Cụ thể, Tổng Thanh tra Chính phủ giao Vụ I thực hiện 3 cuộc thanh tra là:

Thứ nhất, phối hợp với Bộ Xây dựng, Bộ Tài nguyên và Môi trường thanh tra công tác quản lý nhà nước và thực hiện pháp luật về quy hoạch, quản lý xây dựng, đất đai, môi trường tại một số khu công nghiệp (cơ sở công nghiệp), khu kinh tế, khu chế xuất, khu đô thị mới.

Thứ hai, thanh tra việc tái cơ cấu doanh nghiệp nhà nước (sắp xếp lại, cổ phần hoá, thoái vốn) tại Bộ Giao thông vận tải và các đơn vị trực thuộc bộ này.

Thứ ba, phối hợp với Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn thanh tra việc quản lý và sử dụng đất đai, trong đó có nguồn gốc từ nông, lâm trường quốc doanh theo Chỉ thị 11/2016 của Thủ tướng Chính phủ tại Tập đoàn Công nghiệp Cao su Việt Nam, Tổng công ty Lâm nghiệp và Tổng công ty Chè Việt Nam.

Tổng Thanh tra Chính phủ giao Vụ II phối hợp với Ngân hàng Nhà nước thanh tra hoạt động tín dụng và đầu tư tài chính tại các tổ chức tài chính, ngân hàng thương mại có tỷ lệ nợ xấu lớn, có nguy cơ mất vốn, tài sản; thanh tra tại Bộ Quốc phòng, Bộ Công an và các đơn vị liên quan trong việc quản lý, sử dụng đất đai, tập trung việc chuyển đổi sử dụng đất từ đất quốc phòng, an ninh sang mục đích khác ở Hà Nội, TP. Hồ Chí Minh, Cần Thơ, Đà Nẵng, Khánh Hoà.

Trách nhiệm trong tái cơ cấu doanh nghiệp nhà nước (sắp xếp lại, cổ phần hoá, thoái vốn) gắn với thực hiện thí điểm chức năng đại diện chủ sở hữu vốn Nhà nước theo Văn bản 2103/2009 của Thủ tướng Chính phủ và việc chuyển đổi nhà đất công có vị trí đắc địa sang mục đích khác tại UBND TP. Hồ Chí Minh cũng do Vụ II tiến hành thanh tra.

Tổng Thanh tra Chính phủ giao Vụ III phối hợp với Bộ Giáo dục và Đào tạo thanh tra chuyên đề về công tác quản lý Nhà nước về giáo dục, đào tạo; thanh tra công tác quản lý nhà nước về du lịch tại Bộ Văn hoá, Thể thao và Du lịch và một số tỉnh, thành phố.

Đồng thời, thanh tra trách nhiệm của Bộ Y tế và các đơn vị trực thuộc trong việc thực hiện quy định về tự chủ theo quy định của Chính phủ, việc quản lý đầu tư xây dựng 3/5 bệnh viện trọng điểm theo Đề án 125 gồm Bệnh viện Nhi đồng TP. Hồ Chí Minh, Bệnh viện Ung bướu TP. Hồ Chí Minh (cơ sở 2), Bệnh viện 175 Bộ Quốc phòng (Viện chấn thương chỉnh hình).

Đặc biệt, trong năm 2017 việc đến chuyển đổi nhà đất công có vị trí đắc địa sang mục đích khác cũng được Thanh tra Chính phủ giao Cục I thanh tra tại UBND TP. Hà Nội, Cục II thanh tra tại UBND tỉnh Khánh Hoà và UBND TP. Đà Nẵng, Cục III thanh tra tại UBND TP. Cần Thơ.

Ngoài ra, Thanh tra Chính phủ cũng giao Cục IV thanh tra chuyên đề quản lý Nhà nước và thực hiện pháp luật trong việc cử các đoàn đi nước ngoài tại các cơ quan bộ, ngành Trung ương; thanh tra công tác thi, xét nâng ngạch công chức tại Bộ Nội vụ.