Theo đó, nội dung Thông tư quy định, giá cho thuê khai thác kết cấu hạ tầng bến cảng, cầu cảng thực hiện theo quy định tại Điều 37 Nghị định số 21/2012/NĐ-CP ngày 21/3/2012 của Chính phủ về quản lý cảng biển và luồng hàng hải. Cụ thể:

Bên thuê có trách nhiệm nộp tiền thuê khai thác kết cấu hạ tầng bến cảng, cầu cảng vào tài khoản của Bên cho thuê được mở tại Kho bạc nhà nước. Phương thức thanh toán được thực hiện theo Hợp đồng cho thuê khai thác giữa các bên và phải đảm bảo các quy định sau:

Về nộp tiền thuê cố định, năm đầu tiên ký kết Hợp đồng thuê khai thác kết cấu hạ tầng bến cảng, cầu cảng: chậm nhất 07 ngày kể từ ngày ký kết hợp đồng thuê, Bên thuê phải nộp 100% giá thu cố định của năm đầu tiên theo hợp đồng thuê.

Từ năm thứ 02 trở đi, hàng năm Bên thuê có trách nhiệm nộp tiền thuê theo đợt sau: Đợt 1: nộp 50% giá thu cố định của năm đó theo hợp đồng thuê chậm nhất vào ngày 15 tháng 1 hàng năm; Đợt 2: nộp 50% giá thu cố định chậm nhất vào ngày 15 tháng 6 hàng năm.

Chậm nhất 07 ngày kể từ ngày nhận được tiền thuê khai thác kết cấu hạ tầng bến cảng, cầu cảng; Bên cho thuê phải nộp toàn bộ vào ngân sách nhà nước, sau khi trích chi phí hoạt động của Bên cho thuê theo dự toán được cấp có thẩm quyền phê duyệt (trường hợp chưa được ngân sách nhà nước đảm bảo chi hoạt động).

Nguồn thu cho thuê khai thác kết cấu hạ tầng bến cảng, cầu cảng đầu tư bằng ngân sách trung ương do trung ương quản lý. Nguồn thu cho thuê khai thác kết cấu hạ tầng bến cảng, cầu cảng đầu tư bằng ngân sách địa phương do địa phương quản lý.

Đối với việc xử lý chậm nộp tiền thuê, được quy định cụ thể như sau: Trường hợp Bên thuê nộp chậm tiền thuê khai thác kết cấu hạ tầng bến cảng, cầu cảng trong vòng 06 tháng, Bên thuê phải nộp thêm một khoản lãi tính theo lãi suất do Ngân hàng Nhà nước công bố tại thời điểm gần nhất cho số tiền và thời gian chậm nộp.

Trường hợp Bên thuê nộp chậm quá thời hạn từ 06 tháng đến dưới 01 năm thì ngoài việc phải nộp tiền lãi nêu ở khoản 1 Điều này, Bên thuê phải nộp thêm số tiền lãi tính cho thời hạn nộp chậm từ 06 tháng đến dưới 01 năm với lãi suất bằng 150% lãi suất quy định tại khoản 1 Điều này.

Trường hợp nộp chậm quá thời hạn từ 01 năm trở lên thì bên cho thuê có quyền chấm dứt hợp đồng thuê. Bên thuê chịu trách nhiệm toàn bộ thiệt hại phát sinh (nếu có) do việc chấm dứt hợp đồng thuê trước hạn này. Sau 15 ngày kể từ ngày chấm dứt hợp đồng thuê, bên cho thuê sẽ trừ số tiền thuê và khoản lãi theo quy định tại khoản 1, khoản 2 Điều này từ khoản bảo đảm thực hiện hợp đồng thuê theo quy định của Bộ Giao thông vận tải.

Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 24/6/2014.