Tại điểm 2 mục II phần Đ Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế GTGT quy định: "Cơ sở kinh doanh đóng tàu có hợp đồng đóng tàu với khách hàng trước ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành theo giá đã có thuế GTGT tính theo mức thuế suất 5% nhưng đến ngày 31/12/2008 chưa hoàn thành, nghiệm thu bàn giao thì tiếp tục được áp dụng thuế suất 5% cho các hợp đồng này.

Cơ sở kinh doanh đóng tàu phải thông báo bằng văn bản với cơ quan thuế trực tiếp quản lý danh sách các hợp đồng đóng tàu dở dang chuyển sang năm 2009 kèm theo bản sao các hợp đồng trước ngày 31/3/2009."

Trường hợp theo báo cáo của Cục Thuế tỉnh Quảng Ngãi: Ngày 20/05/2005 Công ty Công nghiệp Tàu thủy Dung Quất (DQS) ký hợp đồng đóng tàu 104.000 DWT (hợp đồng số 02/VNS-DQ) với Công ty TNHH MTV Vận tải viễn dương Vinashin (Vinashinlines) thuộc Tập đoàn Vinashin theo giá đã có thuế GTGT theo mức thuế suất 5%.

Trong thời gian từ 2006 đến 2008 Công ty Công nghiệp Tàu thủy Dung Quất thực hiện 1 số hạng mục và xuất hóa đơn tính thuế GTGT theo mức thuế suất là 5% và đến ngày 31/12/2008 việc đóng tàu nêu trên vẫn chưa hoàn thành.

Ngày 12/03/2009 Công ty Công nghiệp Tàu thủy Dung Quất đã có công văn số 296/DQS-TCKT gửi cơ quan thuế trực tiếp quản lý để đăng ký tiếp tục được áp dụng thuế suất thuế GTGT 5% cho hợp đồng đóng tàu này.

Sau đó, Công ty TNHH MTV Công nghiệp Tàu thủy Dung Quất ký hợp đồng 08AA/HDD/PVT-DQS với pháp nhân mới là Công ty CP Vận tải Dầu khí Việt Nam (PVTrans) để tiếp tục đóng tàu 104.000 DWT do Công ty CP Vận tải Dầu khí Việt Nam tiếp nhận từ Tập đoàn Vinashin theo chủ trương của Chính phủ thì Công ty Công nghiệp Tàu thủy Dung Quất (DQS) được tiếp tục áp dụng thuế suất thuế GTGT 5% đối với phần còn lại của hợp đồng đóng tàu 104.000 DWT nêu trên.