Những hồ sơ có dấu hiệu trốn thuế phải chuyển cơ quan điều tra nhưng tỷ lệ kết luận và xử lý các tội phạm về thuế là rất ít, hầu như là không đủ yếu tố cấu thành tội phạm, do đó lại chuyển hồ sơ quay về cho cơ quan thuế xử lý… vi phạm hành chính về thuế. Ngoài ra, trong những năm qua có một số doanh nghiệp (DN) thành lập chỉ đi vào hoạt động một thời gian ngắn rồi bỏ địa chỉ kinh doanh mà không thông báo với cơ quan thuế về việc ngừng kinh doanh của doanh nghiệp. Khi bỏ khỏi địa chỉ kinh doanh có DN vẫn còn nợ thuế và đem theo hóa đơn. Các biện pháp xử lý của cơ quan thuế chỉ là ra thông báo DN bỏ địa chỉ kinh doanh và thông báo hóa đơn của DN không còn giá trị sử dụng.

Có ý kiến cho rằng nếu trao quyền quá lớn cho cơ quan thuế thì dễ dẫn đến lạm quyền, nhũng nhiều. Theo chúng tôi, để hạn chế sự lạm quyền, vấn đề quan trọng nằm ở chỗ phải có một cơ chế kiểm soát chặt chẽ thông qua các quy định nghiêm ngặt của pháp luật và hệ thống giám sát đa dạng chứ không phải ở chỗ quyền đó được trao cho ai. Để phát huy quyền tự do kinh doanh của người dân, doanh nghiệp (DN) thì vấn đề chế định, giám sát quyền hạn và hành vi của công chức thuế cần được đặt ra hơn là tước bỏ quyền điều tra, khởi tố của cơ quan thuế; không nên có cái triết lý “quản đến đâu mở đến đấy” hay “kiểm soát đến đâu trao đến đấy”. Quyền lực phải được trao kịp thời, đúng chỗ và, quyền lực đó phải được giám sát bằng quyền lực tương xứng một cách thường trực, nếu không quyền lực sẽ dẫn đến tha hóa, nhũng nhiễu, tiêu cực. Và chân lý đó đã được minh định qua thực tế.

Thực tiễn cho thấy, quản lý hoạt động chuyển giá là lĩnh vực khó và phức tạp, đòi hỏi phải có đội ngũ chuyên trách, chuyên sâu và chuyên nghiệp với chế độ đãi ngộ và quyền năng thích hợp- quyền tra tra về thuế, tạo thuận lợi cho quá trình thực hiện nhiệm vụ thanh tra chuyển giá. Phần lớn các quốc gia trên thế giới thực hiện có hiệu quả về công tác kiểm soát hoạt động chuyển giá đều được trao quyền điều tra. Kết quả chống chuyển giá các năm qua cho thấy, việc chưa được trao quyền điều tra là rào cản trong công tác quản lý giá chuyển nhượng của cơ quan thuế, vì thời hạn thanh tra chuyển giá bị khống chế bởi quy định chung tại Luật Thanh tra nên thường rất ngắn. Theo thông lệ quốc tế, để hoàn thành một vụ việc thanh tra, điều tra về giá chuyển nhượng thường kéo dài từ 18 đến 24 tháng. Tại Việt Nam, thời hạn thanh tra chuyển giá được quy định chung trong Luật Thanh tra từ 30 đến 45 ngày/vụ việc là quá ngắn.

Mặt khác, việc điều tra thuế phải có nghiệp vụ riêng vì đặc trưng của thuế có liên quan đến hoá đơn chứng từ, sổ sách kế toán nên người thực hiện điều tra bắt buộc phải có nghiệp vụ thì công việc mới đạt hiệu quả cao. Điều tra thuế đóng vai trò quan trọng trong bối cảnh kinh tế thị trường, hội nhập quốc tế. Việc trốn thuế bao giờ cũng có sự liên kết phối hợp giữa nhiều người nộp thuế (NNT). Đầu vào chứng từ của DN này lại là đầu ra của DN khác, không chỉ giới hạn ở một địa phương, vùng miền. Trong khi, theo Luật thanh tra, các cơ quan chức năng khi thanh tra NNT, nếu muốn xác minh, đối chiếu sẽ phải ký một quyết định khác để thanh tra NNT có liên quan; không thể ký quyết định thanh tra NNT này rồi lại đến đối chiếu chứng từ với NNT khác. Trong bối cảnh kinh tế hội nhập, có yếu tố nước ngoài thì cơ quan thuế sẽ phải thanh tra rất nhiều NNT.

Việc điều tra rất phức tạp, đặc biệt là các vụ về gian lận thuế GTGT và hoạt động chuyển giá. Mặt khác, cơ quan công an, do hạn chế về lực lượng, không thông thạo về chuyên môn nghiệp vụ, không trực tiếp quản lý thông tin về thuế khiến quá trình điều tra thường bị chậm trễ dẫn đến truy thu tiền thuế trốn, tiền thuế chiếm đoạt không kịp thời, tác dụng răn đe ngăn chặn các vi phạm về thuế bị hạn chế. Qua các vụ án về thuế cho thấy, cơ quan điều tra hầu như hiện chỉ làm lại việc cơ quan thuế đã làm, tốn thời gian, công sức hơn với mức độ chuyên nghiệp không bằng cơ quan thuế.

Bởi vậy, đối với các vụ án về thuế, cơ quan công an mất khá nhiều thời gian vì nội dụng án phạm phức tạp, để chính xác thường được trưng cầu thẩm định lại về mặc chuyên môn tại cơ quan thuế các cấp. Mặt khác, việc giao quyền điều tra, khởi tố các vụ án về thuế cho cơ quan thuế còn là ràng buộc về mặt trình tự, thủ tục, buộc các cơ quan tư pháp phải có trách nhiệm đưa nhanh các vụ án vi phạm nghiêm trọng về thuế ra xét xử, giảm thiểu án tồn đọng, tác dụng răn đe sẽ gia tăng, phù hợp với tiến trình tự khai, tự nộp, nhằm công khai, minh bạch và nghiêm minh.

Vì vậy, việc bổ sung thẩm quyền khởi tố, điều tra cho cơ quan thuế là cần thiết nhằm phát hiện và xử lý truy thu kịp thời tiền thuế trốn, tiền thuế bị chiếm đoạt vào ngân sách nhà nước, đảm bảo công bằng về nghĩa vụ thuế, sự cạnh tranh bình đẳng giữa các tổ chức, cá nhân nộp thuế.