Thông tư trên quy định rõ, phí, lệ phí quản lý an toàn vệ sinh thực phẩm là khoản thu thuộc ngân sách nhà nước. Cơ quan thu phí được trích 90% tổng số tiền về phí thực thu được để trang trải chi phí cho việc thu phí theo những nội dung sau:

Một là, chi trả các khoản tiền lương (tiền công), các khoản phụ cấp; các khoản bồi dưỡng độc hại, làm ngoài giờ hành chính nhà nước quy định; chi bảo hộ lao động và trang bị đồng phục cho lao động theo chế độ quy định; chi bồi dưỡng chuyên môn nghiệp vụ; các khoản đóng góp theo tiền lương, tiền công cho lao động (kể cả lao động thuê ngoài) phục vụ hoạt động thu phí (trừ chi phí tiền lương cho cán bộ, công chức đã hưởng lương từ ngân sách nhà nước) theo chế độ quy định;

Hai là, chi phí trực tiếp phục vụ cho việc thu phí như: vật tư văn phòng, điện thoại, điện, nước, công tác phí, công vụ phí; in (mua) tờ khai, giấy phép, các loại ấn chỉ khác theo tiêu chuẩn, định mức hiện hành;

Ba là, chi sửa chữa thường xuyên, sửa chữa lớn tài sản, máy móc, thiết bị phục vụ cho việc thu phí;

Bốn là, chi mua sắm vật tư, nguyên liệu, thiết bị, công cụ làm việc và các khoản chi khác liên quan đến công tác thu phí theo dự toán được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt;

Năm là, chi lập hồ sơ thẩm định, chi cho hoạt động của Hội đồng thẩm định, xét duyệt theo quyết định của cấp có thẩm quyền.

Sáu là, chi cho công tác tuyên truyền quản lý chất lượng vệ sinh an toàn thực phẩm.

Trong trường hợp số tiền phí được để lại 90% sau khi quyết toán đúng chế độ quy định, nếu chưa chi hết trong năm được phép chuyển sang năm sau để tiếp tục chi theo chế độ quy định.

Bên cạnh đó, cơ quan thu lệ phí nộp 100% tổng số tiền lệ phí thu được vào ngân sách nhà nước.

Trường hợp phí thu được từ các dịch vụ không do Nhà nước đầu tư hoặc do Nhà nước đầu tư nhưng đã chuyển giao cho tổ chức, cá nhân thực hiện theo nguyên tắc hạch toán, tự chủ tài chính, là khoản thu không thuộc ngân sách nhà nước. Số tiền phí thu được là doanh thu của tổ chức, cá nhân thu phí; tổ chức, cá nhân thu phí có nghĩa vụ nộp thuế theo quy định hiện hành của nhà nước trên kết quả thu phí.

Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 16/12/2013.