Cụ thể, tại Phụ lục 4 - Danh mục ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện - ban hành kèm theo Luật số 03/2016/QH14 sửa đổi, bổ sung Điều 6 và Phụ lục 4 về Danh mục ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện của Luật đầu tư quy định như sau: Kinh doanh dịch vụ khoan nước dưới đất, thăm dò nước dưới đất; Kinh doanh dịch vụ khai thác, sử dụng tài nguyên nước, xả nước thải vào nguồn nước.

Tại Điều 1 Luật số 106/2016/QH13 ngày 06/4/2016 của Quốc hội quy định: Sửa đổi, bổ sung một số Điều của Luật Thuế giá trị gia tăng (GTGT) số 13/2008/QH12 đã được sửa đổi, bổ sung một số điều theo Luật số 31/2013/QH13: Khoản 1 và Khoản 2 Điều 13 được sửa đổi, bổ sung như sau: Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng hoặc trong quý thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo.

Trường hợp cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ và có số thuế còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT.

Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế GTGT mà được kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư sang kỳ tiếp theo đối với các trường hợp: Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ số vốn Điều lệ như đã đăng ký; kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có Điều kiện khi chưa đủ các Điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật Đầu tư hoặc không bảo đảm duy trì đủ Điều kiện kinh doanh trong quá trình hoạt động…

Tại khoản 6 Điều 1 Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 01/7/2016 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung Điều 10 Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế GTGT quy định về hoàn thuế GTGT.

Theo Điều 10, cơ sở kinh doanh được hoàn thuế đối với dự án đầu tư như sau: Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, nếu thời gian đầu tư từ 01 năm trở lên thì được hoàn thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho đầu tư theo từng năm, trừ trường hợp quy định tại điểm c khoản này.

Trường hợp, nếu số thuế GTGT lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT.

Trường hợp dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền thanh tra, kiểm tra, kiểm toán thì cơ quan thuế có thể sử dụng kết quả thanh tra, kiểm tra, kiểm toán để quyết định việc hoàn thuế GTGT và phải chịu trách nhiệm về quyết định của mình.

Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán) tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì số thuế GTGT đầu vào bù trừ với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh tại trụ sở chính, sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, trừ trường hợp quy định tại điểm c khoản này. Cơ sở kinh doanh phải kê khai, lập hồ sơ hoàn thuế riêng đối với dự án đầu tư.

Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế GTGT mà được kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án đầu tư theo pháp luật về đầu tư sang kỳ tiếp theo đối với các trường hợp:

Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện khi chưa đủ các điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật Đầu tư quy định tại điểm a khoản 1 Điều 13 Luật Thuế GTGT đã được sửa đổi, bổ sung tại Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT, Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế là dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng cơ sở kinh doanh chưa được cấp giấy phép kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; chưa được cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; chưa có văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép đầu tư kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; hoặc chưa đáp ứng được điều kiện để thực hiện đầu tư kinh doanh có điều kiện mà không cần phải có xác nhận, chấp thuận dưới hình thức văn bản theo quy định của pháp luật về đầu tư.

Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện không bảo đảm duy trì đủ điều kiện kinh doanh trong quá trình hoạt động quy định tại điểm a khoản 1 Điều 13 Luật Thuế GTGT đã được sửa đổi, bổ sung tại Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT, Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế là dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng trong quá trình hoạt động cơ sở kinh doanh bị thu hồi giấy phép kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; bị thu hồi giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; bị thu hồi văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền về đầu tư kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; hoặc trong quá trình hoạt động cơ sở kinh doanh không đáp ứng được điều kiện để thực hiện đầu tư kinh doanh có điều kiện theo quy định của pháp luật về đầu tư thì thời điểm không hoàn thuế GTGT được tính từ thời điểm cơ sở kinh doanh bị thu hồi một trong các loại giấy tờ nêu trên hoặc từ thời điểm cơ quan nhà nước có thẩm quyền kiểm tra, phát hiện cơ sở kinh doanh không đáp ứng được các điều kiện về đầu tư kinh doanh có điều kiện.

Căn cứ hướng dẫn tại khoản 3 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC về hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư.

Căn cứ các quy định trên, “Kinh doanh dịch vụ khoan nước dưới đất, thăm dò nước dưới đất, kinh doanh dịch vụ khai thác, sử dụng tài nguyên nước, xả nước thải vào nguồn nước” là ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo quy định của pháp luật đầu tư.

Về nguyên tắc, cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế GTGT mà được kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư sang kỳ tiếp theo đối với dự án đầu tư ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện khi chưa đủ các điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật Đầu tư hoặc không bảo đảm duy trì đủ điều kiện kinh doanh trong quá trình hoạt động.

Theo công văn của đơn vị: Ngày 8/10/2015, UBND TP. Hà Nội ban hành Quyết định số 5096/QĐ-UBND về việc chấp thuận chủ trương đầu tư Dự án Khoan bổ sung 04 giếng nâng công suất hệ thống cấp nước cơ sở 1, cơ sở 2 thêm 16.000 m³/ngđ quận Hà Đông, nhà đầu tư là Công ty TNHH MTV nước sạch Hà Đông.

Ngày 6/1/2016, Công ty TNHH MTV nước sạch Hà Đông ký Hợp đồng hợp tác kinh doanh với Công ty Cổ phần xây dựng và môi trường Việt Nam để cùng góp vốn thực hiện dự án đầu tư trên.

Cục Thuế TP. Hà Nội phối hợp với cơ quan nhà nước có thẩm quyền xác định: Đơn vị làm chủ dự án đầu tư theo quy định của pháp luật, đơn vị có trách nhiệm đáp ứng các điều kiện đầu tư, kinh doanh của ngành nghề đầu tư, kinh doanh có điều kiện theo quy định của pháp luật.

Trên cơ sở ý kiến của cơ quan nhà nước có thẩm quyền và tình hình thực tế tại đơn vị, Cục Thuế TP. Hà Nội xác định đối tượng được hoàn thuế GTGT của dự án đầu tư nêu trên và hướng dẫn DN thực hiện theo quy định.