Căn cứ Khoản 5, Điều 57 Luật Quản lý thuế quy định các trường hợp thuộc diện hoàn thuế:

"5. Tổ chức, cá nhân nộp các loại thuế khác có số tiền thuế đã nộp vào ngân sách nhà nước lớn hơn số tiền thuế phải nộp."

Điểm 1.4, Mục II, Phần B Thông tư số 60/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 và khoản 1, khoản 6 Điều 10 Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/02/2011 của Bộ Tài chính quy định:

"Trường hợp người nộp thuế có hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai mà không thành lập đơn vị trực thuộc tại địa phương cấp tỉnh khác nơi người nộp thuế có trụ sở chính (sau đây gọi là kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh) thì người nộp thuế phải nộp hồ sơ khai thuế cho Chi cục Thuế quản lý tại địa phương có hoạt động xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai đó."

"6. Khai thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh.

a) Người nộp thuế kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh thì khai thuế giá trị gia tăng tạm tính theo tỷ lệ 2% đối với hàng hóa, dịch vụ chịu thuế suất thuế giá trị gia tăng 10% hoặc theo tỷ lệ 1% đối với hàng hóa, dịch vụ chịu thuế suất thuế giá trị gia tăng 5% trên doanh thu hàng hóa, dịch vụ chưa có thuế giá trị gia tăng với Chi cục Thuế quản lý địa phương nơi kinh doanh, bán hàng.

b) Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh là Tờ khai thuế giá trị gia tăng theo mẫu số 05/giá trị gia tăng ban hành kèm theo Thông tư này.

c) Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh được nộp theo từng lần phát sinh doanh thu. Trường hợp phát sinh nhiều lần nộp hồ sơ khai thuế trong một tháng thì người nộp thuế có thể đăng ký với Chi cục Thuế nơi nộp hồ sơ khai thuế để chuyển sang nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng theo tháng.

d) Khi khai thuế với cơ quan thuế quản lý trực tiếp, người nộp thuế phải tổng hợp doanh thu phát sinh và số thuế giá trị gia tăng đã nộp của doanh thu kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh trong hồ sơ khai thuế tại trụ sở chính. Số thuể đã nộp (theo chứng từ nộp tiền thuế) của doanh thu kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh được trừ vào số thuế giá trị gia tăng phải nộp theo tờ khai thuế giá trị gia tăng của người nộp thuế tại trụ sở chính."

Khoản 2, Điều 28 Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/2/2011 của Bộ Tài chính hướng dẫn một số điều của Luật quản lý thuế hướng dẫn về xử lý số tiền thuế, tiền phạt nộp thừa.

Để giảm thiểu thủ tục hành chính cho Doanh nghiệp, trường hợp Công ty TNHH Công nghiệp nặng Doosan Việt Nam có trụ sở chính tại Quảng Ngãi phát sinh hoạt động xây dựng, lắp đặt vãng lai tại Quảng Ninh từ tháng 01/2011-03/2012 phát sinh 08 hóa đơn với số thuế giá trị gia tăng phải nộp là 23.882.594.988 đồng. Công ty đã kê khai, nộp, hoàn thuế tại Cục thuế tỉnh Quảng Ngãi thì Công ty không phải kê khai, nộp bổ sung số thuế này tại Quảng Ninh. Công ty bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế đối với hành vi kê khai và nộp hồ sơ khai thuế không đúng quy định.

Từ hóa đơn thứ 9 trở đi đề nghị Cục thuế tỉnh Quảng Ngãi hướng dẫn đơn vị kê khai, nộp thuế tại Cục thuế tỉnh Quảng Ninh theo quy định hiện hành.

Như vậy, Cục thuế tỉnh Quảng Ngãi, Cục thuế tỉnh Quảng Ninh căn cứ chức năng, nhiệm vụ quản lý người nộp thuế trên địa bàn hướng dẫn, xử lý người nộp thuế về các hành vi vi phạm theo quy định.