Qua quá trình kiểm tra, rà soát hồ sơ, chứng từ thanh toán và việc áp mã số thuế, Đoàn kiểm tra thuộc Cục Hải quan Điện Biên đã phát hiện Công ty MS áp mã số hàng hóa một số nhóm hàng như: gạch chịu lửa, thép mạ kẽm, thép hình, cáp và dây điện thành mã số của máy chính để được miễn thuế.

Tuy nhiên, đây lại là những mặt hàng thuộc danh mục vật tư xây dựng trong nước đã sản xuất được nên không thuộc đối tượng được miễn thuế theo quy định tại Nghị định số 149/2005/NĐ-CP và 87/2010/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu.

Đồng thời, với thiết bị là dự phòng thay thế, Công ty đã đăng ký thành thiết bị tạo tài sản cố định để được miễn thuế. Căn cứ theo Điều 16 Nghị định số 149/2005/NĐ-CP của Chính phủ và Thông tư số 129/2008/TT-BTC của Bộ Tài chính, hàng hóa là phụ tùng dự phòng thay thế không thuộc đối tượng được hưởng ưu đãi miễn thuế nhập khẩu và là đối tượng phải chịu thuế nhập khẩu và Giá trị gia tăng.

Trên cơ sở đó, Đoàn kiểm tra đã xác định áp lại mã số, thuế suất hàng hóa và tính số tiền thuế các mặt hàng gồm phụ tùng dự phòng thay thế, vật tư xây dựng thuộc danh mục trong nước đã sản xuất được. Từ đó, xác định số tiền thuế Công ty còn thiếu là hơn 3,2 tỷ đồng.

Hiện tại, Cục Hải quan Điện Biên đã ra quyết định ấn định tiền thuế nhập khẩu, thuế Giá trị gia tăng phải nộp do công ty đã xác định sai đối tượng được hưởng ưu đãi miễn thuế số tiền hơn 3,2 tỷ đồng (thuế nhập khẩu 2,68 tỷ đồng, thuế Giá trị gia tăng 544,38 triệu đồng).