Như vậy, sau hơn 6 năm thực hiện, chế độ tự chủ, tự chịu trách nhiệm về sử dụng biên chế và kinh phí quản lý hành chính đối với cơ quan nhà nước và cơ chế giao quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế và tài chính đối với đơn vị sự nghiệp công lập đã thu được những kết quả đáng khích lệ.

Cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm đã thúc đẩy việc rà soát, sắp xếp lại bộ máy tổ chức theo hướng tinh gọn, đa ngành, đa lĩnh vực; bố trí, sử dụng cán bộ, công chức, viên chức phù hợp với năng lực chuyên môn và yêu cầu của vị trí công tác. Sự can thiệp của cơ quan quản lý nhà nước đối với đơn vị sự nghiệp công lập đã từng bước được giảm dần.

Cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm đã tạo điều kiện cho các cơ quan, đơn vị chủ động sử dụng nguồn lực tài chính, lao động, cơ sở vật chất để thực hiện nhiệm vụ được giao, chủ động phân bổ nguồn tài chính của đơn vị phù hợp yêu cầu của nhiệm vụ và có điều kiện để tăng thu nhập cho cán bộ, công chức, viên chức, người lao động.

Đến năm 2012, hầu hết các bộ, cơ quan ở Trung ương đã thực hiện chế độ tự chủ, tự chịu trách nhiệm đối với 100% cơ quan, đơn vị trực thuộc; 100% các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương đã thực hiện chế độ tự chủ đến từng cơ quan, đơn vị trực thuộc cấp tỉnh và cấp huyện.

Thực hiện cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm, nhiều cơ quan, tổ chức đã tiết kiệm được kinh phí, tạo nguồn để bổ sung thu nhập cho cán bộ, công chức. Mức chi trả thu nhập tăng thêm từ kinh phí tiết kiệm được ở các bộ, ngành, địa phương tương đối khác nhau, bình quân khoảng vào khoảng từ 0,1 lần đến 0,5 lần mức tiền lương cấp bậc, chức vụ (đối với cơ quan nhà nước) và từ 0,5 lần đến 1,5 lần tiền lương cấp bậc của đơn vị (đối với đơn vị sự nghiệp).

Tiếp tục thực hiện Kết luận số 37-TB/TW ngày 26-5-2011 của Bộ Chính trị về Đề án “Đổi mới cơ chế hoạt động của các đơn vị sự nghiệp công lập, đẩy mạnh xã hội hóa một số loại hình dịch vụ sự nghiệp công”, Chính phủ đã ban hành Nghị quyết số 40/NQ-CP ngày 9-8-2012 về Chương trình hành động của Chính phủ trong đó đề ra những nhiệm vụ, giải pháp đổi mới cơ chế hoạt động của các đơn vị sự nghiệp công lập.

Theo đó, tiếp tục đổi mới về phương thức đầu tư của NSNN, thực hiện chuyển đổi từ việc giao dự toán NSNN như hiện nay sang thực hiện phương thức đặt hàng, mua hàng, giao nhiệm vụ cung cấp dịch vụ sự nghiệp công. Chuyển dần từ phương thức cấp phát trực tiếp sang cấp phát cho đối tượng thụ hưởng dịch vụ công; tăng cường phân cấp và thực hiện trao quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm cao hơn cho các đơn vị sự nghiệp công lập đồng bộ cả về tổ chức thực hiện nhiệm vụ, nhân lực, tài chính trên cơ sở có tính đến đặc điểm từng loại hình đơn vị, khả năng và nhu cầu thị trường, trình độ quản lý; thực hiện minh bạch hóa các hoạt động liên doanh, liên kết của các đơn vị sự nghiệp công…