Công tác phối hợp thu đã giảm thiểu thời gian, thủ tục nộp tiền cho người nộp thuế (NNT), đảm bảo tính công khai, minh bạch các khoản thuế đã nộp.

Từ năm 1997 đến 2005, KBNN và Cục Thuế thành phố đã phối hợp xây dựng và thực hiện triển khai chương trình “Thu thuế trực tiếp” trên địa bàn TP.Hồ Chí Minh, đầu tiên là tổ chức thí điểm tại KBNN Quận 10, sau đó triển khai mở rộng đến toàn bộ các KBNN quận, huyện.

Trong quá trình triển khai, chương trình “Thu thuế trực tiếp” luôn được KBNN và Cục Thuế thành phố từng bước hoàn thiện quy trình thu, nâng cấp dần chương trình lên các phiên bản mới cho phù hợp với quy trình mới, đáp ứng nhu cầu phát sinh thực tế và tốc độ tăng thu trên địa bàn nhằm đạt được mục tiêu đẩy mạnh công nghệ thông tin trong công tác thu NSNN.

Đến năm 2009, thực hiện Dự án hiện đại hóa thu, nộp NSNN (TCS) của Bộ Tài chính, hệ thống ngành Kho bạc- Thuế- Hải quan của thành phố đã triển khai các khoản nộp thuế nội địa, phí, lệ phí bằng tiền mặt đến việc triển khai đối với các khoản nộp thuế bằng chuyển khoản và các nghiệp vụ thu khác. 

Song song với việc triển khai hệ thống TCS tại các điểm giao dịch trên địa bàn, cơ quan Kho bạc, Thuế, Hải quan phối hợp với hệ thống ngân hàng để triển khai thu NSNN. Đến nay, TP. Hồ Chí Minh đã triển khai hoàn tất giai đoạn mở rộng của Dự án Hiện đại hóa thu, nộp NSNN. Dự án được triển khai toàn bộ đến 24/24 KBNN quận, huyện và Văn phòng KBNN thành phố, đồng thời tổ chức phối hợp thu NSNN đối với các khoản thu thuế nội địa, phí, lệ phí qua 114 điểm giao dịch được uỷ nhiệm thu, nộp NSNN, với tỷ lệ thu chiếm 68,99% tổng thu NSNN trên địa bàn.

Trong quá trình triển khai, cả 3 ngành đã phối hợp với ngân hàng thương mại thực hiện nhiều hình thức tuyên truyền phong phú như: Đưa thông tin lên các phương tiện truyền thông đại chúng, trang web của ngân hàng thương mại, treo băng rôn tại trụ sở các đơn vị và các điểm giao dịch, phát hành tờ rơi, thông báo gửi các điểm giao dịch, doanh nghiệp, cơ sở kinh doanh có kê khai thuế về các địa điểm thu thuế để NNT lựa chọn nơi nộp thuận tiện nhất.

Theo đánh giá của KBNN thành phố, công tác hiện đại hóa thu NSNN và phối hợp thu giữa Kho bạc – Thuế - Hải quan – Tài chính – Ngân hàng thương mại đã và đang mang lại những kết quả đáng khích lệ, góp phần tích cực vào việc đổi mới cơ chế chính sách và quy trình nghiệp vụ, góp phần cải cách thủ tục hành chính trong công tác thu NSNN; Nâng cao vai trò quản lý và trách nhiệm của cơ quan thu cũng như KBNN, giảm thiểu thời gian, khối lượng nhập dữ liệu tại các cơ quan, đơn vị có liên quan theo nguyên tắc “dữ liệu nhập ở một nơi nhưng sử dụng được ở nhiều nơi”; góp phần xây dựng hệ thống thông tin tài chính tích hợp và hình thành Chính phủ điện tử.

Đồng thời, NNT được quyền lựa chọn địa điểm nộp tiền tại nhiều nơi khác nhau, rút ngắn đáng kể thời gian và thủ tục khi nộp thuế, có nhiều điều kiện thuận lợi hơn trong việc thực hiện nghĩa vụ với Nhà nước, tiết kiệm được nhiều thời gian, công sức.

Tuy nhiên, với đặc thù là địa bàn có qui mô hoạt động lớn, tính chất,  nghiệp vụ thu NSNN đa dạng và phức tạp, do vậy để giảm tối đa vướng mắc trong quá trình triển khai vận hành chương trình TCS. 

Đặc biệt là đẩy nhanh tiến độ phối hợp thu qua NHTM các khoản thuế xuất nhập khẩu đối với các Chi cục Hải quan còn lại trên địa bàn, chấm dứt việc giao nhận chứng từ giấy giữa Kho bạc và Hải quan, KBNN TP. Hồ Chí Minh kiến nghị cần có sự hỗ trợ của Tổng cục Hải quan, giải quyết các vướng mắc của địa phương liên quan các khoản thu thuế xuất nhập khẩu như: Ban hành chính thức danh mục đội, phòng và bổ sung quản lý trên cơ sở dữ liệu danh mục dùng chung của Bộ Tài chính để có căn cứ pháp lý trong sự phối hợp.

Bên cạnh đó, việc hoàn thuế GTGT, thuế Thu nhập cá nhân trên địa bàn hàng ngày phát sinh với khối lượng rất lớn, Bộ Tài chính cần bổ sung thêm chức năng liên quan việc hạch toán hoàn trả thuế trên ứng dụng, đồng thời việc trao đổi truyền nhận dữ liệu giữa Kho bạc và cơ quan thu có thêm dữ liệu liên quan đến việc hoàn trả các khoản đã nộp...