Theo Thông tư số 101/2020/TT-BTC của Bộ Tài chính, mức thu phí, lệ phí trong công tác thú y được quy định cụ thể như sau:

Một là, lệ phí cấp giấy chứng nhận kiểm dịch động vật, sản phẩm động vật trên cạn; thủy sản nhập khẩu, quá cảnh, tạm nhập tái xuất (gồm kho ngoại quan), chuyển cửa khẩu là 40.000 đồng/lần; lệ phí cấp chứng chỉ hành nghề dịch vụ thú y là 50.000 đồng/lần.

Hai là, phí phòng chống dịch bệnh cho động vật có mức từ 300.000 đồng đến 3,5 triệu đồng/lần.

Ba là, phí kiểm dịch động vật, sản phẩm động vật (gồm cả thủy sản) có mức từ 35.000 đồng đến 800.000 đồng/xe ô tô/xe chuyên dụng/lô hàng.

Bốn là, phí thẩm định kinh doanh có điều kiện thuộc lĩnh vực nông nghiệp, thủy sản có mức từ 230.000 đồng đến 18 triệu đồng/lần.

Thông tư nêu rõ, chậm nhất là ngày 5 hàng tháng, tổ chức thu phí phải gửi số tiền phí đã thu của tháng trước vào tài khoản phí chờ nộp ngân sách mở tại Kho bạc Nhà nước.

Tổ chức thu phí nộp toàn bộ số tiền phí, lệ phí thu được vào ngân sách nhà nước, trừ trường hợp theo quy định. Nguồn chi phí trang trải cho việc thực hiện công việc và thu phí do ngân sách nhà nước bố trí trong dự toán của tổ chức thu theo chế độ, định mức chi ngân sách nhà nước.

Trường hợp tổ chức thu phí là cơ quan nhà nước được khoán chi phí hoạt động từ nguồn thu phí hoặc đơn vị sự nghiệp công lập, được trích lại 90% số tiền phí thu được để trang trải chi phí cho các nội dung chi theo quy định; nộp 10% tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước.