Tại Điều 32 Nghị định số 29/2009/NĐ-CP ngày 26-3-2009 của Chính phủ quy định thủ tục xuất khẩu, nhập khẩu tàu biển: Căn cứ quyết định mua, bán và đóng mới tàu biển, hợp đồng mua, bán và đóng mới tàu biển, biên bản giao nhận tàu biển và văn bản xác nhận tình trạng kĩ thuật tàu biển của Cục Đăng kiểm Việt Nam, cơ quan Hải quan có trách nhiệm làm thủ tục xuất khẩu, nhập khẩu tàu biển”.  Tuy nhiên, Tổng cục Hải quan chưa có hướng dẫn cụ thể các biện pháp và thời gian giám sát đối với tàu biển xuất khẩu, nhập khẩu.

Để tạo thuận lợi cho cơ quan Hải quan và doanh nghiệp, Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh đề xuất bãi bỏ yêu cầu nộp biên bản giao nhận tàu biển trong bộ hồ sơ xuất khẩu vì không hợp lí. Trên thực tế, biên bản giao nhận tàu biển thường chỉ được kí sau khi tàu đã rời cảng và xuất cảnh, giao cho bên mua tại nước ngoài. Do đó, thường xuyên xảy ra tình trạng không có hàng hóa để xuất trình cho cơ quan Hải quan nếu hệ thống phân luồng tờ khai là luồng Đỏ- kiểm tra thực tế hàng hóa.

Qua thực tế công tác, hoạt động tái xuất xăng dầu theo hình thức cung ứng cho tàu biển nước ngoài, tàu biển Việt Nam neo đậu tại cảng biển, cảng sông chạy tuyến quốc tế Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh nhận thấy còn một số vướng mắc về thủ tục.

Cụ thể, công tác phối hợp, quản lí xăng dầu giữa chi cục Hải quan làm thủ tục và chi cục nơi tàu biển neo đậu được thực hiện tốt. 100% biên bản bàn giao được hồi báo đúng quy định, các trường hợp chậm trễ thời gian theo biên bản bàn giao vì lí do khách quan đều được trao đổi và theo dõi chặt chẽ.

Tuy nhiên, đến nay, còn khoảng 800 tờ khai tái xuất xăng dầu chờ xác nhận hàng qua khu vực giám sát tại Chi cục Hải quan cảng Sài Gòn khu vực 3 không thể lấy giữ liệu từ cửa khẩu trên Hệ thống thông quan điện tử vì các chi cục Hải quan nơi tàu biển neo đậu không xác nhận hàng hóa qua khu vực giám sát do không nối mạng được.

Hiện nay, không quy định thuyền trưởng, chủ tàu, đại lí chủ tàu phải nộp giấy phép rời cảng nên chi cục Hải quan nơi tàu biển neo đậu nhận xăng dầu không có cơ sở để phối hợp với chi cục Hải quan nơi tàu biển thực xuất cảnh để xác định tàu biển sau khi nhận xăng dầu tái xuất có đi chặng đường nội địa hay không, có xuất cảnh hay không?

Bên cạnh đó, trách nhiệm xác định tuyến đường xuất cảnh cũng như cơ sở pháp lí để xác định chưa được quy định cụ thể do chi cục nào đảm nhận, chi cục mở tờ khai xuất xuất xăng dầu, chi cục nơi có tàu neo đậu nhận xăng dầu hay chi cục nơi tàu xuất cảnh? Nên các chi cục Hải quan gặp khó khăn, lung túng trong việc thực hiện.

Theo quy định tại điểm 2.3 khoản 2 Điều 9, Thông tư 165/2010/TT-BTC ngày 26/10/2010 của Bộ Tài chính: Đối với tàu biển quốc tịch Việt Nam chạy tuyến quốc tế xuất cảnh, mỗi lần thương nhân bán xăng dầu chỉ được bán đúng lượng xăng dầu theo đơn đặt hàng của thuyền trưởng; lượng xăng dầu đề nghị mua trong đơn đặt hàng phải phù hợp với định mức cho một chuyến hành trình nước ngoài; thuyền trưởng có văn bản cam kết hoàn toàn chịu trách nhiệm trước pháp luật về định mức xăng dầu đề nghị mua gửi chi cục Hải quan.

Theo quy định trên, khi làm thủ tục tái xuất xăng dầu cung ứng cho tàu biển quốc tịch Việt Nam chạy tuyến quốc tế xuất cảnh, thuyền trưởng chỉ phải nộp cho chi cục Hải quan văn bản cam kết hoàn toàn chịu trách nhiệm trước pháp luật về định mức xăng dầu đề nghị mua.

Theo Chi cục Hải quan cảng Sài Gòn khu vực 3, quy định trên và hướng dẫn của Tổng cục Hải quan chưa rõ về khái niệm “chuyến hành trình” được giới hạn như thế nào, cũng như việc nộp bản định mức và cơ sở để xem xét tính phù hợp của định mức và xác định lượng xăng dầu tiêu thu nội địa trong trường hợp tàu có đi chặng nội địa  trước khi xuất cảnh, như: tải trọng, công suất của tàu, điều kiện thời tiết hành trình… đề nghị có quy định cụ thể.

Để tháo gỡ vướng mắc nêu trên, mới đây đoàn công tác của Tổng cục Hải quan đã có buổi làm việc với Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh, đồng thời khảo sát thực tế tại các cửa khẩu để có hướng giải quyết.