Công ty SAPL có tên đầy đủ là Công ty cổ phần kho cảng xăng dầu hàng không miền Nam, được Sở Kế hoạch - Đầu tư TP. Hồ Chí Minh cấp phép thành lập ngày 2/6/2008, do Mai Hữu Thung (sinh 1959, thường trú tại Q.3) làm Tổng giám đốc và đại diện pháp luật. Mục đích của pháp nhân này nhằm thực hiện dự án “Kho xăng dầu hàng không miền Nam”. Đây là dự án quy mô lưu trữ 230.000 tấn xăng dầu, thuộc danh mục dự án sản phẩm cơ khí trọng điểm quốc gia và được hưởng chính sách hỗ trợ theo Quyết định số 10/2009/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ.

Đến cuối năm 2011, Công ty SAPL đã ký kết với Công ty TNHH MTV XD-TM Thiên Kim do Trần Quang Minh làm Giám đốc để thi công một số hạng mục của dự án ở huyện Nhà Bè – TP. Hồ Chí Minh gồm: kè bảo vệ bờ, cầu cảng, san lấp bổ sung. Trên cơ sở đó, Công ty Thiên Kim đã xuất khống 14 hóa đơn GTGT cho Công ty SAPL và đề nghị tạm ứng tiền thi công vào thời điểm các hạng mục công trình chưa thi công. Dù Trần Quang Minh biết rõ các hóa đơn xuất khống này sẽ được Công ty SAPL sử dụng kê khai đầu vào, lập hồ sơ báo cáo hoàn thuế nhằm chiếm đoạt tiền NSNN, nhưng vì hám lợi nên đã bỏ mặc cho hậu quả xảy ra. Thực tế khi có bộ hồ sơ khống đó, Mai Hữu Thung đã yêu cầu kế toán trưởng Công ty SAPL là Phạm Thị Ngọc kê khai, lập báo cáo hoàn thuế cho số hóa đơn bất hợp pháp này với số tiền đề nghị hoàn là 6.748.085.478 đồng (làm tròn số hơn 6,7 tỷ đồng).

Do trước đó, Công ty SAPL đã từng có 2 lần lập hồ sơ hoàn thuế, được cơ quan thuế phân loại thuộc diện kiểm tra trước, hoàn sau và kết quả kiểm tra, xác minh hóa đơn, chứng từ đều hợp pháp, nên kỳ phát sinh hoàn thuế lần thứ 3 này, cơ quan thuế đưa vào diện hoàn trước, kiểm tra sau. Do vậy ngày 25/1/2013, Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh đã ra quyết định hoàn thuế GTGT hơn 6,7 tỷ đồng cho Công ty SAPL đối với kỳ phát sinh thuế từ tháng 4 đến 11/2012.

Theo Công an TP. Hồ Chí Minh, hành vi lập hồ sơ xin hoàn thuế GTGT cho 14 hóa đơn bất hợp pháp do Công ty Thiên Kim xuất khống để rút ruột NSNN hơn 6,7 tỷ đồng của 3 cá nhân Mai Hữu Thung, Trần Quang Minh và Phạm Thị Ngọc đã đủ cấu thành tội “lừa đào chiếm đoạt tài sản”. Tuy nhiên, trong quá trình điều tra, 3 bị can này khai báo thành khẩn, tích cực hợp tác với cơ quan điều tra, phạm tội lần đầu, đã khắc phục hậu quả (cuối năm 2013, Công ty SAPL đã chuyển số tiền thuế hơn 6,7 tỷ đồng chiếm đoạt trước đó vào tài khoản tạm giữ của cơ quan điều tra) nên sẽ là những tình tiết xem xét giảm nhẹ trong quá trình truy tố, xét xử.

Trong vụ án hoàn thuế trên, cơ quan điều tra cũng xác định, các cán bộ thuộc Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh tham gia thụ lý, giải quyết hoàn thuế cho Công ty SAPL đã thực hiện đúng trách nhiệm theo quy trình quản lý. Riêng đối với Công ty Thiên Kim, hiện đã bỏ địa điểm kinh doanh và theo Thông báo số 102CCTTB-BKD ngày 13/5/2013 của Chi cục Thuế quận Bình Thạnh, công ty này đang nợ thuế gần 5 tỷ đồng, không kê khai thuế theo quy định từ năm 2013 đến nay.