho cán bộ tư lợi như đề xuất của Báo cáo không? Có lẽ là không. Rủi ro này chỉ hạn chế được nếu chính sách quản lý thể hiện rõ ngay tại luật, pháp lệnh. Bởi như vậy chính sách sẽ ít bị chi phối bởi mong muốn của cá nhân hay của cơ quan. Mặt khác, tính ổn định của luật, pháp lệnh cũng sẽ giúp doanh nghiệp yên tâm và quyết định đầu tư dài hạn vào nước ta.