Theo hướng dẫn của Bộ tài chính, căn cứ theo quy định tại khoản 7 Điều 101 Thông tư 194/2010/TT-BTC ngày 06/12/201, hàng hóa nhập khẩu là thiết bị, máy móc được miễn thuế nhập khẩu để tạo tài sản cố định của dự án đầu tư vào lĩnh vực được ưu đãi về thuế nhập khẩu bao gồm phải đáp ứng đầy đủ các điều kiện: (i) Phù hợp với lĩnh vực đầu tư, mục tiêu, qui mô của dự án đầu tư; (ii) Đáp ứng các qui định về tài sản cố định tại Thông tư số 203/2009/TT-BTC ngày 20/10/2009 của Bộ Tài chính.

Bộ Tài chính cũng quy định rõ, đối với các trường hợp đăng ký tờ khai hải quan phát sinh trước ngày đăng ký Danh mục, cơ quan hải quan lập hồ sơ báo cáo về Bộ Tài chính để xem xét giải quyết từng trường hợp cụ thể.

Cục Hải quan TP. Hà Nội có trách nhiệm kiểm tra lại việc nhập khẩu hàng hóa tạo tài sản cố định của doanh nghiệp và thực tế số máy móc thiết bị nhập khẩu theo tờ khai. Nếu hàng hóa nhập khẩu đáp ứng đúng quy định tại khoản 7 Điều 101 Thông tư 194/2010/TT-BTC và phù hợp với Danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế đã đăng ký với cơ quan hải quan. Đồng thời, cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra thực tế hàng hóa nhập khẩu đã được sử dụng để tạo tài sản cố định cho dự án ưu đãi đầu tư như khai báo của doanh nghiệp thì trừ lùi vào Danh mục miễn thuế đã đăng ký và thực hiện miễn thuế theo quy định.

Bên cạnh đó, trường hợp công ty đã nộp thuế thì thực hiện xử lý số tiền thuế nộp thừa theo quy định tại Điều 47 Luật Quản lý thuế số 78/2006/QH11, Điều 29 Nghị định 83/2013/NĐ-CP ngày 22/07/2013 của Chính phủ và Điều 26, Điều 130 Thông tư 128/2013/TT-BTC ngày 10/09/2013 của Bộ Tài chính.