Từ chỗ các cửa khẩu biên giới chưa được khai thông, đến nay có 4 cửa khẩu hoạt động, trong đó có 1 cửa khẩu Quốc gia và đang xây dựng quy hoạch để trong tương lai có thêm nhiều cặp cửa khẩu được khai thông đáp ứng yêu cầu trao đổi, giao lưu thương mại giữa nhân dân, thương nhân 2 nước trên tuyến biên giới Việt - Trung.

Vượt qua cái khó của một tỉnh miền núi, vùng biên có địa hình chia cắt, kinh tế chậm phát triển, trình độ dân trí lại không đồng đều… Hà Giang đang nỗ lực thực hiện cải cách, hiện đại hóa, ứng dụng mạnh công nghệ thông tin vào công tác phát triển kinh tế, xã hội trong đó phải kể tới công tác Hải quan của địa phương.

Mặc dù là một đơn vị còn nhiều khó khăn về mọi mặt và đóng tại địa bàn có hoạt động XNK không mấy sôi động, nhưng thời gian qua, Cục Hải quan Hà Giang đã chủ động triển khai nhiều chương trình cải cách hành chính, tạo thuận lợi cho DN làm thủ tục thông quan hàng hoá  XNK qua địa bàn. Theo Cục Hải quan Hà Giang, hiện nay có 161 DN và tư thương tham gia hoạt động XNK qua các cửa khẩu của tỉnh, trong đó số DN trong tỉnh là 72 DN. 6 tháng đầu năm 2009, số thuế XNK đã thu nộp ngân sách Nhà nước tại đơn vị là 55 tỷ đồng (chỉ tiêu là 165 tỷ đồng), đạt 30%. Việc số thu thuế XNK giảm so với năm trước một phần là do tác động của cuộc khủng hoảng kinh tế thế giới. 

 Bám sát chương trình cải cách hành chính của ngành Hải quan, thời gian qua, Cục Hải quan Hà Giang đã tập trung chỉ đạo tổ chức triển khai, thực hiện phương châm đẩy mạnh công tác hiện đại hoá, cải cách hành chính, đơn giản hoá thủ tục. Đồng thời, chỉ đạo các phòng chuyên môn, các đơn vị trực thuộc tiến hành rà soát các văn bản liên quan đến lĩnh vực quản lý Nhà nước về hải quan, nhằm phát hiện những văn bản không còn phù hợp, còn thiếu hoặc sơ hở dễ bị lợi dụng để báo cáo Tổng cục Hải quan kiến nghị cấp có thẩm quyền xem xét, sửa đổi, bổ sung cho phù hợp. Bên cạnh đó, Hải quan Hà Giang đã tích cực đổi mới lề lối tác phong làm việc, triệt để cải cách các thủ tục XNK theo hướng có lợi cho việc thông quan hàng hóa XNK, thu hút các DN trong và ngoài nước kinh doanh trao đổi hàng hóa trên địa bàn. Theo đánh giá, việc thay đổi phương pháp quản lý thông qua việc áp dụng phương pháp quản lý rủi ro đã tạo điều kiện thuận lợi hơn cho cộng đồng DN. Áp dụng phương pháp quản lý này, có tới trên 80% lượng hàng hóa XNK được miễn kiểm tra thực tế, thời gian thông quan các lô hàng XNK được rút ngắn đáng kể. Ngoài ra, Hải quan Hà Giang còn chú trọng duy trì các tổ hướng dẫn, tư vấn thủ tục hải quan cho các tổ chức cá nhân có nhu cầu tại Văn phòng cục và các chi cục hải quan trực thuộc, xây dựng tờ cam kết phấn đấu giảm bớt thời gian triển khai làm thủ tục cho các tổ chức, cá nhân so với quy định của Ngành dán công khai tại nơi làm thủ tục hải quan. Đồng thời, chủ động phối hợp với các lực lượng chức năng, rà soát và giải quyết kịp thời những vướng mắc xảy ra… nhờ đó đã thu hút được nhiều hơn các DN tham gia XNK qua địa bàn.

            Song song với đó, Hải quan Hà Giang thường xuyên duy trì tổ giải quyết vướng mắc nhanh tại cục và chi cục hải quan cửa khẩu; duy trì Ban Chỉ đạo cải cách, hiện đại hoá và thực hiện quy chế hoạt động cơ chế một cửa tại cục và Chi cục Hải quan CK Thanh Thủy. Nhằm phòng chống sách nhiễu, phiền hà khi làm thủ tục hải quan, Hải quan Hà Giang duy trì đường dây nóng, hộp thư điện tử, đặt hòm thư góp ý ở tất cả các đơn vị hải quan cơ sở; niêm yết công khai quy trình nghiệp vụ hải quan, các văn bản về chính sách trong quản lý Nhà nước về hải quan ở trụ sở và nơi làm thủ tục hải quan để DN biết thực hiện và giám sát thực hiện.

            Một trong những điểm nhấn trong công tác cải cách hành chính ở Hải quan Hà Giang là bắt đầu từ tháng 6-2008, đơn vị đã cho triển khai khai báo hải quan từ xa tại Chi cục Hải quan CK Thanh Thuỷ. Việc khai báo hải quan từ xa chiếm hơn 30% tổng kim ngạch XNK; công tác thu thập, xử lý thông tin về DN đạt 60%. Hải quan Hà Giang phấn đấu đến năm 2010, 80% kim ngạch XNK được khai báo hải quan từ xa. Khai thác, sử dụng có hiệu quả cơ sở dữ liệu mã số hàng hoá XNK để hỗ trợ việc khai hải quan và kiểm tra mã số hàng hóa; 90% công chức hải quan trao đổi, sử dụng thành thạo các chương trình ứng dụng quản lý công tác văn phòng, và các chương trình ứng dụng CNTT phục vụ cho hoạt động nghiệp vụ; 90% các văn bản của Ngành, 70% công việc được trao đổi, xử lý trên mạng nội bộ. Đồng thời, nâng cao hiệu quả áp dụng quản lý rủi ro trong quy trình thông quan hàng hoá XNK và mở rộng phạm vi áp dụng quản lý rủi ro trong kiểm tra sau thông quan...

            Hiện nay, Hải quan Hà Giang đang tập trung xây dựng hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn ISO 9001-2000. Đơn vị đã thành lập Ban chỉ đạo, triển khai thực hiện hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn ISO 9001-2000, và đã xây dựng các quy trình xử lý công việc theo hệ thống này.