Đoàn kiểm tra đã tiến hành rà soát việc chấp hành pháp luật của DN đối với 6 hợp đồng gia công từ năm 2008 đến năm 2012 bằng việc kiểm tra hồ sơ hải quan, hồ sơ thanh khoản đang lưu giữ tại DN; các chứng từ, tài liệu liên quan đến nguyên phụ liệu nhập khẩu để gia công sản xuất hàng xuất khẩu, như: sổ kế toán, chứng từ kế toán, báo cáo tài chính; Hồ sơ thanh khoản nguyên vật liệu gia công lưu tại DN…

Kết quả, kiểm tra xác suất các bộ hồ sơ xuất khẩu, nhập khẩu thuộc các hợp đồng gia công đã thanh khoản nêu trên, Đoàn kiểm tra chưa phát hiện thấy có sai phạm trong việc đảm bảo tính đầy đủ, hợp pháp, hợp lệ của các chứng từ đã xuất trình. Việc kê khai và làm thủ tục nhập khẩu, xuất khẩu DN đã thực hiện đúng theo các bước trong quy trình thủ tục Hải quan đã quy định.

Tuy nhiên, khi kiểm tra việc thanh khoản nguyên phụ liệu gia công, kiểm tra định mức và tỷ lệ hao hụt sử dụng nguyên vật liệu, Đoàn kiểm tra đã phát hiện có sai phạm về định mức tiêu hao nguyên phụ liệu. Qua kiểm tra các hợp đồng gia công, cũng như căn cứ vào các tài liệu, chứng từ do Phòng Kỹ thuật và Phòng Xuất nhập khẩu của DN cung cấp, Đoàn đã kiểm tra, đối chiếu phát hiện khi xây dựng định mức sử dụng nguyên phụ liệu DN đã xây dựng tỷ lệ hao hụt trong quá trình sản xuất, nhưng khi thanh khoản thì ngoài tỷ lệ hao hụt đã có DN còn nhân thêm tỷ lệ hao hụt là 3%.

Qua kiểm tra lại thì DN đã thừa nhận là việc xây dựng tỷ lệ hao hụt chưa chính xác với lý do các phòng ban của DN không phối hợp với nhau khi xây dựng tỷ lệ hao hụt mà hoạt động độc lập nên dẫn đến việc chênh lệch như trên. DN thừa nhận có sai sót khi xây dựng về tỉ lệ hao hụt vải chính và một số phụ liệu của các hợp đồng gia công nói trên thực tế cao hơn so với khai báo Hải quan là 3%.

Từ kết quả kiểm tra thực tế và việc kiểm tra lại của DN, Chi cục KTSTQ đã ban hành Quyết định ấn định thuế đối với nguyên phụ liệu gia công do khai báo tăng định mức của 6 hợp đồng gia công từ năm 2008-2012  với tổng số thuế trên  12,4 tỷ đồng, trong đó, thuế nhập khẩu trên 6,6 tỷ đồng, thuế Giá trị gia tăng trên 5,7 tỷ  đồng.

Ngoài ra, Chi cục KTSTQ đã lập biên bản vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan đối với hành vi khai tăng định mức tiêu hao nguyên liệu gia công nêu trên.