Ngoài việc tiến hành công tác thanh tra kết hợp nhiều lĩnh vực như bảo vệ môi trường, đất đai, tài nguyên và khí tượng thuỷ văn đối với các dự án, nhà máy thuỷ điện vừa và nhỏ tại các tỉnh trung du và miền núi phía Bắc, Bộ Tài nguyên và Môi trường sẽ tăng cường kiểm tra việc cấp giấy phép thăm dò, khai thác khoáng sản; việc thực hiện các nội dung trong giấy phép hoạt động khoáng sản tại các tỉnh Bắc Kạn, Ninh Thuận, Lạng Sơn, Cao Bằng, Quảng Ngãi, Quảng Nam, Khánh Hoà, Lai Châu, Điện Biên, Kon Tum, Phú Yên, Bình Phước, Quảng Trị, Đồng Nai, Lâm Đồng, Tây Ninh và Quảng Ninh.
Nhờ đổi mới toàn diện về công tác thanh tra, kiểm tra từ khâu xây dựng kế hoạch, lựa chọn vấn đề có trọng tâm, trọng điểm, nên năm 2010 các đoàn thanh tra của Bộ Tài nguyên và Môi trường đã hoàn thành công tác kiểm tra thường xuyên 50 cuộc tại 140 đơn vị và địa phương. Riêng đoàn kiểm tra về tài nguyên nước tại Hưng Yên đã kiến nghị xử phạt vi phạm hành chính đối với 8 đơn vị vi phạm. Tổng cục Quản lý đất đai tiến hành thanh tra 4 cuộc quản lý đất tại Hà Nội, Hải Phòng, thành phố Hồ Chí Minh và tỉnh Kiên Giang; tham gia thanh tra diện rộng về sân golf trên phạm vi cả nước và thanh tra đo đạc bản đồ tại tỉnh Vĩnh Phúc.
Tổng cục Môi trường đã thành lập 9 đoàn thanh tra chuyên ngành, 2 đoàn thanh tra, kiểm tra việc chấp hành pháp luật về bảo vệ môi trường đối với các cơ sở gây ô nhiễm nghiêm trọng theo quyết định 64/2003 của Thủ tướng Chính phủ… Qua thanh tra thuộc các lưu vực công tại 46 tỉnh, thành phố, Tổng cục đã ban hành kết luận thanh tra trách nhiệm quản lý nhà nước về bảo vệ môi trường đối với các địa phương này; lập 64 biên bản xử phạt vi phạm hành chính đối với các khu công nghiệp, 34 biên bản xử phạt vi phạm đối với các cơ sở sản xuất, kinh doanh do vi phạm pháp luật về bảo vệ môi trường. Trong năm 2010, các đoàn thanh tra của Tổng cục cũng đã tiến hành lập 113 biên bản vi phạm hành chính trong lĩnh vực baỏ vệ môi trường, với mức xử phạt đề nghị từ 9.666.700.000 đồng đến 15.269.000.000 đồng.
Đặc biệt, kết quả thanh tra, kiểm tra việc chấp hành Luật Khoáng sản cho thấy công tác xây dựng, lập quy hoạch và khoanh định khu vực cấm, tạm cấm hoạt động khoáng sản tại một số địa phương triển khai chậm, thậm chí nhiều địa phương đến nay vẫn chưa hoàn thành. Một số địa phương triển khai chậm, thậm chí nhiều địa phương đến nay vẫn chưa hoàn thành.
Một số giấy phép câps trùng vị trí, toạ độ, diện tích; nhiều giấy phép được cấp chưa có dự án cải tạo, phục hồi môi trường được các cơ quan có thẩm quyền phê duyệt. Cục Địa chất và Khoáng sản đã đề nghị UBND các tỉnh, thành phố được thanh tra phải thu hồi 76 giấy phép khai thác khoáng sản cấp không đúng quy định./.
