Công ty TNHH Cadana Việt Nam được thành lập trong giai đoạn đầu tư dự án. Theo quy định về dự án mới, Công ty phải kê khai tờ khai mẫu số 02/GTGT. Tuy nhiên, do trong quá trình hoạt động Công ty có phát sinh chi phí về hoạt động sản xuất kinh doanh khi chưa có doanh thu nên Công ty đã kê khai các khoản chi phí dự án và chi phí hoạt động sản xuất kinh doanh riêng biệt vào tờ khai mẫu số 01/GTGT và 02/GTGT.

Khi thực hiện hoàn thuế đợt 1 (kiểm tra trước hoàn sau), Công ty đã được hoàn thuế và có giải trình mẫu số 01/GTGT và 02/GTGT.

Nhưng thực hiện hoàn thuế đợt 2 (hoàn trước kiểm tra sau), đơn vị thuế cho biết là trái quy định và không cho phép Công ty được hoàn thuế (do chỉ được khai tất cả chi phí vào tờ khai mẫu số 02/GTGT).

Qua Hệ thống Tiếp nhận, trả lời kiến nghị của doanh nghiệp, Công ty TNHH Cadana Việt Nam hỏi, trường hợp Công ty thực hiện kê khai cả 2 mẫu có đúng không?

Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Khoản 3, Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 34/12/2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn về hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT).

“2. Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, nếu thời gian đầu tư từ 01 năm trở lên thì được hoàn thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho đầu tư theo từng năm, trừ trường hợp hướng dẫn tại Điểm c Khoản 3 Điều này. Trường hợp, nếu số thuế GTGT lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT”.

Khoản 3, Điều 11 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 6/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về hồ sơ khai thuế GTGT (được sửa đổi bổ sung tại Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/2/2015)

“b) Hồ sơ khai thuế GTGT tháng, quý áp dụng phương pháp khấu trừ thuế:

- Tờ khai thuế GTGT theo mẫu số 01/GTGT ban hành hèm theo Thông tư này (thay thế cho mẫu Tờ khai thuế GTGT theo mẫu số 01/GTGT ban hành kèm theo Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 của Bộ Tài chính)”…

Hồ sơ khai thuế GTGT của dự án đầu tư bao gồm:

- Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư theo mẫu số 02/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này”.

Căn cứ hướng dẫn nêu trên, trường hợp Công ty TNHH Cadana Việt Nam là doanh nghiệp thành lập mới từ dự án đầu tư có thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho đầu tư nếu đáp ứng điều kiện theo hướng dẫn tại Khoản 3, Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 và các điều kiện về khấu trừ thuế thì được hoàn thuế GTGT.

Về hồ sơ kê khai thuế GTGT, Bộ Tài chính đã hướng dẫn tại Điều 11 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 6/11/2013, cụ thể:

- Thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh chịu thuế GTGT (không sử dụng cho dự án đầu tư) kê khai tờ khai mẫu số 01/GTGT.

- Thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư kê khai tờ khai mẫu số 02/GTGT.