Theo đó, đối tượng được hưởng ưu đãi miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp là doanh nghiệp khoa học và công nghệ có thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ được hưởng ưu đãi miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp như doanh nghiệp thực hiện dự án đầu tư mới thuộc lĩnh vực nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ được miễn thuế 04 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 09 năm tiếp theo.

Thời gian miễn thuế, giảm thuế đối với doanh nghiệp khoa học và công nghệ được tính liên tục kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ. Trường hợp không có thu nhập chịu thuế trong ba năm đầu, kể từ năm đầu tiên được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ thì năm đầu tiên tính thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm thứ tư.

Thông tư cũng quy định rõ, trong thời gian đang được ưu đãi miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp, nếu năm nào doanh nghiệp khoa học và công nghệ không đáp ứng điều kiện về doanh thu của các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ đạt tỷ lệ tối thiểu 30% trên tổng doanh thu năm của doanh nghiệp thì năm đó doanh nghiệp khoa học và công nghệ không được hưởng ưu đãi và được tính trừ vào thời gian được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp của doanh nghiệp khoa học và công nghệ.

Trường hợp doanh nghiệp khoa học và công nghệ đã có thu nhập chịu thuế nhưng thời gian hoạt động sản xuất, kinh doanh được miễn thuế, giảm thuế của năm đầu tiên dưới 12 (mười hai) tháng thì doanh nghiệp khoa học và công nghệ được lựa chọn hưởng miễn thuế, giảm thuế ngay trong năm đầu tiên đó hoặc đăng ký với cơ quan thuế thời gian bắt đầu được miễn thuế, giảm thuế vào năm tiếp theo.

Nếu doanh nghiệp đăng ký để miễn thuế, giảm thuế vào năm tiếp theo thì phải xác định số thuế phải nộp của năm đầu tiên đã có thu nhập chịu thuế để nộp vào Ngân sách Nhà nước theo quy định.

Doanh nghiệp khoa học và công nghệ đã hoặc đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo điều kiện ưu đãi khác (ngoài điều kiện ưu đãi doanh nghiệp khoa học và công nghệ) mà được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ thì thời gian miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo điều kiện doanh nghiệp khoa học và công nghệ được xác định bằng thời gian miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp áp dụng cho doanh nghiệp khoa học và công nghệ trừ đi thời gian miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp đã hưởng theo điều kiện ưu đãi khác.

Nếu doanh nghiệp khoa học và công nghệ đang hoạt động và đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo điều kiện doanh nghiệp khoa học và công nghệ được cơ quan có thẩm quyền bổ sung sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ vào Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ thì thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ bổ sung được hưởng ưu đãi miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp cùng với ưu đãi miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp của doanh nghiệp khoa học và công nghệ đang được hưởng cho thời gian còn lại.

Tại Thông tư, Bộ Tài chính cũng quy định cụ thể, thủ tục tục thực hiện ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp thực hiện theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp và quản lý thuế. Doanh nghiệp khoa học và công nghệ tự xác định số thuế thu nhập doanh nghiệp được ưu đãi và kê khai vào Bảng kê ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với doanh nghiệp khoa học và công nghệ kèm theo Thông tư này. Bảng kê ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp được gửi kèm theo tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp hàng năm.