Thông tư này quy định quản lý tài chính đối với các Chương trình khoa học và công nghệ trọng điểm cấp nhà nước giai đoạn 2011-2015 được Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ quyết định phê duyệt theo phương hướng, mục tiêu, nhiệm vụ khoa học và công nghệ chủ yếu quy định tại Quyết định số 1244/QĐ-TTg ngày 25/7/2011 của Thủ tướng Chính phủ về việc phê duyệt phương hướng, mục tiêu, nhiệm vụ khoa học và công nghệ chủ yếu giai đoạn 2011-2015.