Theo Thông tư, vốn đầu tư được quyết toán là toàn bộ chi phí hợp pháp đã thực hiện trong quá trình đầu tư để đưa dự án vào khai thác sử dụng. Chi phí hợp pháp là chi phí được thực hiện trong phạm vi thiết kế, dự toán đã phê duyệt kể cả phần điều chỉnh, bổ sung, đúng với hợp đồng đã ký kết, phù hợp với các quy định của pháp luật. Đối với các dự án sử dụng vốn ngân sách nhà nước thì vốn đầu tư được quyết toán phải nằm trong giới hạn tổng mức đầu tư được duyệt (hoặc được điều chỉnh) theo quyết định của cấp có thẩm quyền phê duyệt.

Báo cáo quyết toán dự án hoàn thành phải xác định đầy đủ, chính xác tổng chi phí đầu tư đã thực hiện; phân định rõ nguồn vốn đầu tư; chi phí đầu tư được phép không tính vào giá trị tài sản hình thành qua đầu tư dự án; giá trị tài sản hình thành qua đầu tư: tài sản cố định, tài sản lưu động; đồng thời phải đảm bảo đúng nội dung, thời gian lập theo quy định.

Thông tư cũng hướng dẫn cụ thể việc thực hiện quyết toán, thẩm tra và phê duyệt quyết toán đối với các dự án quan trọng quốc gia, dự án nhóm A; các dự án có nhiều hạng mục công trình; các dự án đầu tư có sử dụng vốn nước ngoài.... Còn đối với chương trình, dự án sử dụng nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) có thể bao gồm cả nội dung đầu tư xây dựng công trình và nội dung hỗ trợ kỹ thuật, thực hiện quyết toán như sau: Trường hợp chi phí đầu tư xây dựng công trình chiếm tỷ lệ lớn hơn 50% tổng giá trị vốn ODA, thực hiện quyết toán theo quy định tại Thông tư này; Trường hợp chi phí đầu tư xây dựng công trình chiếm tỷ lệ nhỏ hơn hoặc bằng 50% tổng giá trị vốn ODA, thực hiện quyết toán theo quy định cụ thể của chế độ kế toán đối với đơn vị hành chính, sự nghiệp. Trong trường hợp này, nếu có tiểu dự án xây dựng công trình hoặc hợp phần xây dựng công trình được quyết toán độc lập thì thực hiện quyết toán theo quy định tại Thông tư này.

Ngoài ra Thông tư cũng có những quy định cụ thể về các nội dung như: báo cáo quyết toán; Biểu mẫu báo cáo quyết toán; Hồ sơ trình duyệt quyết toán; Thẩm quyền phê duyệt, cơ quan thẩm tra quyết toán; Kiểm toán quyết toán dự án hoàn thành; Thẩm tra quyết toán đối với dự án đã kiểm toán báo cáo quyết toán; Phê duyệt quyết toán; Thời hạn quyết toán; Trách nhiệm trong quyết toán dự án hoàn thành; Chế độ báo cáo, kiểm tra; Xử lý vi phạm. Theo đó nguồn vốn đầu tư thực hiện dự án là giá trị thực tế đã thanh toán qua cơ quan kiểm soát cấp vốn, thanh toán, cho vay tính đến ngày khoá sổ lập báo cáo quyết toán (chi tiết theo từng nguồn vốn đầu tư). Chi phí đầu tư đề nghị quyết toán chi tiết theo cơ cấu: xây dựng, thiết bị, bồi thường giải phóng mặt bằng, chi phí quản lý dự án, chi phí tư vấn, chi phí khác; chi tiết theo hạng mục, theo gói thầu hoặc khoản mục chi phí đầu tư.

Việc phân bổ chi phí khác cho từng tài sản cố định được xác định theo nguyên tắc: chi phí trực tiếp liên quan đến tài sản cố định nào thì tính cho tài sản cố định đó; chi phí chung liên quan đến nhiều tài sản cố định thì phân bổ theo tỷ lệ chi phí trực tiếp của từng tài sản cố định so với tổng số chi phí trực tiếp của toàn bộ tài sản cố định. Trường hợp tài sản được bàn giao cho nhiều đơn vị sử dụng phải xác định đầy đủ danh mục và giá trị của tài sản bàn giao cho từng đơn vị.

Tất cả các dự án quan trọng quốc gia, dự án nhóm A, dự án nhóm B sử dụng vốn nhà nước khi hoàn thành đều phải kiểm toán quyết toán trước khi trình cấp có thẩm quyền thẩm tra, phê duyệt quyết toán; các dự án còn lại thực hiện kiểm toán quyết toán theo yêu cầu của cấp có thẩm quyền.

Chủ đầu tư tổ chức lựa chọn nhà thầu kiểm toán theo quy định của pháp luật về đấu thầu, ký kết hợp đồng kiểm toán quyết toán dự án hoàn thành theo quy định của pháp luật về hợp đồng và nghiệm thu kết quả kiểm toán. Trường hợp không thể lựa chọn được nhà thầu kiểm toán báo cáo quyết toán, chủ đầu tư báo cáo người có thẩm quyền phê duyệt quyết toán xem xét, quyết định giao cho cơ quan thẩm tra trực tiếp thẩm tra quyết toán.

Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/04/201, đồng thời thay thế Thông tư số 33/2007/TT-BTC ngày 09/4/2007./.