Điểm nổi bật nhất trong hiện đại hóa tại Cục Hải quan TP. Cần Thơ là công tác khai báo từ xa. Nếu như năm 2008, tỷ lệ tờ khai theo hình thức khai báo từ xa đạt khoảng 80% thì con số này đến nay đạt gần 100%, chỉ còn một số rất ít doanh nghiệp vãng lai với một vài tờ khai theo hình thức thủ công. Từ đầu năm 2009, Cục Hải quan TP. Cần Thơ đã tiếp tục vận động, hỗ trợ doanh nghiệp tham gia khai báo từ xa. Trên thực tế, điều khó nhất theo Cục Hải quan TP. Cần Thơ không phải là vận động doanh nghiệp thực hiện khai báo từ xa mà quan trọng là làm thế nào doanh nghiệp thấy được hiệu quả của khai báo từ xa để hợp tác tích cực, nhiệt tình khi triển khai. Do đó, công tác hỗ trợ về công nghệ thông tin, cài đặt ứng dụng, tháo gỡ những vướng mắc đã được các chi cục và các đơn vị hỗ trợ nhiệt tình. Cấp chi cục cũng như phòng nghiệp vụ đều cử cán bộ trực hàng ngày để tiếp nhận và hướng dẫn liên quan đến khai báo từ xa cho doanh nghiệp. Đến nay,  đã có gần 200 doanh nghiệp tham gia khai báo từ xa, trong đó phần lớn là các doanh nghiệp thường xuyên mở tờ khai tại các đơn vị trực thuộc Cục Hải quan TP. Cần Thơ. Tính đến hết tháng 9-2009, kim ngạch xuất nhập  khẩu theo hình thức khai báo từ xa tại Cục Hải quan TP. Cần Thơ đã đạt gần 800 triệu USD.

Song song đó,  nhằm quản lý hiệu quả cũng như hỗ trợ doanh nghiệp tốt hơn, Cục Hải quan TP. Cần Thơ đã triển khai xây dựng và áp dụng hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn ISO 9001:2000 tại các đơn vị. Nhiệm vụ này được Cục Hải quan TP. Cần Thơ xác định cần triển khai chu đáo, hiệu quả và thiết thực, không làm theo phong trào nên đã có thời gian chuẩn bị kỹ lưỡng. Đến nay, việc triển khai áp dụng tại các chi cục, khối văn phòng cục đã được tiến hành và mục tiêu trong những tháng cuối năm 2009, Cục Hải quan TP. Cần Thơ sẽ được cấp giấy chứng nhận đạt tiêu chuẩn ISO. Trong khoảng thời gian này, Cục Hải quan TP. Cần Thơ cũng đặt ra nhiệm vụ phải hoàn thành nhiệm vụ đưa vào hoạt động website của đơn vị tại địa chỉ www.haiquancantho.gov.vn . Đây sẽ là một kênh thông tin chính thức nhằm cung cấp văn bản quy phạm pháp luật, chủ trương chính sách của Nhà nước cũng như văn bản hướng dẫn của Cục Hải quan TP. Cần Thơ. Lâu dài, đây sẽ là kênh đối thoại giữa doanh nghiệp với Cục Hải quan TP. Cần Thơ, đồng thời là địa chỉ để doanh nghiệp khai báo hải quan điện tử.

Công tác cải cách hành chính cũng là một trong những điểm nhấn trong hoạt động tại Cục Hải quan TP. Cần Thơ thời gian qua. Hầu hết lãnh đạo các doanh nghiệp thường xuyên mở tờ khai tại các chi cục trực thuộc Cục Hải quan TP. Cần Thơ đều có chung nhận xét tốt về công tác cải cách hành chính của đơn vị. Đại diện Công ty TNHH Liên doanh Giầy da Tây Đô cho biết :“Khai báo từ xa đã giúp cho công tác thanh khoản nhanh chóng, rút ngắn thời gian thông quan hàng hoá và quan trọng hơn là tạo tiền đề giúp cho doanh nghiệp triển khai thủ tục hải quan điện tử trong thời gian sắp tới đạt kết quả tốt”. Những vướng mắc phát sinh trong quá trình làm thủ tục xuất nhập khẩu đều được các chi cục, phòng nghiệp vụ giải quyết nhanh chóng. Hàng tháng, các chi cục và phòng nghiệp vụ giải quyết trung bình khoảng 20 vướng mắc phát sinh từ doanh nghiệp. Cục Hải quan TP. Cần Thơ  cũng vừa triển khai thực hiện Bộ Thủ tục hành chính thuộc lĩnh vực hải quan và tiến hành rà soát, thống kê và tổng hợp thủ tục hành chính giai đoạn 2 theo Đề án 30 của Chính phủ.

Với địa bàn rộng lớn, biên chế eo hẹp nhưng kim ngạch và số thu ngân sách đứng đầu trong các đơn vị hải quan khu vực ĐBSCL, Cục Hải quan TP. Cần Thơ đang khẳng định vai trò của mình trong phát triển kinh tế của khu vực giàu tiềm năng này.