Việc thực hiện thí điểm TTHQĐT cho phép DN được hưởng sự ưu tiên về thủ tục và được cơ quan hải quan hỗ trợ trong quá trình khai báo cũng như làm thủ tục. Số lượng giấy tờ phải nộp/xuất trình giảm hẳn so với thủ tục hải quan truyền thống. Thời gian thông quan trung bình được rút ngắn, chi phí thông quan hàng hóa giảm. Đặc biệt đối với hàng kinh doanh xuất khẩu, TTHQĐT còn cho phép DN và cơ quan hải quan có thể kiểm soát toàn bộ quá trình luân chuyển của bộ hồ sơ cũng như việc thực hiện thủ tục hải quan của nhân viên cấp dưới. Thông tin khai hải quan cũng trở nên nhất quán, chuẩn hóa cả từ phía DN và HQ. Thời gian thông quan được rút ngắn tối đa, giúp tránh lãng phí thời gian cho DN.

Bằng nỗ lực và quyết tâm cao, vừa làm vừa rút kinh nghiệm, sau 3 năm triển khai thí điểm tại 2 chi cục đầu tiên có nhiều hàng hóa ra vào là chi cục Hải quan điện tử tại Hải Phòng và TP HCM. năm 2009, ngành hải quan tiếp tục triển khai mở rộng thí điểm TTHQĐT sang các chi cục khác. Tính đến hết tháng 8/2010, TTHQĐT đã được triển khai mở rộng tại 12 cục ở cả ba miền Bắc, Trung, Nam. Trong đó, có ba cục đã triển khai tại 100% số chi cục là Bình Dương, Lạng Sơn và Quảng Ngãi. Đã có hơn 1.100 DN tham gia TTHQĐT, lượng tờ khai  đạt khoảng 73.000 bộ, với tổng giá trị kim ngạch XNK gần 14 tỷ USD... Thời gian thông quan giảm rõ rệt so với cách làm truyền thống... Cụ thể, thời gian thông quan điện tử đối với hàng luồng Xanh chỉ còn vài phút, luồng Vàng từ 10 đến 20 phút và luồng Đỏ tối đa khoảng 60 phút.

Trên cơ sở kết quả đạt được, ngành Hải quan đã đặt ra mục tiêu phấn đấu tới năm 2015 sẽ nâng mức tự động hoá thủ tục hải quan ngang các nước có nền hải quan phát triển hàng đầu trong khu vực Đông Nam Á tại thời điểm năm 2010, trong đó thỏa mãn được 5 tiêu là: Xử lý tờ khai điện tử, Manifest (lược khai hàng hóa) điện tử, thanh toán điện tử, xử lý C/O điện tử và cuối cùng là xử lý các giấy phép của bộ, ngành thông qua hình thức điện tử.

Cải thiện hình ảnh

Sau khi ban hành Quy tắc ứng xử, ngành Hải quan đang tập trung xây dựng Tuyên ngôn phục vụ khách hàng, để toàn thể CBCC quán triệt và thực hiện. Theo Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan Nguyễn Ngọc Túc thì đây là biện pháp mạnh nhằm cải thiện bằng được hình ảnh người CBCC Hải quan trong mắt DN và cộng đồng. đồng thời cũng là điều kiện để hiện thực hóa các mục tiêu cải cách, hiện đại hóa.

Cũng theo ông Túc, ngành Hải quan muốn phát triển và làm tốt công tác hiện đại hóa rất cần có đội ngũ CBCC có phẩm chất đạo đức trong sáng, có trình độ chuyên môn nghiệp vụ chuyên sâu vững vàng, có khả năng sử dụng thiết bị công nghệ hiện đại. Do vậy, trong thời gian tới, ngành Hải quan sẽ tiếp tục thực hiện việc sắp xếp, quy hoạch, bổ nhiệm, luân chuyển cán bộ cho phù hợp với yêu cầu hiện đại hóa, trong đó ưu tiên quy hoạch bổ nhiệm CBCC có khả năng và sẵn sàng thực hiện tiếp cận với quy trình nghiệp vụ hiện đại.